4. Predizione di struttura secondaria (+esercitazione gor iv e protscale)

Esercitazione per la predizione di struttura secondaria

Esistono diversi programmi che permettono di fare predizione di struttura secondaria. Tra questi si elencano:

1. ProtScale
2. GOR IV
3. PSI-PRED
4. J-PRED

ProtScale e GOR IV sono programmi di prima generazione, mentre PSI-PRED e J-PRED sono programmi di ultima generazione.

Esercitazione ProtScale: Metodo Couh e Fasmann

Collegati a Google; cerca "Expasy"; clicca sul primo link: ExPASy: SIBBioinformatics Resource Portal-Home. Si apre la seguente pagina:

Clicca su "Proteomics". Si apre una nuova pagina contenente un elenco di programmi disposti in ordine alfabetico; scorri verso il basso e clicca su "Prot Scale". Cliccando su questo link si apre la seguente pagina.

Nel riquadro più grande, al di sotto della voce "Or you can paste your own sequence in the box below" incolliamo la sequenza in formato FASTA di una qualsiasi proteina della quale vogliamo fare la predizione di struttura secondaria.

Fare predizione di struttura secondaria. (La sequenza fasta di una proteina la ricaviamo tramite il database PDB). Una volta incollata la sequenza informato FASTA, rimaniamo ancora su questa pagina e scorrendo verso il basso vediamo le seguenti voci:

Non sono riportate tutte le voci presenti nella pagina per semplici motivi di spazio. Quelle che interessano sono "alpha-helix / Chou e Fasman" e "beta-turn / Chou e Fasman". Clicchiamo prima su "alpha-helix / Chou e Fasman". Dopo aver fatto tutte queste operazioni, clicca su "Submit" (in fondo alla pagina). Si apre, quindi, una nuova pagina e scorrendo verso il basso di questa pagina ci imbattiamo in un grafico come quello che segue:

Sull'asse delle x di questo grafico sono riportate le posizioni degli aminoacidi che compongono la proteina; sull'asse delle y sono riportati i valori relativi alla propensione di ciascun aminocido di formare una struttura ad alfa elica. Ripetendo tutto il processo...

procedimento visto prima, ma cliccando sulla voce “beta-turn / Chou eFasman”, si apre una pagina simile a quella di prima e con un grafico simile a quello diprima. Ma questa volta, in questo grafico sono riportati i valori delle propensioni deivari aminoacidi o formare beta strand o turn:

In questo caso è stata esaminata la struttura dell’emoglobina (codice PDB:4HHB).

Confrontando i due profili, notiamo che i primi 100 aminoacidi, circa, tendono aformare per lo più alfa eliche.

ESERCITAZIONE: GOR IV

Collegarsi a Google ricercare “GOR IV”. Clicca sul link: GOR IV - NPS – IBCP.

Inserire qui la sequenzaamminoacidica NON INFORMATO FASTA

Inserire il numero corrispondente allalunghezza della sequenzaaminoacidica

Clicca

Si apre una pagina in cui viene riportata la predizione di struttura secondaria. Unapagina di esempio è la seguente (è riferita alla proteina 1xcv):

Numero diaminoacidi cheassumono quelladeterminata struttura

Percentuale

che esprime la quantità di una determinata struttura Pi HELIX (π-elica)

Le normali alpha eliche prevedono la formazione di un legame idrogeno tra l'aminoacido 1 e l'aminoacido distanziato di 4, quindi l'aminoacido 5 e così via. Nella pihelix il legame idrogeno si forma tra l'aminoacido uno e l'aminoacido distanziato di 5, quindi l'aminoacido 6.

NELL'ELICA 3, invece, il legame idrogeno si forma tra il primo aminoacido 10 e l'aminoacido distanziato di 3, quindi il quarto.

BETA BRIDGE