2. disegnare la struttura di una proteina (pdb e swiss pdb)

Disegnare la struttura di una proteina

Per disegnare una proteina devo conoscere le coordinate (x, y, z) atomiche di ogni atomo. Diffrazione a raggi X, microscopia elettronica, NMR sono tutte tecniche che permettono di ricavare le coordinate atomiche. Tutte queste coordinate formano dei file che sono depositati nella banca dati PDB, che contiene le strutture proteiche ed è l’unica in cui queste strutture vengono depositate.

Prima che la struttura tridimensionale di una macromolecola sia resa pubblicamente disponibile attraverso l’interrogazione di PDB, i dati provenienti dal lavoro sperimentale sono accuratamente controllati e convalidati attraverso l’utilizzo di programmi appositi, che nell’insieme prendono il nome di ADIT (AutoDep Input Tool). È necessario sottolineare comunque che, nonostante l’utilizzo di tali procedure e la revisione finale della entry da parte dei curatori di PDB, non è infrequente rilevare errori e mancanze di uniformità nella struttura di tali file.

Molecola del

Indica il numero delle mesestrutture depositate in questa banca dati CLICCA QUI; POI SU “PDBstatistic” Si apre la seguente pagina CLICCA QUI.

Il grafico di sopra riporta il numero di strutture che sono state depositate in PDB. In arancio è riportato il numero delle strutture proteiche studiate in quel determinato anno e in blu è riportato il numero delle strutture proteiche che erano state studiate gli anni precedenti.

Se clicchiamo qui, ad esempio, si apre un grafico simile a quello di prima, ma riporta il numero delle strutture proteiche determinato anno per anno con la tecnica della diffrazione a raggi X. Se clicchiamo su “by NMR” vengono riportati i numeri delle strutture proteiche determinate anno per anno con la tecnica NMR. Se clicchiamo su “Electron Microscopy” vengono riportati i numeri delle strutture proteiche determinate anno per anno con la tecnica della microscopia elettronica.

La tecnica NMR permette di studiare solo proteine molto piccole, che sono molto poco interessanti. Per questo motivo il numero di strutture proteiche determinato con questa tecnica è molto più basso rispetto al numero delle strutture proteiche determinate con la tecnica della diffrazione a raggi X. Tuttavia, l’NMR può essere applicata per studiare porzioni piccole di proteine molto grandi.

Esercitazione: banca dati PDB

Google → PDB (clicca sul primo link: RCSB PDB Homepage) → Si apre la seguente pagina: Qui ci scrivi il codice “1LYZ”. Poi clicca su “Go”. Dopo aver cliccato su “Go”, si apre la seguente pagina: Numero identificativo dell’articolo in cui è stata pubblicata la struttura della proteina corrente. Qui sono riportate le informazioni che riguardano il metodo sperimentale utilizzato per determinare la struttura della proteina. In questo caso è stata utilizzata la diffrazione a raggi X. La risoluzione indica la minima distanza che intercorre tra due oggetti affinché essi appaiano separati tra loro. Quindi si tratta della distanza di legame.