2. disegnare la struttura di una proteina (pdb e swiss pdb)

Formattazione del testo

Le tre colonne successive sono le coordinate x, y e z. La colonna a fianco alle coordinate riporta dei numeri che stimano il movimento degli aminoacidi. Ovviamente gli aminoacidi non sono statici ma tendono, adesempio, ad avere dei movimenti vibrazionali quindi quei numeri indicano diquanto si muovono gli aminoacidi rispetto alla posizione indicata dallecoordinate. Ritorniamo alla pagina iniziale: Clicca su “Sequence”. Si apre la seguente schermata: In questa parte ci viene dettoche la proteina ha un’unicacatena ed è quindi unmonomero ; è formata da 129aminoacidi A fianco alla voce “Chain Type” c’è scritto “polypeptide” e questo indica che è unacatena polipeptidica; in alcuni casi ci potrebbero essere degli acidi nucleici oframmenti di acidi nucleici adesi alla catena polipeptidica e in questo caso sarebbespecificato che la struttura è polinucleotidica. Sotto la voce “Sequence Chain View”

Vengono riportati tutti i singoli aminoacidi di cui la proteina in questione è composta. Essi sono indicati con delle lettere in stampatello e vengono riportate anche le loro posizioni. La sequenza aminoacidica riportata potrebbe non partire dal primo aminoacido: non è detto che è la sequenza della proteina; potrebbe essere la sequenza dell'oggetto che è stato cristallizzato. In alcuni casi bisogna togliere porzioni di proteine per far sì che esse cristallizzino. Nel grafico potrebbero esserci dei buchi perché in alcune parti la struttura non è stata determinata. La fascia a fianco alla voce "SCOP" indica la presenza di domini all'interno della proteina. A tutt'oggi non esistono sistemi semplici che riconoscono domini; quindi i domini vengono assegnati a occhio. La barra colorata cambia colore per indicare domini differenti; se c'è un unico colore significa che c'è un unico dominio. SCOP è uno

Dei sistemi di classificazione dei domini di una proteina, ma ne esistono altri. Ad esempio, a fianco al grafico notiamo un pannello. A fianco alla voce "Add an Annotation" c'è una freccetta. Cliccando su quella freccetta viene fuori un menu a tendina con i vari sistemi di classificazione. Cliccando, ad esempio, su CATH compare una fascia sotto a quella esistente di SCOP che evidenzia anch'esso i vari domini (o l'unico dominio) della proteina. A fianco alla voce "DSSP" del grafico, invece, viene riportata una rappresentazione grafica della struttura secondaria della proteina in esame. Dove vendiamo una linea ondulata significa che quella è una regione ad alfa elica; le frecce giale indicano che le corrispondenti regioni formano dei beta-strand; le curve verdi rappresentano i loop, cioè regioni con una forte curvatura. DSSP è la sigla di un database che sulla base dei dati cristallografici descrive la struttura secondaria delle proteine.

Possiamo anche cambiare il database che rappresenta la struttura secondaria. Cliccando sulla freccetta a fianco alla voce "Add an Annotation" si apre un menu a tendina; sotto la voce "Secondary Structure" possiamo cliccare su "STRIDE" e/o su "Author Sec. Struc." (struttura secondaria dell'autore). Cliccando, ad esempio, solo su STRIDE ci compare un'altra rappresentazione grafica della struttura secondaria sotto alla rappresentazione che già c'era. Cliccando sulla voce "3D View" veniamo indirizzati alla seguente schermata: In questa pagina viene mostrato il disegno 3D della struttura della proteina. Utilizzando il mouse, possiamo ruotare questa immagine; utilizzando il pannello laterale possiamo cambiare i modi di rappresentazione della proteina (questo non ci interessa molto dal momento che bisogna utilizzare SwissProt per fare queste cose; vedi dopo). Ruotando l'immagine, in questo caso, notiamo che la

proteina è formata unicamente da regioni che assumono una struttura ad alpha-elica alternate a regioni aloop.

ORA VOGLIAMO SCARICARE L'IMMAGINE DELLA STRUTTURA DELLA PROTEINA SUL DESKTOP. PER FARLO CLICCHIAMO SU "DOWNLOAD FILE" (presente sulla pagina iniziale della proteina considerata, a fianco a "Display Files").

Cliccando su "Download Files" si apre un menu a tendina:

Clicca su "PDBFormat"

Dopo aver cliccato su "PDB Format" si aprirà una casella in cui c'è scritto "Salva" oppure "OK". Cliccare su uno dei due. Nel frattempo bisogna scaricare il programma "Swiss PDB viewer". Per farlo bisogna rimanere sulla pagina iniziale:

Clicca su "Analyze"

Si apre un menu a tendina e clicca su "Third Party Tools"

Dopo aver cliccato su "Third Party Tools" si apre la seguente pagina:

Clicca su "Molecular Graphics"

Dopo aver cliccato su

“Molecular Graphics”, si apre una pagina in cui vengono riportati tanti link disposti in ordine alfabetico. Scorrere e cliccare sul link “Swiss PDB viewer”.

Si apre, quindi, la seguente pagina:

Clicca su “Download”

Si apre una nuova pagina: Clicca su questa scritta

Si apre ora la seguente pagina:

Clicca su questo link

Scaricato il programma, si aprirà la seguente barra:

Nel frattempo avrai già scaricato il formato PDB della proteina che vuoi studiare.

Quindi clicca su “File”; poi clicca su “Open PDB File” e apri il file PDB che hai scaricato (se non lo trovi sul “Desktop”, lo trovi nella sezione “Download”). Si apre quindi, il seguente disegno:

Per lavorare su questo disegno segui le istruzioni riportate nel foglio allegato qui diseguito.