Tassonomia

Tassonomia

La tassonomia si occupa della classificazione, cioè della identificazione e della nomenclatura degli organismi viventi.

Specie

Specie è l’unità tassonomica di base: collezione di ceppi simili che differiscono sufficientemente da altri gruppi di ceppi da giustificare il riconoscimento come unità tassonomica a se stante.

Ceppo type

Il ceppo type è un ceppo di riferimento che riassume in sé tutte le caratteristiche fenotipiche e genotipiche dei ceppi della specie che rappresenta. I ceppi type si trovano nelle «ceppoteche», le collezioni di colture di riferimento. In Europa e negli Stati Uniti, sono le seguenti:

• Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH (DSMZ), (German Collection of Microorganisms and Cell Cultures), organizzazione no-profit (per es.: Bifidobacterium bifidum DSM 20456T)
• American Type Culture Collection (ATCC), centro di ricerca privato no-profit (per es.: Bifidobacterium bifidum ATCC 11863T)

Identificazione

L’identificazione tassonomica di un ceppo batterico si basa sulla valutazione di caratteristiche fenotipiche e genotipiche e sul confronto di queste caratteristiche con quelle dei ceppi type.

Caratteristiche fenotipiche

• Morfologiche
• Fisiologiche
• Colturali
• Nutritive
• Biochimiche
• Bio-strutturali

 Microbiologia classica

Caratteristiche genotipiche

Analisi degli acidi nucleici (in particolare della loro sequenza nucleotidica)  Biologia molecolare

Caratterizzazione fenotipica

Caratteristiche morfologiche

1. Micromorfologia: forma, dimensione, disposizione delle cellule (catenelle, aggregati), presenza di endospore
2. Macromorfologia: aspetto della colonia
3. Colorazione di Gram
4. Mobilità

Metabolismo energetico

1. Respirazione aerobia
2. Fermentazione
3. Anaerobio facoltativo

Caratteristiche colturali e nutritive

Tipologia di fonte di carbonio: organica o inorganica? Profilo di utilizzazione del carbonio
Tipologia di fonte di azoto
Fattori di crescita (vitamine)
Parametri ambientali (pH, temperatura).

Indicatore di pH: Se il ceppo utilizza la fonte di carbonio produce acido e quindi il colore dell’indicatore di pH cambia.
Sistema di gallerie API (Analytical Profile Index): serie di microtubi contenenti substrati disidratati per evidenziare attività enzimatiche o fermentazioni di zuccheri.

Caratteristiche fisiologiche e biochimiche

• Catalasi
• Amilasi
• Proteasi
• Lipasi
• Ureasi

Caratteristiche chimico-strutturali

1. La composizione chimica della parete cellulare
2. Gli acidi grassi nella membrana cellulare

Caratterizzazione genotipica

Nei batteri, la specie è definita come un insieme di microrganismi che posseggono: