Microbiologia clinica - Appunti

Microbiologia clinica

Infezioni nosocomiali

Le infezioni nosocomiali, per definizione, sono infezioni contratte durante il ricovero in ospedale, che non era manifesta clinicamente né in incubazione al momento dell’ammissione, ma che compare durante o dopo il ricovero e da questo è determinata. Comprendono anche le infezioni che il personale ospedaliero può contrarre nell’assistenza ai malati. L’infezione va distinta dalla colonizzazione, definita come moltiplicazione a livello locale dei microrganismi senza apparenti reazioni tessutali o sintomi clinici.

Le infezioni ospedaliere vengono definite come condizioni localizzate o sistemiche, risultanti da una reazione avversa alla presenza di un agente infettivo o di sue tossine, che rientra nei seguenti criteri:

• Si presenta in un paziente ricoverato;
• Non vi è evidenza di infezione o incubazione al momento dell’ammissione;
• Rientra nei criteri specifici che definiscono i siti di infezione.

Oggi con il termine infezione ospedaliera si intende un campo molto vasto che comprende anche tutte le infezioni riconducibili a momenti assistenziali, anche non strettamente ospedalieri, e la prevenzione del rischio biologico per il personale sanitario. Semmelweiss nella metà del 1800 dimostrò che l’ospedale poteva rappresentare un rischio per i pazienti, che tale rischio era di origine infettiva, e che tale evento era prevenibile lavando le mani con cloruro di calcio. Seguirono sviluppi che permisero di ridurre le infezioni nosocomiali. In Italia il programma di controllo delle IO fu elaborato dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS) nel 1980. Nel 1990, sempre in Italia, vennero emanati dei decreti legislativi per la riorganizzazione delle strutture ospedaliere.

In Italia ogni anno si verificano quasi 700 mila IO che portano alla morte circa 7 mila pazienti. Il tasso d’infezioni ospedaliere è del 6,8%. I soggetti esposti al rischio di IO sono i malati ricoverati, i soggetti in day hospital (dializzati, accertamenti strumentali, ambulatori ecc), lo staff sanitario e i visitatori.

Gli agenti patogeni si dividono in tradizionali e opportunisti. Quelli tradizionali sono, ad esempio, il virus influenzale, i virus dell’epatite, le salmonelle ecc. che possono colpire anche il personale di assistenza. Gli agenti opportunisti invece sono tutti quei microrganismi che aggrediscono l’ospite solo quando si determinano condizioni tali da consentire il loro impianto in distretti normalmente sterili e/o quando si verifica una diminuzione a vario livello delle difese dell’ospite. Il serbatoio è rappresentato dall’uomo e dall’ambiente, dunque affinché avvenga la trasmissione del microrganismo è necessario che vi sia un veicolo (soprattutto dalle mani degli operatori sanitari lavaggio frequente delle mani).

Le IO si classificano in base alla provenienza dell’agente eziologico, in:

• Endogene: infezione sostenuta da un agente già da tempo presente nell’organismo del soggetto in causa, che ha acquistato patogenicità e virulenza;
• Esogene: il germe viene trasmesso da altri pazienti, dall’ambiente o dal personale sanitario tramite due modalità:
  • Contatto diretto con la fonte di infezione;
  • Contatto indiretto, il germe viene trasportato da un veicolo animato o inanimato.

La trasmissione esogena può essere impedita dall’uso di pratiche igieniche, quali il lavaggio delle mani, l’utilizzo di dispositivi barriera (guanti), la sanificazione (pulizia) e la sanitizzazione (disinfezione).

Si possono classificare le IO anche in base alla localizzazione:

• Batteriemia primitiva
• Infezioni delle vie urinarie
• Infezioni associate a cateteri
• Polmonite nosocomiale
• Intravascolari centrali
• Sepsi
• Infezioni del sito chirurgico

I fattori più importanti sono associati alla durata del ricovero, all’utilizzo di antibiotici e all’utilizzo di strumentazioni invasive. L’uso reiterato di antibiotici comporta una pressione selettiva a favore dei ceppi resistenti facilitandone l’emergenza. Le specie resistenti principalmente sono la conseguenza di comportamenti terapeutici.

Altri fattori che predispongono all’IO sono:

• Età
• Traumi accidentali
• Traumi intenzionali
• Malattie predisponenti
• Altre infezioni
• Medicamenti specifici
• Immunità specifica

Il rischio di contrarre una IO è direttamente proporzionale alla dose infettante e alla virulenza dei microrganismi (patogenicità, virulenza, invasività, resistenza agli antibiotici, fonti e serbatoi), mentre è inversamente proporzionale alla resistenza del soggetto ospedalizzato. Altri fattori di rischio sono le caratteristiche ambientali.

I batteri sono responsabili del 95% delle IO (70% Gram- e 30% Gram+ quali Staph aureus, CONs, difteroidi, C. difficile e Listeria monocytogenes), i miceti del 3%, i virus dell’1% e il restante 1% è causato da altre fonti. L’aumento dei Gram+ è da riferirsi a due cause: l’introduzione di molecole antibiotiche selettive nei confronti dei Gram-, e la frequenza crescente di manovre invasive strumentali e di impianti di protesi.

Le mani sono serbatoi di E. coli, Enterobatteri, Serratia, P. aeruginosa, P. cepacia, P. maltophilia, Staph aureus e epidermidis. Le narici si Staph aureus e epidermidis. Le feci di E. coli, Klebsiella, Enterobatteri, P. aeruginosa e C. difficile. Le urine di E. coli, Klebsiella, Serratia e P. aeruginosa. Le più comuni infezioni ospedaliere sono infezioni del tratto urinario (42%), infezioni di ferite chirurgiche (24%), infezioni del tratto respiratorio (11%), batteriemie (5%).

Per parlare di sintomatiche infezione delle vie urinarie è necessario che vi sia la presenza di almeno uno dei seguenti sintomi/segni, in assenza di altre possibili cause: febbre (>38°), urgenza ad urinare, pollachiuria, disuria, tensione sovrapubica.

L’80% delle infezioni del tratto urinario sono associate all’utilizzo del catetere, il resto si verifica in seguito ad altre manovre invasive. I batteri sia di origine esogena che endogena possono colonizzare il tratto urinario attraverso 4 meccanismi:

• Inserzione del catetere sulla superficie esterna del catetere (extraluminale);
• Attraverso il lume del catetere (intraluminale) dopo la rimozione.

Tra i principali fattori che favoriscono lo sviluppo di IVU associate a cateterismo vi è la suscettibilità intrinseca del catetere alla contaminazione. Alcuni patogeni urinari (quali Pseudomonas e Proteus) hanno la capacità di produrre una matrice extracellulare di glicocalice batterico (biofilm) che consente loro di aderire alla superficie plastica del catetere.

I microrganismi associati a infezioni delle vie urinarie (IVU) sono E. coli, Enterococchi, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella e Candida. I fattori dell’ospite che favoriscono l’insorgenza di IVU sono anomalie anatomiche, immunosoppressione, diabete mellito e anomalie nello svuotamento vescicale. Inoltre ci sono fattori genetici e la presenza di corpi estranei (quali appunto il catetere urinario).

La batteriuria in pazienti portatori di catetere è caratterizzata da un singolo batterio nei casi di cateterismo a breve termine (2-4 gg) o di 2 – 4 specie nel caso di cateterismo a lungo termine (più di 7 gg). Per prevenire le infezioni ospedaliere è necessario ridurre al minimo l’uso del catetere, altrimenti inserirlo e mantenerlo in modo asettico e creare un sistema di drenaggio chiuso. Al momento dell’inserzione del catetere è consigliabile una profilassi antibiotica di breve durata monodose.

Infezioni chirurgiche

Le infezioni chirurgiche hanno un’incidenza del 24-25% e si verificano successivamente ad un intervento operatorio. Si distinguono in due tipi:

• Infezioni in sede
• Infezione metastatica a distanza

L’infezione del sito chirurgico si sviluppa entro 30 gg dall’intervento e interessa soltanto la cute o il tessuto sottocutaneo dell’incisione. Si può avere secrezione purulenta dall’incisione superficiale, isolamento di un microrganismo da una coltura ottenuta con tecniche asettiche dai fluidi o dai tessuti dell’incisione superficiale, e la presenza di almeno uno dei seguenti segni/sintomi: dolore, tensione superficiale, gonfiore, eritema.

L’infezione si deve a batteri introdotti nei tessuti e provenienti dalla flora commensale del paziente o dall’ambiente o dal personale della sala operatoria (S. piogene e S. aureus). Le infezioni chirurgiche si verificano dopo 3-7 gg dall’intervento (infezioni post-operatorie precoci dopo solo 24-48h). Dopo 4-6 gg si verificano infezioni stafilococciche, e dopo 6-8 gg le infezioni sostenute da Gram- o da anaerobi.

L’intervento chirurgico si divide in:

• Intervento pulito (rischio 5%, monomicrobica, infezione superficiale della ferita):
  • Intervento su cute integra, senza interessamento del tratto respiratorio, gastrointestinale o genito-urinario.
  • Interventi chiusi in prima istanza e, quando necessario, drenati con drenaggio chiuso.
  • Interventi consecutivi a traumi non penetranti.
• Intervento pulito/contaminato (rischio 7%, polimicrobica, superficiale, profonda o metastatica):
  • Interventi che interessano il tratto respiratorio, gastrointestinale o genito-urinario, in condizioni controllate e senza contaminazione significativa della ferita.
  • Interventi sul tratto biliare, appendice, orofaringe, vagina, a condizione che non vi sia alcuna evidenza di infezione e non vi sia stata alcuna interruzione delle tecniche asettiche.
• Interventi contaminati (rischio 15%, polimicrobica, superficiale, profonda o metastatica):
  • Interventi consecutivi ad un trauma recente, aperto.
  • Interventi che comportano il non rispetto dell’asepsi o uno spandimento significativo del contenuto gastrointestinale.
  • Interventi che interessano un processo infiammatorio acuto, non purulento.
• Interventi sporchi/infetti (28-40%, polimicrobica, superficiale, profonda o metastatica):
  • Interventi su traumi di vecchia data con ritenzione di tessuti devitalizzati, corpi estranei.
  • Interventi che interessano processi infettivi acuti purulenti o in presenza di perforazione di visceri.

La sorgente di infezione delle infezioni chirurgiche può essere: esogena, endogena, endogena/esogena o esogena/endogena.

Per ridurre il rischio di infezioni chirurgiche sono necessarie alcune norme: asepsi generale e chemioprofilassi perioperatoria. Le infezioni del sito chirurgico riguardano per il 94% l’ortopedia, 85% chirurgia generale, 70-80% chirurgia ginecologica, 70% chirurgia cardiaca. È necessaria la sorveglianza dopo la dimissione dall’ospedale per almeno un mese.

Il trattamento antibiotico va iniziato immediatamente prima dell’intervento, bisogna assicurare adeguati livelli tissutali durante tutta la fase operatoria (antibiotico nel corso dell’intervento), sospendere l’antibiotico entro 24-48h dall’intervento. In questo modo non si modifica la flora batterica del paziente ma evita la colonizzazione di ceppi resistenti.

I fattori che possono modificare la probabilità di infezione del sito chirurgico sono: carica microbica e tipo della contaminazione, condizione della ferita alla fine dell’intervento, fattori dell’ospite che modificano la suscettibilità individuale e la resistenza, infezioni preesistenti, durata della degenza preoperatoria, rasatura prima dell’intervento, profilassi antibiotica, preparazione dell’equipe operatoria.

Infezioni respiratorie

Le infezioni respiratorie rappresentano il 10-20% di tutte le infezioni ospedaliere. I reparti a rischio sono rianimazione, chirurgia, medicina e pediatria. Sono le principali cause di mortalità tutte le infezioni nosocomiali (50%). La polmonite nosocomiale è una infezione del parenchima polmonare che non è presente clinicamente né in incubazione al momento del ricovero, e che insorge dopo almeno 48-72h dal ricovero o entro 48-72h dalla dimissione.

Le misure di controllo riguardano le linee guida che tengono conto delle variabili:

• Paziente a rischio con preesistenti disfunzioni dell’apparato respiratorio
• Eventuale anestesia per-operatoria
• Respirazione assistita
• Intubazione nasale o tracheale

I patogeni responsabili sono batteri Gram- e S. aureus che causano broncopolmoniti necrotizzanti. P. aeruginosa, MRSA, A. baumannii, H. influenzae, S. pneumoniae e MSSA sono associati a VAP (polmonite associata con la ventilazione meccanica). Tra i microrganismi più frequentemente associati a mortalità abbiamo P. aeruginosa (72%) e S. aureus (65%).

Infezioni che coinvolgono il circolo ematico

Sepsi o setticemia: tutte le infezioni del sangue (5-10%); Batteriemia: invasione del circolo sanguigno da parte di un agente infettante con moltiplicazione di esso in questa sede. Si può verificare l’invasione di altri tessuti o organi.

La batteriemia primaria è dovuta all'inoculazione diretta del germe nel circolo sanguigno per varie cause: trasfusioni, terapia infusiva, nutrizione parenterale, emodialisi. Batteriemia secondaria: causata da un’infezione proveniente da altri siti: infezioni intraddominali, infezioni del tratto urinario, infezioni del tratto respiratorio, ustioni ecc.

Pseudobatteriemia: invasione del circolo sanguigno da parte di un agente infettante senza moltiplicazioni. Anche in questo caso si può verificare l’invasione di altri tessuti o organi. La contaminazione di un catetere venoso rappresenta la causa più comune, ma anche più prevenibile di batteriemie e fungemie nosocomiali primitive (batteriemie primarie). Le complicanze infettive imputabili alla terapia per via endovenosa rappresentano l’8-12% di tutte le infezioni ospedaliere e causano mortalità del 20-50%. I germi responsabili sono: S. epidermidis, S. aureus, batteri Gram-, Enterococchi. Nel caso di nutrizione parenterale è importante anche la Candida albicans.

Una batteriemia con germi scarsamente patogeni quali Enterobatteri, Klebsiella, Serratia e Pseudomonas (che sono in grado di crescere in soluzioni di glucosio al 5%) è indice di una possibile contaminazione dei liquidi di infusione. Le batteriemie transitorie possono essere causate da manovre diagnostiche o terapeutiche a carico della bocca o degli apparati respiratorio, gastrointestinale, urogenitale (solitamente ben tollerate dal soggetto normale). I soggetti con valvulopatie o cardiopatie congenite o portatori di protesi valvolari presentano un rischio elevato di sviluppare una endocardite e pertanto vanno sottoposti a profilassi.

La batteriemia si rivela eseguendo una emocoltura (dopo 48 ore di degenza del paziente nell’ospedale) ed associata alla presenza di segni clinici evocatori di uno stato settico. La batteriemia primaria deve rispondere ai seguenti criteri:

• Presenza di almeno uno dei seguenti segni clinici: febbre >38°, ipotensione, oliguria
• Emocoltura non praticata o negativa, assenza di documentazione di infezione a distanza, somministrazione di terapia antibiotica.

La batteriemia secondaria complica le infezioni documentate a livello di altri siti anatomici (polmoniti, infezioni urinarie, ferite infette, infezioni del tratto gastrointestinale). La pseudobatteriemia presenta una emocoltura positiva per uno o più germi la cui crescita non riflette l’evidenza clinica. Si deve a contaminazione avvenuta al momento del prelievo di sangue al letto del malato, o a contaminazione avvenuta in laboratorio durante l’esecuzione delle analisi.

L’incidenza è da 1 a 18 episodi per 1000 ammissioni. I pazienti anziani e i neonati sono ad alto rischio infettivo. I pazienti ammessi alle terapie intensive hanno un rischio di infezione da 3 a 8 volte superiore rispetto agli altri ammessi allo stesso ospedale.

Infezioni gastroenteriche

Le infezioni gastroenteriche hanno un’incidenza dello 0,5%, soprattutto nei reparti di pediatria (virus), neonatale e medicina (Salmonella). Altri germi sono Yersinia, Shigella, E. coli, Campylobacter e Aeromonas. Nei reparti di medicina c’è anche C. difficile (che genera diarrea profusa). I pazienti ustionati vanno incontro a setticemie, polmoniti, infezioni locali (S. aureus, P, aeruginosa), UTI, flebiti settiche. Altri batteri sono particolarmente importanti, quali Enterococchi e S. pyogenes.

Misure preventive per le infezioni nosocomiali

Per le IO ci sono delle misure preventive che sono così classificate:

• Precauzioni standard: disinfezione delle mani prima e dopo il contatto con il paziente, dopo qualsiasi contatto con liquidi biologici (con o senza guanti); guanti prima di ogni contatto con liquidi biologici, mucose e ferite; maschere, occhiali protettivi, camice protettivo in caso di attività che presentano un rischio di esposizione a dei liquidi biologici; disinfezione delle superfici e dei materiali; protezione contro le ferite in casi di manipolazione con del materiale tagliente o appuntito. IMPORTANTE: HANDWASHING.
• Precauzioni in caso di trasmissione aerea
• Precauzioni in caso di trasmissione tramite Flügge
• Precauzioni in caso di contatto (stanza singola, guanti e camice indossati prima di entrare e rimossi dopo essere usciti dalla stanza, limitare il movimento e il trasporto del paziente da una stanza all’altra, cambiare le lenzuola ogni giorno, disinfettare tutti gli strumenti che sono venuti a contatto con il paziente).

La mano può prendere patogeni dalla cute, dalle ferite infette dal pus e dalle secrezioni del paziente; dalla faccia, dal corpo, dalle mani e dai vestiti del personale sanitario. Può infettare pazienti operati, bambini e altri soggetti a rischio.