Lezione di Biologia molecolare

Si formerà quindi un gradiente lineare che va dal 50% sul fondo della provetta ad un 20% il cima ad

essa. swing out,

Quando applichiamo la forza centrifuga si preferisce usare un rotore ossia le provette sono

verticali inizialmente, man mano che il rotore gira, le provette ruotano no a prendere una posizione

anche perpendicolare a quella iniziale, una volta nita la centrifugazione, il rotore rallenta e le provette

man mano tornano alla posizione iniziale.

Per prendere il contenuto della provetta si può fare un buco sul fondo della provetta cosi che il liquido

inizi a gocciolare e la possiamo raccogliere tramite un collettore di frazioni, cosi che in base ad un

tempo da noi stabilito possiamo raccogliere il contenuto in frazioni diverse, potendole poi analizzare ad

uno spettrofotometro.

• stimare il tasso di divergenza tra le varie specie

16S/18S

Studiando e confrontando le sequenze del gene è possibile raggruppare tutti gli organismi

viventi e riconoscere le relazioni evolutive.

Come possiamo confrontare le percentuali di identità tra due sequenze?

Quindi si devono contare i nucleotidi identici su la totalità di quel frammento in correlazione.

Per frammenti più complessi servirà un’analisi computazionale, abbiamo bisogno quindi di

bioinformatica.

BLAST

L’algoritmo è uno dei più importanti e famosi, aiuta molto per il multiallineamento di frammenti,

sia di dna, rna che di proteine, quindi allinea le sequenze e fa un confronto dandoci una percentuale di

correlazione. 16S

Per quanto riguarda la sequenza dell’rna ribosomiale (subunità inferiore) è appunto una sequenza

molto conservata e spesso anche se ci sono delle piccole di erenze a livello della sequenza, la sua

struttura rimane la stessa ugualmente.

16S

Il è molto importante anche dal punto di vista medico, poiche è il bersaglio di molti antibiotici,

infatti è una componente essenziale per la vita batterica poiche se un antibiotico lo va in qualche modo

ad inibire o bloccare, va di conseguenza a bloccare la sintesi proteica.

Gli antibiotici vanno a targettare i 16S batterici ma fortunatamente non quello umano.

tRNA sono molto piccoli (quello

1500nt), 74 95,

ribosomiale circa tra i ed i

quindi circa un’ottantina di basi, prendono

trifoglio

la classica forma a come

struttura secondaria e poi si ripiega a

L.

forma di

Furono i primi rna studiati, presenta

diversi siti funzionali: presenta

3’

un’estremità a singolo lamento detta

accettrice, la quale va a legarsi con

l’amminoacido.

Si ha una posizione con una base

discriminante la quale fa si che si leghi ad

un aa rispetto che ad un altro.

Dall’altra parte dell’estremità accettrice si

ha l’anticodone, il quale è composto da

una tripletta che sarà complementare con il codone dell’mrna, permettendoci di associare aa ad una

tripletta dell’rna. dell’anticodone

Si trova, in prosomità dell’anticodone, l’ansa il quale fa si che la struttura permetta

appunto l’appaiamento dell’anticodone con la tripletta dell’rna.

La forma ad L è utile poiche tiene lontani i siti per il legame dell’aa e quello dell’anticodone.

All’interno del tRNA ci sono molti legami non convenzionali i quali fanno si che si formi appunto la

struttura ad L.

batteri eucarioti

Nei i tRNA non hanno introni mentre negli li hanno e devono essere rimossi.

Nei geni dei tRNA batterici viene comunque creato un precursore il quale è più lungo della molecola

nale di tRNA, infatti gli viene eliminata una parte sia al 3’ che al 5’.

Il precursore del tRNA comunque sia prende la forma classica ed a quel punto endo ed esonucleasi

tagliano le parti in eccesso, è infatti di cile che vadano a tagliare il tRNA vero e proprio perché esso ha

già preso la sua conformazione ed è più di cile come taglio.

5’ RNAsiP,

La parte in eccesso al viene tagliata dal ribozima il quale è appunto un rna con azione

enzimatica.

Le endonucleasi tagliano il grosso, poi le esonucleasi ri niscono il lavoro.