Bioinformatica - Blast e Fasta, Esercitazioni di laboratorio

Esercitazioni di Bioinformatica – Prof.ssa Manuela Helmer-Citterich

Università degli Studi di Roma “Tor Vergata”

Prova di laboratorio 3: Blast2

• 1) Collegarsi al sito dell'NCBI e trovare la pagina di Blast2 (bl2seq);
• 2) Leggere le spiegazioni nel website;
• 3) Collegarsi a UniProt e identificare le entries della mioglobina umana e murina (utilizzando la ricerca per campi, su protein name e organism);
• 4) Appuntarsi gli accession numbers delle due sequenze;
• 5) Cercare i codici delle relative sequenze nucleotidiche nelle cross-referenze presenti nelle entries;
• 6) Accedere alle due sequenze in formato FASTA;
• 7) Utilizzando le funzioni copy/paste del mouse, inserire le sequenze identificate nelle text box di Blast2;
• 8) Selezionare il programma per le sequenze proteiche (BLASTP) e scegliere la matrice di sostituzione che si vuole utilizzare (per esempio PAM30 e PAM70);
• 9) Lanciare il programma sulle sequenze proteiche e visualizzare la matrice di punti risultante e l'allineamento delle due sequenze;
• 10) Appuntarsi la percentuale di identità delle due sequenze confrontate, il punteggio dell'allineamento e il suo expectation value.

Blast

• 11) Collegarsi al sito dell'NCBI e trovare la pagina di Blast (Blastp) per sequenze proteiche;
• 12) Lanciare la proteina umana FHIT (cercare in UniProt le sequenze che abbiano gene name=FHIT e organism=Homo sapiens) contro la banca dati SwissProt;
• 13) Osservare con attenzione tutte le parti dell'output di Blast (eventuali domini, output grafico, descrizioni delle proteine simili identificate, allineamenti, allineamento multiplo;
• 14) Scegliere due allineamenti a basso e ad alto E-value (ad esempio: 7e-19 e 0.001);
• 15) Per ognuno degli allineamenti scelti, annotare i nomi delle proteine, il punteggio di Blast, la percentuale di identità;
• 16) Rilanciare la ricerca variando i parametri (matrice di sostituzione o altro) e valutare la diversità degli output ottenuti;

Fasta

• 25) Effettuare la stessa ricerca anche col programma Fasta all'indirizzo: http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/fasta/ lanciando la sequenza di FHIT contro la sola banca dati SwissProt;
• 26) Analizzare l'output, seguendo il link ai singoli allineamenti e al visual output,