Domande chiuse + fuori Paniere di Biologia molecolare

un'estremità 3'OH libera in seguito ad un'interruzione del DNA, e digerisce nucleotidi nella direzione 5'-3'.

Il test di Ames è utilizzato per stabilire l'eventuale effetto mutageno di una sostanza chimica. L'effetto mutageno è potenzialmente cancerogeno nell'uomo.

Il test utilizza un ceppo di S. typhimurium mutato negli enzimi della sintesi dell'istidina. Queste cellule pertanto non crescono su terreno privo di istidina. Se l'aggiunta della sostanza mutagene provoca mutazioni proprie sugli enzimi della sintesi dell'istidina del ceppo di S. typhimurium utilizzato, si potrà avere una reversione del danno con conseguente crescita di colonie batteriche sul terreno selettivo.

Qual è il danno più comune dell'idrolisi sul DNA? Deaminazione della citosina ad uracile.

Se la lesione del DNA lascia un gap su un filamento e viene a mancare lo stampo, si verifica un'invasione da parte del filamento danneggiato.

Si genera una migrazione delle due giunzioni di Holliday, rotte da una resolvasi. Si utilizza il filamento inatto come stampo. Una mutazione nel gene RuvB potrebbe aumentare gli eventi di ricombinazione del DNA.

Il complesso proteico detto caricatore della sliding clamp catalizza l'apertura ed il posizionamento della proteina sul DNA, allo stesso modo il caricatore rimuove la sliding clamp quando la sintesi del DNA è finita. Il caricatore è ATP dipendente, quando il caricatore si lega, le subunità α e β cambiano conformazione e possono in questo interagire con la pinza e determinarne l'apertura.

Cos'è la nick translation? È una tecnica molto utilizzata in biologia molecolare, che si avvale della proprietà dell'enzima klenow di spostare il taglio, generato dalla sua proprietà esonucleasica 5'-3' e 5'-3' polimerasica.

Ognuno dei subcomplessi catalitici della DNA polimerasi III si assembla sul DNA grazie

Le cause endogene del danno al DNA sono più frequenti delle cause esogene. Si dividono in errori della replicazione, della ricombinazione, instabilità chimica del DNA e prodotti del metabolismo cellulare⁷². In E. coli, la DNA polimerasi I riempie le brevi sequenze di DNA a singola elica che derivano dalla replicazione del DNA (lagging strand) e dalla riparazione, quando i nucleotidi danneggiati devono essere rimossi⁷³. Le principali differenze nei processi di replicazione e trascrizione sono: la trascrizione ha come prodotto molte copie di RNA, mentre la duplicazione ha come prodotto una copia del genoma che consiste in una molecola di DNA⁷⁴. In E. coli, la cascata di eventi del mismatch repair inizia con i seguenti eventi: MutS riconosce e lega il mismatch nel DNA, quindi lega una ATP, cambia conformazione per formare una sliding clamp sul DNA, MutL si lega a MutS e quindi attiva Mut H⁷⁵. Nella RNA polimerasi di E. coli, la subunità sigma70 media il legame della polimerasi al promotore.

Riconoscendo le sequenze -10 e -35, attraverso il dominio C terminale che riconosce il segmento UP del promotore 76. Qual è l'elemento che agisce in trans (trans-dominante) nella regolazione il repressore 77.

La prima fase della riparazione per escissione di basi (BER), comune alle due vie short-patch BER e long-patch BER, coinvolge in successione l'attività di due enzimi, quali? DNA glicosilasi ed endonucleasi Ape 78.

Quale funzione viene alterata nella sindrome di Cockayne? Riparazione del danno ossidativo associato alla trascrizione 79.

Qual è la principale polimerasi coinvolta nella replicazione del DNA in E.coli? DNA polimerasi III 80.

Quale funzione viene alterata nella sindrome di Cockayne? Riparazione del danno ossidativo associato alla trascrizione 81.

Qual è l'elemento che agisce in trans (trans-dominante) nella regolazione il repressore 82.

Quale è la principale polimerasi coinvolta nella replicazione del DNA in E.coli? DNA polimerasi III 83.

83. Durante la replicazione della cromatina, la forca di replicazione disassembla gli ottameri di istoni in tetrameri H32-H42 e in dimeri H2A-H2B. Sono necessarie alcune proteine ausiliarie (tra cui CAF e NP1) che favoriscono l'assemblaggio dei nucleosomi.

84. La prima fase della riparazione per escissione di basi (BER), comune alle due vie short-patch BER e long-patch BER, coinvolge in successione l'attività di due enzimi, quali? DNA glicosilasi ed endonucleasi Ape1.

85. Perché mutazioni in BRCA2 sono responsabili del 50% di tumori al seno? Perché la sua mancanza non permette una corretta riparazione del DNA.

86. Qual è la proteina centrale della ricombinazione omologa RecA che è il prototipo di una classe di proteine presenti in tutti gli organismi.

87. I meccanismi di riparazione sono specifici.

Per tipo di errore e funzionalmente conservat. La riparazione diretta del danno avviene tramite fotoriattivazione e transmetilazione⁸⁸. Il DNA viene danneggiato sia per cause endogene che per cause esogene. Gli errori sono dati in maggior parte da agenti mutageni endogeni, quindi il DNA è danneggiato in condizioni fisiologiche da acqua, ossigeno e agenti alchilanti⁸⁹. Gli agenti alchilanti sono sostanze che sono composti elettrofili con affinità per gli atomi nucleofili delle basi a cui aggiungono gruppi metilici o etilici⁹⁰. Nel caso del long-patch BER negli eucarioti, le attività PCNA⁹¹. Le sequenze ripetute nell'origine di replicazione (OriC) del cromosoma di E.coli vengono legate da una proteina che forma un grosso multimero associato all'Origine stessa. Di che proteina si tratta? DnaA⁹². In questa rappresentazione schematica di un classico promotore procariotico, identifica gli elementi A, B e C e la distanza D. fig 9.1A: Elemento -35, B: Elemento -10 (Pribnow box), C:

l'operone lacIl gene lacI gene è controllato dallo stesso promotore del gene lacZ.

100. cellule di E coli vengono fatte crescere in un mezzo di coltura che ha come unica fonte di C il gluccosio. Si aggiunge triptofano., le cellule continuano a crescere dividendosi ogni 30 minuti. Come cambiano i livelli di sintasi del triptofano, una proteina codificata dall'operone del triptofano, se il mRNA del triptofano è stabile, ossia viene degradato molto lentamente?

Quando la concentrazione del triptofano (aggiunto al mezzo di coltura) è alta, i livelli di sintasi del triptofano diminuiscono significativamente a causa dell'attenuazione della traduzione dell'mRNA, anch