5. Predizione di struttura secondaria (esercitazione jpred)

Esercitazione J-PRED: Metodi e sintesi nella result page

Accesso al server J-PRED

Collegati a Google; cerca "J-PRED". Clicca sul primo link: "JPred: a Protein Secondary Structure Prediction Server".

Inserimento della sequenza

Si apre la seguente pagina: Incollare la sequenza in formato FASTA della proteina della quale si vuole determinare la struttura secondaria nel riquadro a fianco alla voce "Input Sequence". (La sequenza FASTA viene ricavata da PDB).

Predizione della struttura

Una volta incollata la sequenza, clicca su "Make Prediction". Quando clicchiamo su "Make Prediction", potrebbe comparirci un messaggio come quello riportato di seguito:

Messaggio di conferma

Attraverso questo messaggio, il programma ci chiede se vogliamo continuare a studiare la struttura di questa proteina anche se è già nota e quindi, essendo un programma che si basa su multiallineamenti, la allineerà anche con se stessa. Per continuare, basta cliccare su "continue".

Visualizzazione dei risultati

Quindi si apre la pagina dei risultati come quella seguente: