Appunti di Bioinformatica

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Tra i professori che hanno tenuto i corsi per l’esame di bioinformatica su cui sono basati i nostri riassunti e appunti: Gherardini Francesco, Dell'orco Daniele, Pepe Gerard, Pepe Gerardo, Mariani Paolo e molti altri, nelle università di Università degli Studi di Roma Tor Vergata, Università degli Studi di Verona, Università Politecnica delle Marche - Ancona.

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I contenuti di questa pagina costituiscono rielaborazioni personali del Publisher di informazioni apprese con la frequenza delle lezioni e lo studio autonomo di eventuali testi di riferimento in preparazioneall’esame finale o della tesi. Non devono intendersi come materiale ufficiale dell’università attribuibile al docente del corso o al relatore

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Appunti di Bioinformatica

Bioinformatica (Versione Aggiornata 2023/2024)

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. F. Gherardini

Università Università degli Studi di Roma Tor Vergata

Appunti esame

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Versione aggiornata dei precedenti appunti di Bioinformatica dell'anno 2023-2024. Appunti presi scrupolosamente seguendo le lezioni in presenza. Ottimi appunti per l'esame di bioinformatica avanzata e non solo.

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Bioinformatica

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. F. Gherardini

Università Università degli Studi di Roma Tor Vergata

Appunti esame

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Tecnologie di sequenziamento, tecnologie di imaging e citometria, tecnologie di analisi in singola cellula, tecnologie per l'analisi dell'epigenetica, analisi di dataset multivariati, riduzione della dimensionalità e clustering, analisi di dati di espressione in bulk, analisi di dati in singola cellula, modeling lineare, principi di deep learning. Nel 2025 il corso prende il nome di Biologia computazionale e metodologie high throughput.

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Appunti Laboratorio di bioinformatica

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. D. Dell'orco

Università Università degli Studi di Verona

Appunti esame

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Raggruppamento di appunti di Laboratorio di bioinformatica presi durante le lezioni e riordinati, scritti a pc. Argomenti presenti: - Allineamento a coppie. - Matrici di punteggio (Blosum e Pam). - Ricerca con BLAST. - Allineamento multiplo. - Reti neurali. - System biology.

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Bioinformatica: parte 2

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. G. Pepe

Università Università degli Studi di Roma Tor Vergata

Appunti esame

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Questi non sono dei semplici appunti di Bioinformatica, infatti, oltre ad aver trascritto parola per parola le lezioni della professoressa, quanto scritto è stato anche integrato con i vari libri di testo, di conseguenza, possono essere utilizzate direttamente per studiare, senza andare a cercare altro materiale.

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Bioinformatica: parte 1

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. G. Pepe

Università Università degli Studi di Roma Tor Vergata

Appunti esame

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Bioinformatica - 2 modulo Appunti

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. P. Mariani

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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Modulo II dell'esame di bioinformatica del corso di laurea in biologia molecolare ed applicata dell'Università politecnica delle marche. Questa parte tratta dell'argomento del professor Paolo Mariani, proteine e struttura proteica. Scarica il file in formato PDF!

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3. Metodi sperimentali per la determinazione della struttura proteica

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. P. Mariani

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento si descrivono le tecniche come DIFFRAZIONE A RAGGI X, NMR, MICROSCOPIA. Documento basato su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Mariani dell’università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file in formato PDF!

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1. Generalità delle proteine (strutture, legame peptidico e paradosso di Levinthal)

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. P. Mariani

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

Appunto

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In questo documento si introduce la struttura (secondaria, terziaria e quaternaria) di una proteina, facendo cenni alla struttura degli aminoacidi e al legame peptidico. Documento basato su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Mariani dell’università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file in formato PDF!

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8.Alberi filogenetici e metodi di costruzione di un albero

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento si introducono gli alberi filogenetici per poi concentrare l'attenzione più sui metodi per la costruzione di alberi filogenetici. Si descrivono, quindi, i metodi come Upgma, neighbor joining, metodo della massima parsimonia, metodo branch and bound, metodo del maximum likelihood (massima verosomiglianza).

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6 T Coffee

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento si fa cenno ai programmi più moderni utilizzati per l'allineamento multiplo, come il programma T-COFFEE. Documento basato su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Barucca dell’università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file in formato PDF!

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5 Clustal W

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento c'è la descrizione del modo di operare del programma CLUSTAL W relativo all'allineamento tra più sequenze geniche (ALLINEAMENTI MULTIPLI). Documento basato su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Barucca dell’università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file in formato PDF!

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4 I sistemi euristici (fasta e blast)

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento è spiegato step by step in che modo operano i sistemi FASTA e BLAST per il confronto tra sequenze geniche. Documento basato su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Barucca dell’università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file in formato PDF!

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3 Algoritmi dinamici

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento è descritto il modo in cui operano gli algoritmi dinamici, facendo particolare riferimento all'algoritmo di Needlman e Wunsh e all' algoritmo di Waterman, dell'università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file con le esercitazioni in formato PDF!

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2 Le matrici per il confronto tra sequenze

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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Nel seguente documento è descritto in modo dettagliato il modo in cui funzionano le matrici a punti (dot plot o dot matrix) e di punteggio (o sostituzione), l'algoritmo di Levenshtein. Ci sono cenni di variabilità genetica e cenni relativi al concetto di OROLOGIO MOLECOLARE DI ZUCKERKANDL E PAULING

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7 PCR e progettazione primer e primer degenerati

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento si descrivono i punti più importanti di un processo di PCR e si fa riferimento al modo in cui vengono progettati i primer per utilizzare durante la PCR. Si fa cenno e si descrive anche il concetto di PRIMER DEGENERATI. Scarica il file in formato PDF!

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8 Banche dati scop e cath

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. P. Mariani

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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Appunti di bioinformatica su Banche dati scop e cath elaborati dal publisher sulla base di appunti personali e frequenza delle lezioni del professore Mariani, dell'università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file con le esercitazioni in formato PDF!

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7 Predizioni di struttura terziaria

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. P. Mariani

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento si riportano i metodi per la predizione della struttura terziaria di una proteina ed è elaborato dal publisher sulla base di appunti personali e frequenza delle lezioni del professore Mariani. Scarica il file con le esercitazioni in formato PDF!

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6. Predizione di struttura secondaria (esercitazione homology modeling)

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. P. Mariani

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento si riporta l'esercitazione relativa alla predizione di struttura secondaria con l'Homology Modelling elaboratp dal publisher sulla base di appunti personali e frequenza delle lezioni del professore Mariani. Scarica il file con le esercitazioni in formato PDF!

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5. Predizione di struttura secondaria (esercitazione jpred)

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. P. Mariani

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento è riportata l'esercitazione relativa all'utilizzo del programma di predizione di struttura JPRED elaborata dal publisher sulla base di appunti personali e frequenza delle lezioni del professore Mariani. Scarica il file con le esercitazioni in formato PDF!

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4. Predizione di struttura secondaria (+esercitazione gor iv e protscale)

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. P. Mariani

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento si descrivono gli algoritmi di prima generazione (come l’algoritmo di Chou e Fasman), gli algoritmi di seconda generazione (come l’algoritmo di GOR-GOR Method), gli algoritmi di terza generazione (come PSI-PRED e J-PRED). C'è inoltre l'ESERCITAZIONE relativa ai programmi PROT SCALE e GOR IV.

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