I materiali pubblicati sul sito costituiscono rielaborazioni personali del Publisher di informazioni apprese con la frequenza delle lezioni e lo studio autonomo di eventuali testi di riferimento in preparazione all’esame finale o della tesi. Non devono intendersi come materiale ufficiale dell’università attribuibile al docente del corso.
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Appunti degli studenti per corsi ed esami del Prof. Barucca Marco

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8.Alberi filogenetici e metodi di costruzione di un albero Premium

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento si introducono gli alberi filogenetici per poi concentrare l'attenzione più sui metodi per la costruzione di alberi filogenetici. Si descrivono, quindi, i metodi come Upgma, neighbor joining, metodo della massima parsimonia, metodo branch and bound, metodo del maximum likelihood (massima verosomiglianza).
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6 T Coffee Premium

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento si fa cenno ai programmi più moderni utilizzati per l'allineamento multiplo, come il programma T-COFFEE. Documento basato su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Barucca dell’università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file in formato PDF!
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5 Clustal W Premium

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento c'è la descrizione del modo di operare del programma CLUSTAL W relativo all'allineamento tra più sequenze geniche (ALLINEAMENTI MULTIPLI). Documento basato su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Barucca dell’università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file in formato PDF!
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4 I sistemi euristici (fasta e blast) Premium

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento è spiegato step by step in che modo operano i sistemi FASTA e BLAST per il confronto tra sequenze geniche. Documento basato su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Barucca dell’università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file in formato PDF!
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3 Algoritmi dinamici Premium

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento è descritto il modo in cui operano gli algoritmi dinamici, facendo particolare riferimento all'algoritmo di Needlman e Wunsh e all' algoritmo di Waterman, dell'università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file con le esercitazioni in formato PDF!
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2 Le matrici per il confronto tra sequenze Premium

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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Nel seguente documento è descritto in modo dettagliato il modo in cui funzionano le matrici a punti (dot plot o dot matrix) e di punteggio (o sostituzione), l'algoritmo di Levenshtein. Ci sono cenni di variabilità genetica e cenni relativi al concetto di OROLOGIO MOLECOLARE DI ZUCKERKANDL E PAULING
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7 PCR e progettazione primer e primer degenerati Premium

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento si descrivono i punti più importanti di un processo di PCR e si fa riferimento al modo in cui vengono progettati i primer per utilizzare durante la PCR. Si fa cenno e si descrive anche il concetto di PRIMER DEGENERATI. Scarica il file in formato PDF!
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2. disegnare la struttura di una proteina (pdb e swiss pdb) Premium

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento viene spiegato passo dopo passo, in modo dettagliato, come fare per riuscire a disegnare una proteina attraverso l'uso di strumenti informatici. Appunti basati su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Barucca dell’università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file in formato PDF!
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1-Generalità e tipologie di database Premium

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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Documento contenente una descrizione delle più importanti banche di dati per l'esame di bioinformatica basati su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Barucca dell’università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file in formato PDF!
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