I contenuti di questa pagina costituiscono rielaborazioni personali del Publisher di informazioni apprese con la frequenza delle lezioni e lo studio autonomo di eventuali testi di riferimento in preparazioneall’esame finale o della tesi. Non devono intendersi come materiale ufficiale dell’università attribuibile al docente del corso o al relatore
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Appunti di Ingegneria dei sistemi - Politecnico di Milano

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Filamenti di actina Premium

Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioingegneria cellulare su: struttura dei filamenti di actina. Factina Gactina ATP e ADP. Contatti longitudinali e trasversali. Polimerizzazione depolimerizzazione. Treadmilling. Influenza della concentrazione. Fasi di crescita. Proteine associate e tipologie. Organizzazione in fasci e reti. Proteine linker e tipologie. Microvilli. Miosina I e miosina II. Funzione della corteccia cellulare. Cambiamento di forma delle piastrine. Locomozione cellulare.
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Microtubuli Premium

Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioingegneria cellulare su: proteine stabilizzatrici dei microtubuli. Catastrofine. Funzioni dei microtubuli. Trasporto attivo e proteine motrici. Chinesine. Dineine. Movimento dei motori molecolari e adattatori. Flusso anterogrado e retrogrado. Centrosoma centrioli e matrice pericentriolare. Mitosi. Fuso mitotico in metafase e anafase. Ciglia e flagelli.
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Microtubuli Premium

Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioingegneria cellulare su: distribuzione e funzione dei microtubuli. Struttura. Tubulina alpha e beta. GTP e GDP. Ione magnesio. Domini nelle tubuline. Tasca di Rossman. Interfacce di interazione tra monomeri e dimeri e tipi di legame. Superficie esterna e luminale. Polarità del filamento e velocità di crescita. Numero di protofilamenti e sfasamento con calcoli. Strutture a e B e di tipo A e di tipo B. Fasi di formazione del microtubulo in vitro e in vivo. Shrinking. Modello di idrolisi accoppiata e di idrolisi ritardata. Ruolo della concentrazione di dimeri sulla crescita del microtubulo. Instabilità dinamica. Colchicina e taxani.
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Citoscheletro Premium

Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioingegneria cellulare su: citoscheletro. Tipologie di filamenti. Funzioni passive e attive. Struttura e direzionalità. Prime ipotesi sull'esistenza di un citoscheletro. Caratteristiche generali di microtubuli e microfilamenti di actina e filamenti intermedi. Proteine associate ai filamenti.
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Proteine, riconoscimento molecolare, legami secondari, strutt terz, folding, malattie da misfolding Premium

Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioingegneria cellulare su:. riconoscimento molecolare. Tipologie di legami e legami secondari. Struttura terziaria. processo di folding proteico. Proteine di ausilio al folding. Tecniche di studio del folding. Sistemi di controllo del folding. Patologie legate al misfolding.
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Origine della vita e delle biomolecole Premium

Esame Bioingegneria cellulare

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. M. Soncini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioingegneria cellulare su: stelle e atomi pesanti. Fase di sviluppo della vita sulla Terra. Polveri stellari. Esperimenti su atmosfera primordiale. Gerarchia temporale delle biomolecole. Rna world, protometabolismo e tioesteri. Livelli di organizzazione dell organismo umano. Fenomeni fisici e livelli di scala temporale e metrica. Costituenti del corpo umano. Meccanismi molecolari e architetture delle specie
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Genetica Premium

Esame Bioinformatica e genomica funzionale

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. L. Pattini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioinformatica e genomica funzionale su: genetica e mutazioni e patologia. Anemia falciforme. Corredo genetico. Modelli di ereditarietà. Patologie complesse. OMIM. metodi per identificazione di un gene malattia: analisi di linkage e studi di associazione. Definizioni: locus, allele, polimorfismo, penetranza, fase. Le tre leggi di Mendel. Crossing-over. Distanza genetica. Esempi. Verosimiglinaza L e probabilità di ricombinazione tetha. Distribuzione binomiale. Lod score Z. SNPs. Ipotesi del modello. Legge della probabilità totale. Soglie convenzionali. Proprietà additiva. Malattie mendeliane vs malattie complesse. Casi vs controlli. Statistica chi quadrato. Modelli: generale, dominante, recessivo, additivo, di conto degli alleli. Test di Armitage. Manhattan plot. Variabilità interindividuale
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Biologia dei sistemi Premium

Esame Bioinformatica e genomica funzionale

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. L. Pattini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioinformatica e genomica funzionale su: biologia die sistemi. Analisi di rete: reti trascrizionali, di proteine, metaboliche. Nodi e posizione nella rete. Grado k di un nodo. Coefficiente di clustering. Istogrammi sulla distribuzione del grado: rete random e rete scale-free. Attacco preferenziale e duplicazione del gene. Disassortatività. Fenomeno del piccolo mondo. Motivi di rete: feedforward loop, dense overlapping regulon, biparallelo, single input module, catena a tre.
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Proteine II Premium

Esame Bioinformatica e genomica funzionale

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. L. Pattini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioinformatica e genomica funzionale su: predizione della struttura terziaria e metodi sperimentali. Protein data Bank. Metodi di predizione: metodo ab inizio, di fold recognition e di homology modeling. Swiss model per il template. Alpha fold.
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Epigenetica Premium

Esame Bioinformatica e genomica funzionale

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. L. Pattini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioinformatica e genomica funzionale su: epigenetica, organizzazione spaziale della cromatina e regolazione dell'espressione genica. Modalità di regolazione: metilazione del DNA, modifiche post-traduzionali sugli istoni, varianti degli istoni e rimodellamento del nucleosoma. Code istoniche. Eredità delle modifiche epigenetiche.
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Espressione genica II Premium

Esame Bioinformatica e genomica funzionale

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. L. Pattini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioinformatica e genomica funzionale su: RNA-seq. Limitazioni dei microarray. Seq diretto. Vantaggi. Read. Normalizzazione RPKM. SAM e BAM file. Sovradispersione e binomiale negativa. Individuazione dei geni espressi in modo differenziale. Fold change. T-test. p-value. Test d ipotesi. Volcano plot. Correzione da test multiplo: Bonferroni, Holm, Westfall e Young, Benjamini. Profili d espressione e heat map. geni come vettori: distanza euclidea, distanza di Manhattan e correlazione di Pearson. Clustering gerarchico: single linkage, average linkage, complete linkage, centroid linkage. Annotaioni e gene Ontology, termini. Analisi di arricchimento. Clustering k-means. Analisi dei componenti principali.
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Espressione genica I Premium

Esame Bioinformatica e genomica funzionale

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. L. Pattini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioinformatica e genomica funzionale su: trascrittomica. cDNA microarray. Analisi d immagine. Scatter plot e MA plot. Bias sistematici. Normalizzazioni e Lowess. Dye swap. Array a oligonucleotidi. Definizioni: feature, probe, probe pair, probe set. Preprocessamento. Box plot. RMA e MAS5. Accuratezza e precisione. MIAME
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Proteine I Premium

Esame Bioinformatica e genomica funzionale

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. L. Pattini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioinformatica e genomica funzionale su: struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria delle proteine. Alpha elica e beta sheet e coil. Motivo e dominio. Prosite. Pattern e profilo. Famiglia. Pfma. Profilo di idrofobicità. Domini transmembrana. Alphaelica anfifilica e proteine mitocondriali. Algoritmo di Chou Fasman.
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RNA Premium

Esame Bioinformatica e genomica funzionale

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. L. Pattini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioinformatica e genomica funzionale su: dogma centrale della biologia. Database per rna. Tecniche per predire la struttura secondaria dell rna. Rna non codificante e tipologie. Mirna con database e struttura e meccanismi di azione. Geni target e antitarget con metodi per classificarli. interfacce web sui target. Tuning e buffering.
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Multiallineamento Premium

Esame Bioinformatica e genomica funzionale

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. L. Pattini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioinformatica e genomica funzionale su: definizione di multiallineamento. Allineamento progressivo come estensione del concetto di allineamento a coppie globale con algoritmo ottimo e costruzione dell albero filogenetico guida. Implementazione con ClustalW.
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Modelli di evoluzione Premium

Esame Bioinformatica e genomica funzionale

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. L. Pattini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioinformatica e genomica funzionale su: matrice di sostituzione PAM. Modelli di evoluzione. catena di Markov e matrice di transizione. Spazio di stato. Modello di Jukes-Cantor. Modello di Kimura. Modello markoviano nascosto. Log-odds ratio. problema di valutazione, problema di decodifica e problema di learning.
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Filogenetica Premium

Esame Bioinformatica e genomica funzionale

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. L. Pattini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioinformatica e genomica funzionale su: filogenetica. Grafo e albero. Topologia. Rooted tree e non roteed tree. Numero di combinazioni possibili per gli otu. Approccio filogenetico e approccio cladistico. Metodo UPGMA. Metodo a massima parsimonia. Metodo di massima verosimiglianza. Analisi di bootstrap.
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Blast Premium

Esame Bioinformatica e genomica funzionale

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. L. Pattini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioinformatica e genomica funzionale su: problematiche dell'algoritmo di allineamento ottimo e soluzioni euristiche. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool): i suoi programmi. Algoritmo locale applicato da BLAST. Presentazione dei risultati. I punteggi e significatività statistica. PSI-BLAST (Position Specific Iterated BLAST).
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Allineamento ottimo Premium

Esame Bioinformatica e genomica funzionale

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. L. Pattini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioinformatica e genomica funzionale su: allineamento a coppie e applicazioni. Similarità e omologia. Geni ortologhi e paraloghi. Il Dot Plot. Schema di punteggio per l allineamento. Modelli di allineamento ottimo: globale e locale. Esempi semplici di problema e algoritmo di allineamento globale. Algoritmo in forma di equazioni. Esempio semplice. Algoritmo per l allineamento locale ed esempi. Definizione della matrice di sostituzione.
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Introduzione Bioinformatica e genomica funzionale Premium

Esame Bioinformatica e genomica funzionale

Facoltà Ingegneria dei sistemi

Dal corso del Prof. L. Pattini

Università Politecnico di Milano

Appunti esame
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Appunti di Bioinformatica e genomica funzionale su: storia del dna. Struttura del dna. Cromosomi. Impaccamento del DNA nel nucleo. Dogma fondamentale della biologia molecolare. I geni e lo splicing alternativo. Traduzione e ridondanza del codice. Geni codificanti e non codificanti. database di geni. Struttura e funzione delle proteine. Anemia falciforme. Database per le proteine. Le -omiche. Applicazioni della bioinformatica e genomica funzionale all ambito medico
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Corsi di Ingegneria dei sistemi - Politecnico di Milano

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Altre facoltà dell'università Politecnico di Milano

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