I contenuti di questa pagina costituiscono rielaborazioni personali del Publisher di informazioni apprese con la frequenza delle lezioni e lo studio autonomo di eventuali testi di riferimento in preparazioneall’esame finale o della tesi. Non devono intendersi come materiale ufficiale dell’università attribuibile al docente del corso o al relatore
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Appunti di Ingegneria dei sistemi - Politecnico di Milano

Esame Bioinformatica e genomica funzionale

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. L. Pattini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Bioinformatica e genomica funzionale su: genetica e mutazioni e patologia. Anemia falciforme. Corredo genetico. Modelli di ereditarietà. Patologie complesse. OMIM. metodi per identificazione di un gene malattia: analisi di linkage e studi di associazione. Definizioni: locus, allele, polimorfismo, penetranza, fase. Le tre leggi di Mendel. Crossing-over. Distanza genetica. Esempi. Verosimiglinaza L e probabilità di ricombinazione tetha. Distribuzione binomiale. Lod score Z. SNPs. Ipotesi del modello. Legge della probabilità totale. Soglie convenzionali. Proprietà additiva. Malattie mendeliane vs malattie complesse. Casi vs controlli. Statistica chi quadrato. Modelli: generale, dominante, recessivo, additivo, di conto degli alleli. Test di Armitage. Manhattan plot. Variabilità interindividuale
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Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Bioingegneria cellulare su: stelle e atomi pesanti. Fase di sviluppo della vita sulla Terra. Polveri stellari. Esperimenti su atmosfera primordiale. Gerarchia temporale delle biomolecole. Rna world, protometabolismo e tioesteri. Livelli di organizzazione dell organismo umano. Fenomeni fisici e livelli di scala temporale e metrica. Costituenti del corpo umano. Meccanismi molecolari e architetture delle specie
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Appunti di Bioingegneria cellulare su:. riconoscimento molecolare. Tipologie di legami e legami secondari. Struttura terziaria. processo di folding proteico. Proteine di ausilio al folding. Tecniche di studio del folding. Sistemi di controllo del folding. Patologie legate al misfolding.
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Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Bioingegneria cellulare su: citoscheletro. Tipologie di filamenti. Funzioni passive e attive. Struttura e direzionalità. Prime ipotesi sull'esistenza di un citoscheletro. Caratteristiche generali di microtubuli e microfilamenti di actina e filamenti intermedi. Proteine associate ai filamenti.
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Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Bioingegneria cellulare su: distribuzione e funzione dei microtubuli. Struttura. Tubulina alpha e beta. GTP e GDP. Ione magnesio. Domini nelle tubuline. Tasca di Rossman. Interfacce di interazione tra monomeri e dimeri e tipi di legame. Superficie esterna e luminale. Polarità del filamento e velocità di crescita. Numero di protofilamenti e sfasamento con calcoli. Strutture a e B e di tipo A e di tipo B. Fasi di formazione del microtubulo in vitro e in vivo. Shrinking. Modello di idrolisi accoppiata e di idrolisi ritardata. Ruolo della concentrazione di dimeri sulla crescita del microtubulo. Instabilità dinamica. Colchicina e taxani.
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Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Bioingegneria cellulare su: proteine stabilizzatrici dei microtubuli. Catastrofine. Funzioni dei microtubuli. Trasporto attivo e proteine motrici. Chinesine. Dineine. Movimento dei motori molecolari e adattatori. Flusso anterogrado e retrogrado. Centrosoma centrioli e matrice pericentriolare. Mitosi. Fuso mitotico in metafase e anafase. Ciglia e flagelli.
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Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Bioingegneria cellulare su: struttura dei filamenti di actina. Factina Gactina ATP e ADP. Contatti longitudinali e trasversali. Polimerizzazione depolimerizzazione. Treadmilling. Influenza della concentrazione. Fasi di crescita. Proteine associate e tipologie. Organizzazione in fasci e reti. Proteine linker e tipologie. Microvilli. Miosina I e miosina II. Funzione della corteccia cellulare. Cambiamento di forma delle piastrine. Locomozione cellulare.
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Appunti di Bioingegneria cellulare su: membrana nei batteri. Gram positivi e gram negativi. Peptidoglicani. Lipopolisaccaridi. Sepsi. Terapia antibiotica. Polimixina B. Interazione polimixina con endotossina. Approccio multiscala al problema.
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Appunti di Bioingegneria cellulare su: costituenti cellulari. Membrana plasmatica. Funzioni della membrana. Storia della membrana e modelli. Lipidi di membrana. Fosfolipidi. Fluidità di membrana e esperimenti e fattori. Colesterolo. Glicolipidi. Raft lipidici. Modello di membrana a mosaico fluido. Proteine di membrana. Permeabilità di membrana e pompa sodio potassio. Giunzioni di membrana.
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Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Bioingegneria cellulare. Caratteristiche generali dei filamenti intermedi. Localizzazione nell acellula. Stabilità e fosforilazione. Struttura gerarchica dei filamenti. Avvolgimento a coiled-coil e passo. proprietà meccaniche. Tipologie e famiglie. proteine associate. Desmosoma e emidesmosoma. Citoscheletro degli eritrociti e spectrina.
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Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Bioingegneria cellulare. Metodi di indagine ai diversi livelli di scala. tecniche sperimentali tipiche. Modelli. Applicazioni. Sistema molecolare e gradi di libertà. Energia potenziale. Energia di legame e di non legame. Stretching bending e rotating. Energia di Van der waals e elettrostatica. dal potenziale alla traiettoria. metodi di Cutoff. Solvente implicito ed esplicito. Modellizzazione del legame tra due atomi. Oscillatore armonico. Potenziale di Morse. Esercizi.
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Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Bioingegneria cellulare. Introduzione sulle proprietà meccaniche delle cellule e risposte agli stimoli meccanici. Tecniche di sollecitazione meccanica sulle cellule. Il citoscheletro come attuatore. Tecniche di manipolazione delle cellule con peeling e microaspirazione. Cellule liquido e cellule solido. Tensione corticale e come determinarla sperimentalmente. Caso del leucocita e caso dell eritrocita. Esercizi
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Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Bioingegneria cellulare.Definizione di meccanotrasduzione. Elementi cellulari in gioco. Trasmissione degli stimoli. Meccanotrasmissione meccanosensing e meccanoresponse. Influenza della rigidezza del substrato. Modello switch-like. Modello dinamico. Esempio dello shear stress sull'endotelio dei vasi sanguigni. Flusso ateroprotettivo vs flusso aterogenico. Aterosclerosi.
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Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Bioingegneria cellulare. Curva sforzo-deformazione dei filamenti del citoscheletro. Prove di trazione con afm. Curve di unfolding. Worm-like chain model. Modulo di Young modulo a taglio e coefficiente di Poisson. Rigidezza flessionale. Momento secondo di inerzia. Lunghezza persistente. Esperimenti di misura dei parametri e calcoli. Densità lineare di massa. Prova di flessione. Resistenza a flessione. Entropia e elasticità. Equazioni calcoli e dimostrazioni. Esercizi.
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Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Bioingegneria cellulare. Scala micro e energia termica delle biomolecole. Esperimenti sulle singole molecole. FRET. Risoluzione spaziale e di forza. Trappole ottiche. Flusso della quantità di moto. Forza di gradiente e forza di scattering. Effetto di rifrazione e riflessione. Come amplificare l effetto di rifrazione. Trapping trasversale e trapping longitudinale. Hardware. Calibrazione. Metodo delle forze di trascinamento viscoso con modalità imprecisa e modalità precisa. metodo dei moti browniani. Esempi applicativi.
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Esame Biomolecules structure and functions

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. E. Fasoli

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Biomolecules structure and functions. Definizione e calcolo del PH. POh. Autoionizzazione dell'acqua. Acidi e basi. Forza dell'acido o base e acido o base coniugata. Soluzioni buffer. Tre leggi della termodinamica. Entalpia entropia e energia libera di Gibbs. Con formule.
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Esame Biomolecules structure and functions

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. E. Fasoli

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Biomolecules structure and functions. Amminoacidi (aa) come monomeri delle proteine. Struttura chimica. Zwitterione. Capacità di buffering. Punto isoelettrico. Legame peptidico. Legami secondari e tipologie. Raggruppamento degli aa a seconda di polarità carica e apolarità del gruppo R. I 20 aa nel dettaglio. Formula del punto isoelettrico. Derivati degli aa.
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Esame Biomolecules structure and functions

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. E. Fasoli

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Biomolecules structure and functions. Folding proteico vs misfolding. Citocroma c. Rapporto tra identità di struttura primaria e somiglianza in struttura terziaria. Step del processo di folding. Proteine ausiliarie e PDI. Paradosso di Levinthal. Conformazioni della struttura quaternaria. Step dell acristallografia a raggi x e limiti.
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Esame Biomolecules structure and functions

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. E. Fasoli

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Biomolecules structure and functions. Misfolding. Proteine amiloidi e aggregazione. Malattie neurodegenerative. Malattie prioniche e proteina prionica. Alzheimer e A-beta peptidi e proteina tau e metodi di diagnosi. Parkison e alphasinucleina.
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Esame Biomolecules structure and functions

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. E. Fasoli

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
Appunti di Biomolecules structure and functions. Estrazione. Solubilizzazione. Mantenimento della stabilità. Quantificazione. Kit ELISA. Spettrofotometro e assorbanza. Purificazione. Cromatografia. Ion Exchange Chromatography. Reverse Phase Chr. Immuno Affinity Chr. SDS-PAGE.
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