Appunti di Biochimica

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Appunti di Biochimica

Riassunto esame Biochimica, prof. Palestini

Esame Biochimica

Facoltà Medicina e chirurgia

Dal corso del Prof. P. Palestini

Università Università degli Studi di Milano - Bicocca

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Riassunto di Biochimica per l'esame della professoressa Palestini su: reazioni biochimiche, enzimi, cinetica enzimatica, regolazione. Bioenergetica, catena respiratoria, fosforilazione ossidativa Glucidi. Digestione, assorbimento, glicolisi aerobia e anaerobia. Gluconeogenesi. Shunt dei pentosi fosfati. Glicogeno e regolazione della glicemia. Lipidi. Digestione, assorbimento. Lipolisi. Biosintesi. Ciclo di Krebs. Corpi che tonici. Colesterolo. Fosfolipidi. Glicolipidi. Lipoproteine. Proteine. Digestione, assorbimento. Metabolismo. Ciclo dell’urea. Nucleotidi. Sintesi e catabolismo. Secondi messaggeri e ormoni. Nutrizione e vitamine.

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Tesi, Digestione enzimatica di estratti proteici di origine vegetale e ad alto potere Umami

Esame Biochimica alimentare

Facoltà Agraria

Dal corso del Prof. S. Iametti

Università Università degli Studi di Milano

Tesi

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Tesi, Digestione enzimatica di estratti proteici di origine vegetale e ad alto potere Umami. Lo scopo di quest’attività di tesi è stato quello di valutare il potere umami d’isolati proteici vegetali dopo proteolisi enzimatica. In questo studio abbiamo utilizzato tre materie prime alimentari di origine vegetale (proteine isolate di soia, lupino e pisello).

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Biochimica alimentare - biochimica alimentare

Esame Biochimica alimentare

Facoltà Agraria

Dal corso del Prof. S. Iametti

Università Università degli Studi di Milano

Appunto

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Appunti di Biochimica alimentare per l'esame della professoressa Iametti su: Contenuti generali e argomenti trattati I parte: Le chiavi per lo sviluppo di competenze scientifiche per una moderna visione della biochimica della nutrizione Controllo dell’espressione genica a livello trascrizionale e post-trascrizionale Il controllo fine degli enzimi allosterici, attivazione enzimi tramite modificazioni covalenti Concetti e principi di trasduzione del segnale: dai recettori di membrana all’attivazione della cascata delle chinasi. Ruolo dei secondi messaggeri Modalità del controllo ormonale del metabolismo. Basi biochimiche di alcuni disordini alimentari II parte: L’impatto di innovativi approcci metodologici nel campo della biochimica degli alimenti Determinanti molecolari nel riconoscimento antigene/anticorpo, strategie nella definizione di un alimento ipo-allergico Ruolo delle proteine e di altri nutrienti in intolleranze alimentari Applicazioni di bioinformatica: utilizzo di database per la definizione dell’impatto metabolico di alimenti Composti bioattivi presenti negli alimenti III parte: Trasformazioni in sistemi alimentari biochimica post-mortem del muscolo Ossidazioni extra-mitocondriali in sistemi vegetali: imbrunimento enzimatico IV parte: L’impatto dell’ingegneria genetica sulla sicurezza e qualità degli alimenti Finalità degli interventi di modificazione genica nel settore agroalimentare Tecniche per il riconoscimento di materiale geneticamente modificato

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Biochimica - proteine

Esame Biochimica

Facoltà Farmacia

Dal corso del Prof. C. Pierri

Università Università degli Studi di Bari

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Appunti e schemi riassuntivi sulla struttura tridimensionale delle proteine per l'esame di Biochimica del professor Perri. Il documento riassume le quattro strutture tridimensionali assunte dalle proteine, focalizzando l'attenzione anche sulle proteine globulari e fibrose.

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Tesi, Esplorazione strutturale di RNA a sequenza casuale: implicazioni per l’origine della vita

Esame Biochimica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. P. Luisi

Università Università degli Studi Roma Tre

Tesi

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Tesi, Esplorazione strutturale di RNA a sequenza casuale: implicazioni per l’origine della vita. Il Mondo a RNA è una delle ipotesi nell’ambito dell’origine della vita, nata dal bisogno di rispondere al problema di come le molecole biologiche potessero essere implicate nella nascita dei primi organismi viventi. Questa teoria si basa sul fatto che l’RNA è una molecola che può aver giocato un ruolo chiave nell’origine della vita. L’idea del mondo a RNA è basata sulla comparsa di molecole di RNA nel brodo primordiale con due funzioni importantissime: contenere l’informazione genetica e svolgere la funzione di enzimi catalizzando la loro stessa sintesi. Nonostante i recenti progressi fatti in questo campo, alcune domande fondamentali rimangono senza risposta: può un RNA aver catalizzato le reazioni necessarie per l’auto-replicazione sulla terra primordiale? Possono gli RNA aver partecipato alla nascita sia alle proteine che agli acidi nucleici? Per risolvere questi interrogativi nel corso degli anni sono stati affrontati diversi studi teorici e pratici per cercare di ricreare un mondo ad RNA in laboratorio. In questo quadro si inserisce il progetto "Never Born Biopolymers" (NBBs) e in particolare il progetto "Never Born RNAs" (NB-RNAs), che ha come obiettivo l’esplorazione dello spazio delle sequenze alla ricerca di RNA strutturati con proprietà biologiche. Questo progetto nasce dalla constatazione che le molecole di RNA esistenti sono solo una piccola parte di quelle teoricamente possibili. Conoscendo lo stretto rapporto che esiste nelle molecole biologiche tra struttura e funzione si è deciso di esplorare lo spazio delle possibili sequenze in cerca di molecole di RNA casuali con un fold stabile anche ad alte temperature. Per effettuare tale ricerca si è utilizzato un saggio sperimentale denominato RNA Foster Assay (RNA folding stability test). Questo saggio utilizza la nucleasi S1, un enzima specifico per single strand, ovvero una nucleasi che taglia regioni a singolo filamento, in associazione con temperature di incubazione crescenti. Gli RNA ripiegati sono molto più resistenti di quelli che non lo sono e questi ultimi vengono degradati più velocemente. La nucleasi S1 è stata scelta perché ha la capacità di funzionare in un ampio intervallo di temperature e questo ha permesso di controllare la stabilità delle molecole di RNA, questo perché un aumento della temperatura destabilizza il fold inducendo un’apertura delle strutture a doppio filamento in ambito locale e/o globale, di conseguenza gli RNA diventano suscettibili all’attacco della nucleasi. Partendo da questi principi ho suddiviso il progetto in tre parti: la prima è la dimostrazione che in un esperimento precedente effettuato nel 2011 dal Dott. Anella la selezione delle sequenze di RNA è avvenuta grazie alla nucleasi S1 e non semplicemente a causa dei passaggi di clonaggio. Nella seconda parte della mia ricerca ho verificato se fosse o meno possibile ottenere una famiglia di sequenze simili, cioè una quasi specie, resistenti ad alte temperature, che avessero la stessa struttura, in modo da confermare la ridondanza delle strutture rispetto le sequenze. Infine ho voluto osservare se fosse possibile selezionare in vitro sequenze diverse da quelle trovate precedentemente, ma partendo da due librerie diverse: la libreria complessa originale di partenza prodotta per effettuare le selezioni e la libreria selezionata a 50°C durante gli step di selezione.

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Biochimica - Appunti

Esame Biochimica

Facoltà Farmacia

Dal corso del Prof. T. Cabras

Università Università degli Studi di Cagliari

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Appunti di biochimica per l'esame della professoressa Cabras. Gli argomenti trattati sono i seguenti: Amminoacidi. Struttura e stereochimica. Classificazione. Proprietà acido-base degli amminoacidi: curva di titolazione, pKa, punto isoelettrico.Peptidi e proteine. Caratteristiche del legame peptidico. Ionizzazione dei peptide e delle proteine. I quattro livelli di organizzazione strutturale. Strutture elicoidali e strutture . Strutture non ripetitive. Le proteine fibrose, biosintesi e struttura del collageno. Struttura terziaria e proteine globulari. Denaturazione e rinaturazione. Struttura quaternaria. Le emoproteine. L’eme, il legame dell’ossigeno. Curve di dissociazione dell’ossigeno dalla mioglobina e dall’emoglobina. Proprietà allosteriche dell’emoglobina e modulatori del legame con l’ossigneo. Il trasporto dei gas. Carboidrati. Nomenclatura. Stereochimica. Gli emiacetali. Forme anomeriche. Proiezioni di Haworth. Derivati degli zuccheri. Il legame glicosidico. I disaccaridi di importanza biologica. I polisaccaridi. Struttura di amilosio, amilopectina, glicogeno e cellulosa. Nucleotidi e acidi nucleici. Le basi puriniche e pirimidiniche. I nucleotidi. La struttura a doppia elica del DNA, RNA ribosomiale, RNA messaggero e RNA transfer, caratteristiche strutturali e ruolo biologico Lipidi. Classificazione, glicerofosfolipidi, sfingolipidi, colesterolo. Struttura e funzioni. Le membrane biologiche. Enzimi. Classificazione e proprietà generali degli enzimi. La cinetica enzimatica. Fattori che modificano la velocità enzimatica. Significato di Km, Vmax e Kcat. Classificazione degli inibitori. L’inibizione irreversibile ed i vari tipi di inibizione reversibile, con riferimento agli effetti su Km e Vmax. L’equazione di Micaelis-Menten e interpretazione dei grafici. Grafico dei doppi reciproci. Meccanismi di catalisi enzimatica, esempi. Varie modalità di regolazione dell’attività enzimatica in vivo. Vitamine. Vitamine idrosolubili, i loro derivati coenzimatici e il loro ruolo nelle reazioni metaboliche. Bioenergetica. Termodinamica delle reazioni biologiche. G, G0 e Keq. Composti fosforilati, fosforilazione a livello dei substrati e ciclo dell’ATP. La fosforilazione ossidativa. La catena respiratoria mitocondriale, i suoi componenti e la loro organizzazione. La teoria chemiosmotica. La sintesi di ATP. Metabolismo dei Glucidi. Glicolisi e sua regolazione. Fermentazioni. Metabolismo del piruvato. Gluconeogenesi. Biosintesi e degradazione del glicogeno. Controllo ormonale del metabolismo glucidico: adrenalina, glucagone, insulina. Vie di alimentazione della glicolisi: amido e disaccaridi. Ciclo dei pentoso-fosfati. Ciclo di Krebs. Reazioni chimiche e loro regolazione metabolica. Metabolismo dei Lipidi. Digestione e trasporto dei lipidi; lipoproteine. Degradazione degli acidi grassi: -ossidazione, regolazione metabolica e ormonale. Chetogenesi. Biosintesi degli acidi grassi. Metabolismo degli amminoacidi. Digestione delle proteine. Ruolo metabolico degli aminoacidi. Catabolismo degli aminoacidi. Transaminazione, deaminazione, decarbossilazione. Formazione dell’ammoniaca e suo trasporto, ureogenesi Sintesi delle proteine. Processo di traduzione dell’mRNA, maturazione delle proteine di nuova sintesi e modificazioni post-traduzionali.

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Biochimica - metabolismo dell azoto

Esame Biochimica

Facoltà Scienze biotecnologiche

Dal corso del Prof. M. Bevilacqua

Università Università degli studi di Napoli Federico II

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Appunti di Biochimica per l’esame della professoressa Bevilacqua. Gli argomenti trattati sono i seguenti: la degradazione delle proteine e gli enzimi coinvolti, l'ubiquitina, ossidazione degli amminoacidi con transaminazione e deaminazione ossidativa, destino dello ione ammonio, ciclo dell'urea e relative tappe, regolazione del ciclo dell'urea

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Biochimica - ormoni

Esame Biochimica

Facoltà Scienze biotecnologiche

Dal corso del Prof. M. Bevilacqua

Università Università degli studi di Napoli Federico II

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Appunti di Biochimica per l’esame della professoressa Bevilacqua. Gli argomenti trattati sono i seguenti: natura chimica degli ormoni, cosa sono e a cosa servono, asse ipotalamo-ipofisi, ormoni peptidici, catecolaminici e che derivano da amminoacidi, vie di trasduzione del segnale, classificazione degli ormoni in base al meccanismo di azione, inositolo 1,4,5-trifosfato e i recettori dell'insulina.

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Biochimica - fosforilazione ossidativa

Esame Biochimica

Facoltà Scienze biotecnologiche

Dal corso del Prof. M. Bevilacqua

Università Università degli studi di Napoli Federico II

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Appunti di Biochimica per l’esame della professoressa Bevilacqua. Gli argomenti trattati sono i seguenti: organelli interessati nella fosforilazione ossidativa, NAD, FAD, la catena di trasporto degli elettroni, ubichinone, citocromi, proteine ferro-zolfo, il complesso multienzimatico della catena del trasporto degli elettroni con i vari complessi, sintesi dell'ATP e sistemi navetta.

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Biochimica - colesterolo

Esame Biochimica

Facoltà Scienze biotecnologiche

Dal corso del Prof. M. Bevilacqua

Università Università degli studi di Napoli Federico II

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Appunti di Biochimica per l’esame della professoressa Bevilacqua. Gli argomenti trattati sono i seguenti: a cosa serve il colesterolo, formazione del colesterolo con relative reazioni, scopi e trasporto del colesterolo, LDL, HDL, endocitosi delle LDL, regolazione della biosintesi del colesterolo, i derviati del colesterolo.

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Biochimica - biosintesi degli acidi grassi

Esame Biochimica

Facoltà Scienze biotecnologiche

Dal corso del Prof. M. Bevilacqua

Università Università degli studi di Napoli Federico II

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Appunti di Biochimica per l’esame della professoressa Bevilacqua. Gli argomenti trattati sono i seguenti: come avviene il trasporto dell'A-CoA dal mitocondrio al citosol, formazione del Malonil-CoA, complesso dell'acido grasso sintasi con tutte le reazioni coinvolte fino alla produzione di un acido grasso, allungamento del palmitato, biosintesi dei fosfolipidi e loro derivati.

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Biochimica - ossidazione degli acidi grassi

Esame Biochimica

Facoltà Scienze biotecnologiche

Dal corso del Prof. M. Bevilacqua

Università Università degli studi di Napoli Federico II

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Appunti di Biochimica per l’esame della professoressa Bevilacqua. Gli argomenti trattati sono i seguenti: descrizione del meccanismo di assorbimento degli acidi grassi ingeriti e loro trasporto, mobilizzazione degli acidi grassi contenuti negli adipociti e loro trasporto, attivazione degli acidi grassi, trasporto nel mitocondrio, ossidazione e beta-ossidazione con tutte le reazioni, il guadagno energetico, ossidazione di un acido grasso monoinsaturo e formazione dei corpi chetonici

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Biochimica - lipidi

Esame Biochimica

Facoltà Scienze biotecnologiche

Dal corso del Prof. M. Bevilacqua

Università Università degli studi di Napoli Federico II

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Appunti di Biochimica per l’esame della professoressa Bevilacqua. Gli argomenti trattati sono i seguenti: cosa solo i lipidi e loro natura chimico-biologica, struttura di acidi grassi, triacilgliceroli, glicerofosfolipidi, sfingolipidi, steroli, fosfatidilinositoli, lipidi polari, eicosanoidi

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Biochimica - glicogeno

Esame Biochimica

Facoltà Scienze biotecnologiche

Dal corso del Prof. M. Bevilacqua

Università Università degli studi di Napoli Federico II

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Appunti di Biochimica per l’esame della professoressa Bevilacqua. Gli argomenti trattati sono i seguenti: cos'è il glicogeno, a cosa serve e come si forma, tutte le reazioni che portano alla formazione del glicogeno, glicogeno sintesi e glicogeno lisi, regolazione della glicogeno sintesi e della glicogeno lisi.

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Biochimica - gluconeogenesi

Esame Biochimica

Facoltà Scienze biotecnologiche

Dal corso del Prof. M. Bevilacqua

Università Università degli studi di Napoli Federico II

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Appunti di Biochimica per l’esame della professoressa Bevilacqua. Gli argomenti trattati sono i seguenti: cos'è la gluoconeogenesi, a cosa serve e in cosa differisce dalla glicolisi, le tre reazioni uniche della gluconeogenesi, con la regolazione degli enzimi coinvolti e la sua sede.

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Biochimica - via del pentoso fosfato

Esame Biochimica

Facoltà Scienze biotecnologiche

Dal corso del Prof. M. Bevilacqua

Università Università degli studi di Napoli Federico II

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Appunti di Biochimica per l’esame della professoressa Bevilacqua. Gli argomenti trattati sono i seguenti: cos'è e a cosa serve la via del pentoso fosfato, la divisione delle reazioni di ossidazione e quelle di riarrangiamento dello scheletro carbonioso, tutte le reazioni, il controllo della via e i tessuti interessati.

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Biochimica - ciclo di Krebs

Esame Biochimica

Facoltà Scienze biotecnologiche

Dal corso del Prof. M. Bevilacqua

Università Università degli studi di Napoli Federico II

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Appunti di Biochimica per l’esame della professoressa Bevilacqua. Gli argomenti trattati sono i seguenti: a cosa serve il ciclo dell'acido citrico e dove avviene, la formazione dell'A-CoA con tutte le reazioni che portano alla produzione di A-CoA, tutte le reazioni del ciclo di Krebs con i relativi enzimi che ne partecipano, il controllo della piruvato deidrogenasi e il controllo dell'acido citrico

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Biochimica - carboidrati

Esame Biochimica

Facoltà Scienze biotecnologiche

Dal corso del Prof. M. Bevilacqua

Università Università degli studi di Napoli Federico II

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Appunti di Biochimica per l’esame della professoressa Bevilacqua. Gli argomenti trattati sono i seguenti: cosa sono i carboidrati, i monosaccaridi, i disaccaridi e i polisaccaridi con relativi esempi, la glicolisi: a cosa serve e tutte le reazioni con la partecipazione di tutti gli enzimi coinvolti, la regolazione della glicolisi.

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Biochimica - metabolismo cellulare

Esame Biochimica

Facoltà Scienze biotecnologiche

Dal corso del Prof. M. Bevilacqua

Università Università degli studi di Napoli Federico II

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Appunti di Biochimica per l’esame della professoressa Bevilacqua. Gli argomenti trattati sono i seguenti:cos'è il metabolismo cellulare, bioenergetica e termodinamica con le sue leggi, costante di equilibrio e reazioni accoppiate, cos'è l'ATP, cos'è l'Acetil-CoenzimaA, le reazioni di ossido-riduzione in generale, NAD, NADP, FAD, FMN

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Biochimica - enzimi

Esame Biochimica

Facoltà Scienze biotecnologiche

Dal corso del Prof. M. Bevilacqua

Università Università degli studi di Napoli Federico II

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Appunti di Biochimica per l’esame della professoressa Bevilacqua. Gli argomenti trattati sono i seguenti: cosa sono gli enzimi, le varie classi degli enzimi, cosa fa un enzima e cos'è l'energia di attivazione, equilibrio substrato prodotto e specificità enzimatica, i vari tipi di catalisi enzimatica (acido base, covalente, da ioni metallici), cinetica enzimatica ed ipotesi di Michaelis-Menten, i doppi reciproci, gli enzimi allosterici, gli inibitori e l'effetto del pH.

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