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Caratteristiche dell'eterocromatina facoltativa
E' trascritta in alcuni casi ma non in altri.
Struttura di una doppia elica ibrida
Assume la struttura A, costituita da un filamento di DNA e uno di RNA.
Sintesi proteica in vitro
Se un mRNA sintetico con sequenza ripetitiva 5'-CACACACACACACACACACACACA...-3' viene introdotto come stampo in un estratto cellulare usato come sistema di sintesi proteica in vitro, assumendo che questa sintesi proteica inizi dal primo nucleotide della sequenza senza bisogno di un codone di inizio, ci si aspetta di trovare una proteina con sequenza alternata di due differenti amminoacidi.
Relazione tra twist, writhe e linking number
Considerando una molecola di DNA duplex circolare superavvolta, la relazione che esiste tra le grandezze "twist" (Tw), "writhe" (Wr) e "linking number" (Lk) è Lk = Tw + Wr.
Istone H1 linker
L'istone H1 linker è una piccola proteina globulare con una coda N-terminale di 20-35 amminoacidi e 80 residui.
nel dominiocentrale globulare e e regione Cter di 100 residui.
31. L'acetilazione degli istoni gioca un ruolo biologicofondamentale nella maggior parte dei processi coinvolti nellaregolazione della trascrizione. I principali enzimi coinvoltiLe acetiltransferasi, che si dividono in 2 diversi gruppi acetiltransferasi (HAT) A e B, ele istondeacetilasi. Le acetiltransferasi catalizzano il trasferimento di un gruppoacetile all'amino gruppo in posizione ? delle catene laterali di lisina ed utilizzanocome cofattore il Coenzima A. Ciò neutralizza la carica positiva della lisina eindebolisce l'interazione fra gli istoni ed il DNA. Le due principali classi A e B sidistinguono perché la classe A acetila gli istoni sulla cromatina e la classe B gli istoniliberi nel citoplasma. Le istondeacetilasi (HDAC) svolgono la funzione opposta diristabilire la carica positiva sulla lisina. Ci sono 4 classi di enzimi, di cui solo la classeIII richiede uno specifico cofattore NAD+
32.
La fosforilazione degli istoni è altamente dinamica, si distinguono chinasi e fosfatasi. Le chinasi fosforilano serine, treonine e tirosine prevalentemente nella porzione N-terminale delle code istoniche. Trasferiscono un gruppo fosfato da una molecola di ATP ad un gruppo OH della catena laterale dell'aminoacido target, conferendo una carica negativa agli istoni e cambiando la conformazione della cromatina.
Nel confronto tra i genomi di diversi mammiferi, quale dei seguenti parametri è meno conservato? Lunghezza e sequenza degli introni.
Da quali complessi è formato l'ottamero di istoni del nucleosoma? Due dimeri H3·H4 e due dimeri H2A·H2B.
Il contenuto in DNA genomico delle cellule degli eucarioti superiori non è proporzionato al numero di proteine codificate, ma è in eccesso rispetto alla quantità che ci si potrebbe aspettare. Tra certe specie esiste una grande differenza del contenuto di DNA, a fronte di una
complessità apparente non troppo diversa. 36. Che cosa è il quoziente di impacchettamento o (compattamento) del DNA in vivo? Rapporto tra lunghezza del DNA e le dimensioni della struttura o compartimento che lo contiene. 37. Caratteristiche della eterocromatina costitutiva È sempre compattata, trascrizionalmente inattiva e priva di geni. 38. Negli eucarioti, le famiglie geniche sono gruppi di due o più geni, spesso collocati adiacenti l'uno all'altro nel genoma, che si sono formati per duplicazione di un singolo gene ancestrale, seguita da fenomeni di divergenza. I geni membri di una famiglia hanno sequenze codificanti, e quindi anche funzioni biochimiche simili. 39. Quale(i) enzima(i) viene (vengono) usato(i) per digerire la cromatina, e taglia(no) il DNA in multipli interi di 200 bp, permettendo di studiare l'organizzazione del DNA in nucleosomi? Nucleasi micrococcica. 40. La fibra cromatinica da 30 nm (solenoide) è ulteriormente impacchettata.41. Che cosa sono gli pseudogeni? Geni inattivi non funzionali, riconosciuti per la presenza di un stop prematuro, mancanza di un promotore funzionale, spesso mancano introni. Si possono originare per duplicazione seguita da mutazioni, o per trascrizione inversa ed inserzione nel genoma seguita da mutazioni.
42. Le modificazioni covalenti delle proteine istoniche. Cambiamenti post-traduzionali, interessano principalmente le code ed alcuni residui accessibili del dominio globulare dell'istone.
43. Qual è la principale ragione per cui il genoma dei batteri non è organizzato in nucleosomi? Tutte e 4 le risposte sono corrette.
44. Qual è il meccanismo di replicazione del DNA dei cromosomi eucariotici? Origini multiple bidirezionali su molecole di DNA lineare.
45. La telomerasi è una grande ribonucleoproteina che consiste di un RNA (TERC) che serve da stampo e di una proteina (TERT) con.
attività catalitica, che funziona come una trascrittasi inversa46. Da quale attività enzimatica dipende il processo di correzione di bozze che caratterizza le DNA polimerasi replicative? Esonucleasica 3'-5'47. Chi rimuove gli inneschi di RNA che si vengono a trovare al 5' dei frammenti di Okazaki? La DNA polimerasi I48. Nell' approccio sperimentale di Meselson e Stahl che portò le prove dell'ipotesi semiconservativa come il modello più probabile per la replicazione del DNA, quali radioisotopi e metodi di separazione sono stati usati? Batteri cresciuti in N14H4 e in N15 H4, separati con un'ultracentrifuga in un gradiente di densità di CsCl49. Una modalità NON utilizzata dai sistemi di riodellamento della cromatina possono modificare l'estremità N-terminale delle code istoniche50. La struttura di ordine superiore della cromatina sono controllate da proteine scaffold, di cui le proteine SMC sono il maggior componente51.
Che differenza c'è tra un cromatosoma ed un nucleosoma? Nel cromatosoma il DNA associato al nucleosoma ha un frammento di DNA più lungo. Che differenza c'è tra un cromatosoma ed un nucleosoma? Nel cromatosoma il DNA associato al nucleosoma ha un frammento di DNA più lungo. In che modo il legame dell'istone linker H1 differisce da quello degli altri 4 istoni? Si lega ad un filamento del DNA linker, che esce dal nucleosoma e lega un secondo sito nel DNA avvolto nel core. I contatti tra il DNA e gli istoni del nucleosoma sono: Circa la metà dei legami avviene tra lo scheletro fosfodiesterico e solco minore e lo scheletro peptidico degli istoni. Quale delle seguenti frasi corrisponde alla struttura del nucleosoma? I nucleosomi sono composti da circa 200bp avvolte intorno all'istone core. Nei Batteri lo scambio di materiale genetico può avvenire tramite trasformazione, coniugazione e trasduzione. Quale meccanismo èrappresentato in questa immagine? 6.8Nucleotide Excision Repair, sottopathway Global Genome NER, è presente solo nei mammiferi58. L'immagine rappresenta la perdita di una purina che figura7.1determina la formazione di un sito abasico (AP). I siti AP sono mutagenici, perché possono introdurre mutazioni, bloccano le DNA polimerasi e per questo sono potenzialmente citotossici.59. Nell'immagine è visualizzato un meccanismo di riparazione. Quale? perché si dice che il meccanismo è diretto?figura 7.2E' riparata la formazione dei dimeri che si formano tra due pirimidine dopo esposizione agli UV60. Secondo il modello di ricombinazione omologa più accreditato la maggior parte degli eventi di ricombinazione avviene come conseguenza figura 7.3di una rottura su entrambi i filamenti:1 la giunzione di Holliday può scorrere e mette a confronto sequenze non identiche, heteroduplex, attraverso un processo detto migrazione della giunzione61. Comefunziona la nick translation?
la DNA polimerasi I si lega ad un'estremità 3'OH libera in seguito ad un'interruzione del DNA, e digerisce nucleotidi nella direzione 5'-3'.
Il test di Ames è utilizzato per stabilire l'eventuale effetto mutageno di una sostanza chimica. L'effetto mutageno è potenzialmente cancerogeno nell'uomo.
Il test utilizza un ceppo di S. typhimurium mutato negli enzimi della sintesi dell'istidina. Queste cellule pertanto non crescono su terreno privo di istidina. Se l'aggiunta della sostanza mutagene provoca mutazioni proprie sugli enzimi della sintesi dell'istidina del ceppo di S. typhimurium utilizzato, si potrà avere una reversione del danno con conseguente crescita di colonie batteriche sul terreno selettivo.
Qual è il danno più comune dell'idrolisi sul DNA? deaminazione della citosina ad uracile.
se la lesione del DNA lascia un gap su un filamento e viene amancare
lo stamposi verifica un'invasione da parte del filamento danneggiato, si genera una migrazione delle due giunzioni di Holliday, rotte da una resolvasi. Si utilizza il filamento inattocome stampo65. Una mutazione nel gene RuvB potrebbe aumentare gli eventi di ricombinazione del DNA66. Il complesso proteico detto caricatore della sliding clamp catalizza l'apertura ed il posizionamento della proteina sul DNA, allo stesso modo il caricatore rimuove la sliding clamp quando la sintesi del DNA è finita. Il caricatore è ATP dipendente, quando il caricatore si lega, le subunità α e β cambiano conformazione e possono in questo interagire con la pinza e determinarne l'apertura.67. cos'è la nick translation? È una tecnica molto utilizzata in biologia molecolare, che si avvale della proprietà dell'enzima klenow di spostare il taglio, generato dalla sua proprietà esonucleasica 5'-3' e 5'-3' polimerasica68. Ognuno deisubcomplessi catalitici della DNA polimerasi III si assemblano sul DNA grazie ad un altro subcomplesso, il principale organizzatore dell'oloenzima, complesso τ. Esso appartiene alla famiglia delle proteine AAA+ (ATPasi Associate a varie Attività) che utilizzano l'energia dell'idrolisi dell'ATP. Si possono classificare come ATPasi DNA dipendenti. Perché ciascuna forca replicativa richiede un filamento guida ed un filamento ritardato? Perché i filamenti del DNA sono antiparalleli e la polimerasi può lavorare solo in una direzione. In E.coli, la riparazione di un DSB (rottura a doppio filamento) mediante HR (ricombinazione omologa) dipende dalle attività elicasica e nucleasica del complesso RecBCD.
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