5. Predizione di struttura secondaria (esercitazione jpred)

Analisi delle predizioni di struttura proteica

La linea che ci interessa è quella riportata a fianco alla voce "jnetpred". Con le frecce verdi vengono indicati i beta-strand; con i cilindri rossi vengono indicate le alfa-eliche. Il risultato è ottenuto dalla somma di più predizioni. Tipicamente ci sono tre risultati, ma in questo caso ce ne sono solo due: JNETHMM e JNETPSSM. A fianco a ogni sigla appena riportata c'è un risultato. Il sistema decide quale delle due predizioni è corretta: a tal proposito interviene una sorta di giuria indicata con la sigla "JNETJURY", che decide quale delle soluzioni applicare. La giuria è un algoritmo che guarda la qualità delle predizioni. A fianco a JNETJURY ci sono degli asterischi posizionati laddove i risultati delle predizioni sono tra loro differenti. L'istogramma nero riportato a fianco alla voce "JNETCON" dà indicazioni riguardo la confidenza (affidabilità) della predizione della struttura.

aminoacido per aminoacido. Tanto più alta è la barra, tanto più è affidabile la predizione. Solitamente la confidenza è bassa laddove interviene la giuria.

Poi ci sono altre voci: JNETSOL25; JNETSOL5; JNETSOL0. A fianco a queste voci è riportata una predizione di accessibilità della proteina al solvente; cioè ci dice se quella regione di proteina può essere bagnata o meno dal solvente. Dove ci sono trattini significa che l’aminoacido corrispondente può essere bagnato; le B indicano che l’aminoacido corrispondente deve essere mascherato. I numeri riportati a fianco a ogni sigla indicano la probabilità: per esempio, l’aminoacido in posizione 2, con una probabilità del 25%, non è accessibile al solvente. Queste predizioni vengono fatte in base alle caratteristiche degli amminoacidi. In base all’accessibilità al solvente possiamo avere un’idea del folding della proteina.

proteina.Se scorriamo in basso alla resultpage di JPRED, osserviamo i seguenti link: