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DOT BLOTTING
1)Sulla membrana viene depositato il campione
La membrana viene saturata con composto inerte
Aggiunta anticorpo (presente in PBS) che ricerca uno specifico antigene
Attacco dell’antigene e lavaggi successivi
2) anticorpo secondario che riconosce il primario, è coniugato con un enzima
(riconosce le specie es. l’anticorpo in coniglio, poi in un altro animale si
immettono gli anticorpi del coniglio e vedo se ci sono risposte contro questo
anticorpo)
Rilevazione (perossidasi o fosfatasi alcalina) il colore è direttamente
proporzionale all’antigene.
LEZIONE 24 APRILE – ENZIMI 2
Misure discontinue -> costruisco per punti la curva di variazione (retta o curva
data da formazione nel tempo)
Enzimi e trasformazioni alimentari
Definire le condizioni di un trattamento da applicare per essere sicuro che
l’enzima sia inattivo.
Presenza di residui di protesosi che nel tempo portano a una idrolisi con
possibile formazione di un gel (fondo del latte UHT). Perché succede in un latte
sterilizzato e non pastorizzato? Perché la durata di shelf-life del latte
pastorizzato è minima e non riesco a veder queste manifestazioni.
Devo capire il tempo di trattamento e come modificare il processo per ridurre
questa attività proteolitica il più possibile (anche se un minimo rimarrà).
Lo stesso approccio predittivo vale anche per quando si raffredda, l’enzima
viene rallentato ( es alimento congelato per 2-3 mesi poi posso trovare delle
alterazioni).
In attivazione enzimatica è una curva esponenziale, messa in logaritmo per
farla diventare lineare.
Slide 4 Elaborazione di tipo matematica. Si definisce il tempo di dimezzamento
per ogni temperatura trattata è il tempo.
K’ si può calcolare dalla equazione (slide 5).
Equazione Arrenius analizza la velocità in funzione della temperatura. La
variazione della velocità di una reazione (sempre di tipo esponenziale)
direttamente proporzionale all’energia di attivazione rispetto R (costante gas) x
temperatura.
Y= log k e x= 1/T
Spesso per queste reazioni la dipendenza non è mai una retta ma è una
spezzata. Ha entro una certa temperatura una certa pendenza che poi cambia.
Quindi è importante non stare in temperature vicine alla discontinuità (perché
in cui punti la velocità con cui avviene non è così definita).
Slide7 La definizione della stabilità termica di un enzima dipende molto dalle
temperature. Nella prima parte l’enzima più stabile è quello con retta grigia
nella seconda parte quello con retta blu. Non è detto che quello con una
discontinuità sia più i meno stabile, dipende dell’enzima e dalla temperatura di
trattamento.
KIT ENZIMATICI PER METABOLITI
Utilizzo enzima come mezzo per riconoscere un determinato componente. In
una matrice complessa l’enzima entra e permette di trasformare in qualcosa
che io misuro SOLO il composto che interessa, non interessa la sua attività ma
la sua capacità di trasformazione. TUTTO il substrato deve essere trasformato
ma non si arriva mai al 100%.
Devo calibrare la quantità di enzima e del composto da cercare in modo che
l’equilibrio sia tutto spostato verso destra. Devo capire quanto devo Diouzier il
campione in modo che sia tutto trasformato in un prodotto quantificabile in un
tempo stabilito, la quantità di A a fine reazione dovrà essere trascurabile.
Slide 13. Il NAD si riduce -> a NADH che assorbe a 340nm
Il NAD dovrà essere in forte eccesso per non limitare la reazione e quindi aiuta
a spingere la reazione vestirsi destra.
Posso anche determinare l’ammoniaca (questa sarà una reazione di riduzione,
il NAD si ossida). Valuto la riduzione di assorbanza a 340 nm. Analisi fatta
nell’uovo perché l’ovoalbumina invecchiando rilascia ammoniaca.
Slide 16 L’enzima ausiliario utilizza il prodotto della prima reazione (non è
quantificabile) in un prodotto misurabile
La seconda reazione è per forza spostata verso destra.
Slide 18 formazione etanolo. La reazione è spostata verso sinistra, quindi per
spostarla a destra bisogna trasformare l’acetaldeide. I due enzimi lavorano
accoppiati. Man mano che l’acetaldeide si forma viene trasformata.
Slide 19. Si accoppia un enzima che trasforma il prodotto della prima reazione
in qualcosa che quantifico. In questo caso la reazione va subito verso destra
(non come prima).
Determinare glucosio e fruttosio:
Il glucosio può essere trasformato in gluconato per avere ossidazione del
NADPH con l’utilizzo di due enzimi -> esochinasi e G6P deidrogenasi
Ma L’esochinasi fosforila anche il fruttosio, ma poi il fruttosio 6 fosfato NON
REAGISCE con la deidrogenasi. Quindi qui misuro SOLO GLUCOSIO
Poi si aggiunge isomerasi che trasforma fruttosio in glucosio, quindi ora posso
determinare il FRUTTOSIO.
La fruttosidasi scinde il saccarosio e l’esochinasi fosforila tutto. Se questo
trattamento lo faccio dopo aver determinato fruttosio, la quantità di saccarosio
è il doppio.
Slide 24. Prima faccio lavorare la galattosidasi e poi aggiusto il pH perché gli
enzimi lavorano a pH diversi.
Slide 25. Determinazione amido totale: considero amido totale solo l’amido
aggredibile dalle a-amilasi, solo l’amido accessibile trattato in presenza di
acqua e 100 gradi. (Si rende accessibili alle a amilasi grazie al trattamento).
Fino a ottenere acqua ossigenata poi trattata con perossidasi per ottenere un
composto colorato.
Se la reazione viene fatta avvenire senza prima trattamento ottengo l’amido
danneggiato o gelatinizzato. Il granulo non è integro e si ha maggiore
possibilità di aggressione, per capire quanto può essere gelatinizzato l’amido.
LEZIONE 2 MAGGIO
Capire quale enzima utilizzare per ottenere una trasformazione o cosa devo
cambiare per far funzionare bene l’enzima.
Attività idrolitica= rottura del legame. Se il substrato sono le proteine l’enzima
viene definito proteasi ecc..
GLI ENZIMI PROTEOLITICI
Idrolizzano una proteina a livello del legame peptidico. Diversa classificazione
delle proteasi (per capire quanto è adatta a uno scopo).
Le proteasi possono essere esogene da aggiungere o intriseche e già presenti
nel materiale.
Prima classificazione: MODALITÀ DI AZIONE
- Endoproteasi: rottura legame interno -> la utilizzo quando ottengo una
frammentazione di peptidi con dimensioni varie, ottengo un idrolizzato
con vasta produzione di peptidi. Esempio trispina, chimo trispina e
pepsina.
- Esoproteasi rompe a partire dall’amminoacido N o C terminale. Quando
voglio eliminare aa che danno un sapore amaro. Esempio
carbossipeptidasi.
Seconda classificazione: SITO DI AZIONE
- Agisce su aa N terminale
- Agisce su aa C terminale
Si possono liberare residui caricati, per le C negativamente. Si hanno quindi
interazione di cariche tra i due frammenti. Questo discorso vale molto più per
le endoproteasi.
Terza classificazione: SPECIFICITÀ SUBSTRATO
- aa basici
- aa acidi
- aa idrofobici (prolinasi-> enzimi che agiscono sui residui di prolina molto
importante perché le sequenze tossiche per i celiaci contengono prolina)
Bromelaina, papaina sono molto aspecifici, proteasi che idrolizzano un po’
tutto, quindi mi aspetto una frammentazione elevata.
Classificazione: OPTIMUM PH E TEMPERATURA
- acida, basica neutra (come la bromelaina che avrà un’azione più
prolungata)
- Mesofile, termofile, ipertermofile
Classificazione: Enzima chiave nel SITO ATTIVO. Una zona del sito di
riconoscimento diverso dal sito catalitico dove avviene la reazione
dell’amminoacido. Se nel processo si danneggia un aa nel sito catalitico anche
se l’enzima ha riconosciuto il bersaglio non funzione. Gli aa cha e nel sito
catalitico sono SERINA, CISTEINA. Dato che sono le più comuni le proteasi
vengono anche dette SERINPROTEASI OSSIA PROTEASI CHE HA NEL SITO
CATALITICO UN RESIDUO DI SERINA.
Alcuni enzimi hanno bisogno di metalli ne sito catalitico. Dette metallo proteasi,
molto presenti nei vegetali. Quando si vuole recuperare l’enzima durante la
fermentazione agisco con agenti chelanti per bloccarli, altrimenti le proteasi
agiscono e idrolizzano le proteine.
Utilizzati come coadiuvanti di processo esempio per rendere più limpida la
birra, oppure per la produzione di birra gluten free (aggiunta di enzimi
deglutinanti). Oppure per disossare le carcasse, gli enzimi riescono a
recuperare la carne rimasta sulla carcassa poi utilizzata per un secondo fine.
Anche per modulare le proprietà delle farine o facilitare la produzione di
alimenti gluten free, alimenti analoghi alla carne.
La bromelaina e papaina vengono utilizzate per rendere la carne più tenera
(carne conservata a una temperatura molto bassa quindi l’enzima lavora poco).
Enzimi inseriti nelle spezie di marginatura della carne per velocizzare il
processo. Nelle salamoie es. per la bresaola vengono aggiunti un po’ di enzimi.
Recupero dei peptidi che danno il sentore di umani, si cercano miscele di
enzimi necessari per isolarli. Principalmente vengono estratti da legumi. Es dal
lievito ricavo delle proteine isolate e ricavo i peptidi che hanno il gusto umami.
Gli acidi nucleici vengono separati dalle proteine e idrolizzati fino a IMP.
TABELLA con tutte le proteasi (endo/eso o miscela) con optimum di
temperatura, velocità idrolisi (si ricava dalla pendenza dalla curva della attività)
e distribuzione (ossia quanto grandi diventano i peptidi più piccoli o di più
grandi dimensioni).
Proteasi che riduce sale= semplicemente la proteasi agisce in ambiente acido e
quindi maggiore controllo microbico; quindi, posso ridurre il quantitativo di sale.
ASPARAGINASI trasforma l’asparagina in acido aspartico. Con alte temperature
si può sviluppare acrilammide. Problema nei cibi fritti, biscotti integrali (perché
l’asparagina è presente principalmente nel tegumento esterno). Quindi farò
trattamenti specifici durante il processo, es. durante la pulizia delle patate.
Se metti enzima ma non si abbatte il contenuto di acrilammide è perché è
contenuto lievito chimico che già produce ammoniaca e sposta la reazione
verso i reagenti e non i prodotti. L’asparaginasi viene aggiunta con un po’ di
acqua (il quantitativo di acqua non deve essere troppo per evitare sviluppo
delle altre amilasi).
Modifica di un enzima per un determinato processo. Esempio termolisina e
subtilisina utilizzati in tutti i detergenti, sono termofile (devono resistere alle
temperature di lavaggio). La metionina poteva essere ossidata da