Appunti di Bioinformatica

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Tra i professori che hanno tenuto i corsi per l’esame di bioinformatica su cui sono basati i nostri riassunti e appunti: Helmer-Citterich Manuela, Viganò Luca, Bicciato Silvio, Hellmer Citterich Manuela, Barbuti Roberto e molti altri, nelle università di Università degli Studi di Roma Tor Vergata, Università degli Studi di Verona, Università degli Studi di Modena e Reggio Emilia, Università degli Studi di Pisa, Università Politecnica delle Marche - Ancona.

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Appunti di Bioinformatica

Bioinformatica - Uniprot, Esercitazioni di laboratorio

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Helmer-Citterich

Università Università degli Studi di Roma Tor Vergata

Esercitazione

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Esercizi di Bioinformatica della prof. Helmer Citterich riguardanti la ricerca di sequenze nucleotidiche all'NCBI, la ricerca di sequenze nucleotidiche all'EBI e la consultazione della banca dati EMBL, l'utilizzo della risorsa UniProt e la sua interrogazione.

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Bioinformatica - Ricerche bibliografiche, Esercitazioni di laboratorio

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Helmer-Citterich

Università Università degli Studi di Roma Tor Vergata

Esercitazione

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Esercizi di Bionformatica della prof. Helmer Citterich su come effettuare una ricerca in PubMed, impostare filtri per la ricerca di materiale pubblicato su riviste scientifiche, come utilizzare la risorsa Google Scholar per effettuare ricerche scientifiche, consultazione e interrogazione del portale di ricerca di UniProt.

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Bioinformatica - Blast e Fasta, Esercitazioni di laboratorio

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Helmer-Citterich

Università Università degli Studi di Roma Tor Vergata

Esercitazione

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Esercizi di Bionformatica della prof. Helmer Citterich su come effettuare una ricerca in Uniprot, interrogare il database attraverso l'algoritmo blast (Basic Local Alignment Search Tool), effettuare ricerche ed interrogazioni DB con il programma Fasta e la banca dati SwissProt.

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Vulnerabilità Web: Analisi e Metodi di Individuzione Automatici

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. L. Viganò

Università Università degli Studi di Verona

Tesi

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Tesi triennale sulle vulnerabilità del web. Fornisce una panoramica sulla sicurezza fornendo criteri di analisi dei rischi e di 6 entry della top-10 dell'OWASP. Presenta l'articolo "Why Johnny Can't Pentest: An Analisys of Black-Box Vulnerability Scanners". Ogni elemento analizzato della classifica OWASP è commentato e correlato da un esempio illustrato.

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Bioinformatica

Esame Bioinformatica

Facoltà Bioscienze e biotecnologie

Dal corso del Prof. S. Bicciato

Università Università degli Studi di Modena e Reggio Emilia

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Appunti di Bioinformatica basati su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Bicciato dell’università degli Studi di Modena e Reggio Emilia - Unimore, Facoltà di Bioscienze e biotecnologie, Corso di laurea in biotecnologie. Scarica il file in formato PDF!

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Appunti di Bioinformatica

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Hellmer Citterich

Università Università degli Studi di Roma Tor Vergata

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Appunti di bioinformatica basati su appunti personali del publisher presi alle lezioni della prof.ssa Hellmer Citterich dell’università degli Studi di Tor Vergata - Uniroma2, Facoltà di Scienze matematiche fisiche e naturali. Scarica il file in formato PDF!

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Bioinformatica, prof. Barbuti

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. R. Barbuti

Università Università degli Studi di Pisa

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Appunti delle lezioni e alcuni esercizi svolti con soluzione basati su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Barbuti dell’università degli Studi di Pisa - Unipi, facoltà di Scienze matematiche fisiche e naturali. Scarica il file in formato PDF!

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1-Generalità e tipologie di database

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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Documento contenente una descrizione delle più importanti banche di dati per l'esame di bioinformatica basati su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Barucca dell’università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file in formato PDF!

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2. disegnare la struttura di una proteina (pdb e swiss pdb)

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

Appunto

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In questo documento viene spiegato passo dopo passo, in modo dettagliato, come fare per riuscire a disegnare una proteina attraverso l'uso di strumenti informatici. Appunti basati su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Barucca dell’università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file in formato PDF!

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4. Predizione di struttura secondaria (+esercitazione gor iv e protscale)

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. P. Mariani

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

Appunto

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In questo documento si descrivono gli algoritmi di prima generazione (come l’algoritmo di Chou e Fasman), gli algoritmi di seconda generazione (come l’algoritmo di GOR-GOR Method), gli algoritmi di terza generazione (come PSI-PRED e J-PRED). C'è inoltre l'ESERCITAZIONE relativa ai programmi PROT SCALE e GOR IV.

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5. Predizione di struttura secondaria (esercitazione jpred)

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. P. Mariani

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

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In questo documento è riportata l'esercitazione relativa all'utilizzo del programma di predizione di struttura JPRED elaborata dal publisher sulla base di appunti personali e frequenza delle lezioni del professore Mariani. Scarica il file con le esercitazioni in formato PDF!

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6. Predizione di struttura secondaria (esercitazione homology modeling)

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. P. Mariani

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

Appunto

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In questo documento si riporta l'esercitazione relativa alla predizione di struttura secondaria con l'Homology Modelling elaboratp dal publisher sulla base di appunti personali e frequenza delle lezioni del professore Mariani. Scarica il file con le esercitazioni in formato PDF!

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7 Predizioni di struttura terziaria

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. P. Mariani

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

Appunto

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In questo documento si riportano i metodi per la predizione della struttura terziaria di una proteina ed è elaborato dal publisher sulla base di appunti personali e frequenza delle lezioni del professore Mariani. Scarica il file con le esercitazioni in formato PDF!

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8 Banche dati scop e cath

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. P. Mariani

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

Appunto

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Appunti di bioinformatica su Banche dati scop e cath elaborati dal publisher sulla base di appunti personali e frequenza delle lezioni del professore Mariani, dell'università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file con le esercitazioni in formato PDF!

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7 PCR e progettazione primer e primer degenerati

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

Appunto

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In questo documento si descrivono i punti più importanti di un processo di PCR e si fa riferimento al modo in cui vengono progettati i primer per utilizzare durante la PCR. Si fa cenno e si descrive anche il concetto di PRIMER DEGENERATI. Scarica il file in formato PDF!

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2 Le matrici per il confronto tra sequenze

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

Appunto

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Nel seguente documento è descritto in modo dettagliato il modo in cui funzionano le matrici a punti (dot plot o dot matrix) e di punteggio (o sostituzione), l'algoritmo di Levenshtein. Ci sono cenni di variabilità genetica e cenni relativi al concetto di OROLOGIO MOLECOLARE DI ZUCKERKANDL E PAULING

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3 Algoritmi dinamici

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

Appunto

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In questo documento è descritto il modo in cui operano gli algoritmi dinamici, facendo particolare riferimento all'algoritmo di Needlman e Wunsh e all' algoritmo di Waterman, dell'università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file con le esercitazioni in formato PDF!

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4 I sistemi euristici (fasta e blast)

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

Appunto

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In questo documento è spiegato step by step in che modo operano i sistemi FASTA e BLAST per il confronto tra sequenze geniche. Documento basato su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Barucca dell’università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file in formato PDF!

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5 Clustal W

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

Appunto

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In questo documento c'è la descrizione del modo di operare del programma CLUSTAL W relativo all'allineamento tra più sequenze geniche (ALLINEAMENTI MULTIPLI). Documento basato su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Barucca dell’università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file in formato PDF!

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6 T Coffee

Esame Bioinformatica

Facoltà Scienze matematiche fisiche e naturali

Dal corso del Prof. M. Barucca

Università Università Politecnica delle Marche - Ancona

Appunto

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In questo documento si fa cenno ai programmi più moderni utilizzati per l'allineamento multiplo, come il programma T-COFFEE. Documento basato su appunti personali del publisher presi alle lezioni del prof. Barucca dell’università degli Studi del Politecnico delle Marche - Univpm. Scarica il file in formato PDF!

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