Caratteri impiegati nella tassonomia

Caratteri impiegati nella tassonomia

Caratteri impiegati nella tassonomia

Caratteri impiegati nella tassonomia

Attualmente nella classificazione e nell’identificazione dei microrganismi si impiegano molti caratteri importanti dal punto di vista tassonomico, che possono essere suddivisi in “classici” e “molecolari”.

Caratteri classici

• Caratteri morfologici: forma, dimensione, morfologia delle colonie, caratteri ultrastrutturali ecc.
• caratteri fisiologici e metabolici: fonti di carbonio e azoto, costituenti della parete cellulare, fonti di energia, motilità, esigenze nutrizionali, temperatura ottimale ecc.
• caratteri ecologici: modalità dei cicli biologici, natura delle relazioni simbiotiche, patogenicità in un particolare ospite, esigenze di temperatura, pH e concentrazione di ossigeno ecc.
• analisi genetica: studio dello scambio di geni cromosomici mediante trasformazione e coniugazione.

Caratteri molecolari

• Confronto delle proteine: le sequenze amminoacidiche delle proteine riflettono direttamente le sequenze dell’RNA messaggero (mRNA), e sono quindi correlate con le strutture dei geni che ne codificano la sintesi; i confronti di proteine di differenti microrganismi sono quindi utili ai fini tassonomici
• Composizione in basi degli acidi nucleici: confronto di genomi microbici sulla base della composizione in basi del DNA; la percentuale molare di G + C nel DNA rispecchia la sequenza di basi e varia al variare della sequenza
• Ibridazione degli acidi nucleici: il grado di similarità (od omologia) fra genomi viene confrontato mediante studi di ibridazione DNA-DNA per microrganismi affini e DNA-RNA (rRNA o tRNA) per microrganismi imparentati alla lontana, attuati mediante denaturazione (o fusione, melting) e rinaturazione degli acidi nucleici a temperatura rispettivamente superiore e inferiore alla temperatura di denaturazione
• Sequenziamento degli acidi nucleici: confronto diretto delle strutture dei genomi mediante sequenziamento rapido del DNA e dell’RNA; quest’ultimo è il più usato nella tassonomia dei microrganismi con studi sul tRNA e sull’rRNA (ideale per studi sull’evoluzione e sulle affinità dei microrganismi in quanto contiene sequenze variabili e stabili).