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ALGORITMO

Sequenze diverse possono presentare una o più brevi regioni di similarità pur essendo diverse nelle restanti regioni. Queste potrebbero risultare non allineabili con un metodo di allineamento globale di sequenze (cosa che fa l'algoritmo di Needlman e Wunsh). In questo può risultare estremamente utile un allineamento locale piuttosto che uno globale. Un esempio pratico è dato dalle sequenze "ALACVKTTTSV" e "LACV". Essendo la seconda totalmente contenuta nella prima, un algoritmo che cercasse di trasformare una nell'altra si troverebbe necessariamente a dover procedere con solo cancellazioni (o inserimenti). Questo potrebbe portare ad avere che la prima sequenza ("ALACVKTTTSV") sia considerata più simile alla sequenza "LGCTPSV"), solo perché la differenza in lunghezza è minore tra queste ultime. Quindi, Smith e Waterman introdussero una modifica nell'algoritmo precedente.

massimo punteggio e si risale lungo la diagonale fino a raggiungere una cella con punteggio 0. Questo indica la fine della sequenza di match massima.
Dettagli
Publisher
nazario.angeloro
A.A. 2018-2019
7 pagine
SSD Ingegneria industriale e dell'informazione ING-INF/06 Bioingegneria elettronica e informatica
I contenuti di questa pagina costituiscono rielaborazioni personali del Publisher nazario.angeloro di informazioni apprese con la frequenza delle lezioni di Bioinformatica e studio autonomo di eventuali libri di riferimento in preparazione dell'esame finale o della tesi. Non devono intendersi come materiale ufficiale dell'università Università Politecnica delle Marche - Ancona o del prof Barucca Marco.