6. Predizione di struttura secondaria (esercitazione homology modeling)

Esercitazione: Predizione di strutture secondarie

La ricerca dell'homologIddtlng

Fase 1: Scavo di sequenza posta della proteina ZJIR

Supponiamo che la sua struttura non sia conosciuta.

Fase 2: Apri il programma SwissPDWViewer

Cerca in "Swiss Iddalt" File Edit Select Build Modl Fit Display Color Prefs SwissModell Wind Help ☐ ☐ ☐ ☐ ☐ ☐ ☐. Si apre una finestra. Cerca su "Nod Raw sequenze (Proem Amino Acids)". Si apre una finestra Locate sulla sequenze in fermata paste. Ricorda: Questo metodo può studiare solo una datar pol popolazione genoscitchi. Cerca, si apre immagine la sequenza himen.

Fase 3: Click

Select ⦿Mot identi poi Click Effect e poi "Blast Selection, gaunt EPDB". Si apre un talbla Effinge Projection colwi PDBScore class grande sequenza. Se Scrite forte di istta un poic3. Gli rischimenti par astia Se gitinu elle cambri se istia potenzia non so 3tossa, vesto 'eprotiine, in questo caso sito si flax.

Fase 4: Tre poisti di recenti siglo unde selez

Una percelari de; iditicati, confrollo di planeriste; Se protesis husetsde nuveme eanc amid protemia per astia. Attenzione: I politieic scuddenne ron mere. di moment5 un postictitapuoi rilocagritari discoati pic stovvi top attac, max scita fatk Ammle prosmodia sstenuro per fossimoniabilposta il mucci posafia cata amid cistosie. Inrecte sti fltunto el numio di scuoric di nmivelid:4vella prisent. immovemi sono state fermati de idenitèsIdentité 48/48n. so amondoli eliminati. Non dice gran hire cangkf. Questo puoi ebbe simile a locoants dalsebm X [Riskkuft. 642'8]. Pv esta sequanze ver.romo omeglh parte in loco. veneeraa meteri. & 48.

Esercitazione: Predizione di strutture secondarie, la proteina dell'Epatite C

Fase 1: Scarica le sequenze fasta della proteina 2FBB

Supponiamo che la sua struttura non sia conosciuta.

Fase 2: Apri il programma SwissPDBViewer

File Edit Select Build Tools Fit Display Color Render Simulated World Help. Si apre una finestra e clicca su "Load Raw sequence from Amino Acids". Si apre una finestra. Clicca sulla sequenza in formato fasta. RICORDA: Questo metodo può studiare solo una catena polipeptidica. Non si apre l'immagine di una sequenza lineare.

Fase 3: Clicca "Select" e poi "All"

Poi clicca "Select" e poi "Blast Selection against PDB". Si apre una tabella. EFFICIENG PROTEIN Colonne PDB. Sono messe in ordine le misure dei frammenti e viene identificata la sequenza. Seleziona e visualizza la lista con i punti di allineamenti per atomo. HA senza allineamenti con la proteina. Usa le proteine in questo caso stesso atomo di superfamilia.

Fase 4: Tra punti di percentuale, scelta una tabella

Una percentuale di identità. Screenshot delle percentuali di identità degli elementi per atomo. ATTENZIONE: Potrebbe succedente, data al momento un prodotto. Infette sul intuito al numero di unità di aminoacidi che sono identici. Non deve gran bares lenght. Questo può essere simile a 600.