Domande Chiuse del paniere di Biologia Molecolare

DNA? Elica sinistrorsa | Diametro dell'elica 18 Å | Passo dell'elica 46 Å23

Le Topoisomerasi di tipo I tagliano un solo filamento e sono dei monomeri24.

I centromeri sono sequenze sul cromosoma eucariote che funzionano durante la divisione cellulare come punto d'attacco per le proteine che associano il cromosoma al fuso mitotico25.

Le sequenze dei telomeri contengono strutture secondarie tipo G quartet26.

Quali sono le caratteristiche della eterocromatina facoltativa? E' trascritta in alcuni casi ma non in altri.27.

Quale struttura assume una doppia elica ibrida costituita da un filamento di DNA ed uno di RNA? Struttura A28.

Un mRNA sintetico con sequenza ripetitiva 5'-CACACACACACACACACACACACA...-3' viene introdotto come stampo in un estratto cellulare usato come sistema di sintesi proteica in vitro. Assumendo che questa sintesi proteica inizi dal primo nucleotide della sequenza, senza bisogno di un codone di inizio, quale prodotto (o quali prodotti) ti

Aspetti di trovare dopo la sintesi? Una proteina con sequenza alternata di due differenti amminoacidi.

29. Considerando una molecola di DNA duplex circolare superavvolta, qual è la relazione cheesiste tra le grandezze: "twist" (Tw), "writhe" (Wr) e "linking number" (Lk)?

A. Lk = Tw + Wr

30. L'istone H1 linker. Piccola proteina globulare con una coda N-ter di 20-35aa, 80 residui nel dominio centrale globulare e e regione Cter di 100 residui.

31. L'acetilazione degli istoni gioca un ruolo biologico fondamentale nella maggior parte dei processi coinvolti nella regolazione della trascrizione. I principali enzimi coinvolti sono le acetiltransferasi, che si dividono in 2 diversi gruppi acetiltransferasi (HAT) A e B, e le istondeacetilasi. Le acetiltransferasi catalizzano il trasferimento di un gruppo acetile all'amino gruppo in posizione ? delle catene laterali di lisina ed utilizzano come cofattore il Coenzima A. Ciò neutralizza la carica positiva.

della lisina e indebolisce l'interazione fra gli istoni ed il DNA. Le due principali classi A e B si distinguono perché la classe A acetila gli istoni sulla cromatina e la classe B gli istoni liberi nel citoplasma. Le istondeacetilasi (HDAC) svolgono la funzione opposta di ristabilire la carica positiva sulla lisina. Ci sono 4 classi di enzimi, di cui solo la classe III richiede uno specifico cofattore NAD+32. la fosforilazione degli istoni è altamente dinamica, si distinguono chinasi e fosfatasi. Le chinasi fosforilano serine, treonine e tirosine prevalentemente nella porzione N terminale delle code istoniche. Trasferiscono un gruppo fosfato da una molecola di ATP ad un gruppo OH della catena laterale dell'aminoacido target, conferendo una carica negativa agli istoni e cambiando la conformazione della cromatina33. Nel confronto tra i genomi di diversi mammiferi, quale dei seguenti parametri è meno conservata? Lunghezza e sequenza degli introni34. Da quali complessi?

è formato l'ottamero diistoni del nucleosoma?

Due dimeri H3·H4 e due dimeri H2A·H2B

Il contenuto in DNA genomico delle cellule degli eucarioti superiori non è proporzionato al numero di proteine codificate, ma è in eccesso rispetto alla quantità che ci si potrebbe aspettare. Tra certe specie esiste una grande differenza del contenuto di DNA, a fronte di una complessità apparente non troppo diversa.

Che cosa è il quoziente di impacchettamento o (compattamento) del DNA in vivo?

Rapporto tra lunghezza del DNA e le dimensioni della struttura o compartimento che lo contiene

Caratteristiche della eterocromatina costitutiva

E' sempre compattata, trascrizionalmente inattiva e priva di geni

Negli eucarioti, le famiglie geniche sono gruppi di due o più geni, spesso collocati adiacenti l'uno all'altro nel genoma, che si sono formati per duplicazione di un singolo gene ancestrale, seguita da fenomeni di divergenza.

I geni membri di una famiglia hanno sequenze codificanti, e quindi anche funzioni biochimiche simili. 39. Quale(i) enzima(i) viene (vengono) usato(i) per digerire la cromatina, e taglia(no) il DNA in multipli interi di 200 bp, permettendo di studiare l'organizzazione del DNA in nucleosomi? Nucleasi micrococcica 40. La fibra cromatinica da 30 nm (solenoide) è ulteriormente impacchettata a formare le ansecromosomiche che hanno un diametro di circa ...100-400 nm 41. Che cosa sono gli pseudogeni? Geni inattivi non funzionali, riconosciuti per la presenza di un stop prematuro, mancanza di un promotore funzionale, spesso mancano introni. Si possono originare per duplicazione seguita da mutazioni, o per trascrizione inversa ed inserzione nel genoma seguita da mutazioni. 42. Le modificazioni covalenti delle proteine istoniche Cambiamenti post-traduzionali, interessano principalmente le code ed alcuni residui accessibili del dominio globulare dell'istone. 43. Qual è la principale ragione

Per cui il genoma dei batteri non è organizzato in nucleosomi? Tutte e 4 le risposte sono corrette.

Qual è il meccanismo di replicazione del DNA dei cromosomi eucariotici? Origini multiple bidirezionali su molecole di DNA lineare.

La telomerasi è una grande ribonucleoproteina che consiste di un RNA (TERC) che serve da stampo e di una proteina (TERT) con attività catalitica, che funziona come una trascrittasi inversa.

Da quale attività enzimatica dipende il processo di correzione di bozze che caratterizza le DNA polimerasi replicative? Esonucleasica 3'-5'.

Chi rimuove gli inneschi di RNA che si vengono a trovare al 5' dei frammenti di Okazaki? La DNA polimerasi I.

Nell'approccio sperimentale di Meselson e Stahl che portò le prove dell'ipotesi semiconservativa come il modello più probabile per la replicazione del DNA, quali radioisotopi e metodi di separazione sono stati usati? Batteri cresciuti in N14H4 e in N15 H4.

1. Separazione con un'ultracentrifuga in un gradiente di densità di CsCl
2. Una modalità NON utilizzata dai sistemi di riodellamento della cromatina può modificare l'estremità N-terminale delle code istoniche
3. La struttura di ordine superiore della cromatina è controllata da proteine scaffold, di cui le proteine SMC sono il maggior componente
4. La differenza tra un cromosoma e un nucleosoma è che nel cromosoma il DNA associato al nucleosoma ha un frammento di DNA più lungo
5. Il legame dell'istone linker H1 differisce da quello degli altri 4 istoni perché si lega ad un filamento del DNA linker, che esce dal nucleosoma e lega un secondo sito nel DNA avvolto nel core
6. I contatti tra il DNA e gli istoni del nucleosoma sono circa la metà dei legami avviene tra lo scheletro

fosfodiesterico esolco minore e lo scheletro peptidico degli istoni55. Quale delle seguente frasi corrisponde allastruttura del nucleosoma?i nucleosomi sono composti da circa 200bp avvolte intorno all'istonecoreOSTA 256.

Nei Batteri lo scambio di materiale geneticopuò avveniretrasformazione, coniugazione e trasduzione57. quale meccanismo è rappresentato in questaimmagine? 6.8Nucleotide Excision Repair, sottopathway Global Genome NER, èpresente solo nei mammiferi58.

L'immagine rappresenta la perdita di unapurina che figura 7.1determina la formazione di un sito abasico (AP). I siti AP sonomutagenici, perché possono introdurre mutazioni, bloccano le DNApolimerasi e per questo sono potenzialmente citotossici.59. Nell'immagine è visualizzato un meccanismodi riparazione. Quale? perché si dice che ilmeccanismo è diretto?figura 7.2E' riparata la formazione dei dimeri che si formano tra duepirimidine dopo esposizione agli UV60.

Secondo il modello di ricombinazione omologa più accreditato la maggior parte degli eventi di ricombinazione avviene come conseguenza figura 7.3 di una rottura su entrambi i filamenti: la giunzione di Holliday può scorrere e mette a confronto sequenze non identiche, heteroduplex, attraverso un processo detto migrazione della giunzione⁶¹. Come funziona la nick translation? La DNA polimerasi I si lega ad un'estremità 3'OH libera in seguito a un'interruzione del DNA, e digerisce nucleotidi nella direzione 5'-3'⁶². Il test di Ames è utilizzato per stabilire l'eventuale effetto mutageno di una sostanza chimica. L'effetto mutageno è potenzialmente cancerogeno nell'uomo. Il test utilizza un ceppo di S. typhimurium mutato negli enzimi della sintesi dell'istidina. Queste cellule pertanto non crescono su terreno privo di istidina. Se l'aggiunta della sostanza mutagene provoca mutazioni proprio sugli enzimi della sintesi.dell'istidina del ceppo di S. typhimurium utilizzato, si potrà avere una reversione del danno con conseguente crescita di colonie batteriche sul terreno selettivo. 63. Qual è il danno più comune dell'idrolisi sul DNA? deaminazione della citosina ad uracile 64. Se la lesione del DNA lascia un gap su un filamento e viene a mancare lo stampo si verifica un'invasione da parte del filamento danneggiato, si genera una migrazione delle due giunzioni di Holliday, rotte da una resolvase. Si utilizza il filamento inatto come stampo. 65. Una mutazione nel gene RuvB potrebbe aumentare gli eventi di ricombinazione del DNA. 66. Il complesso proteico detto caricatore della sliding clamp catalizza l'apertura ed il posizionamento della proteina sul DNA, allo stesso modo il caricatore rimuove la sliding clamp quando la sintesi del DNA è finita. Il caricatore è ATP dipendente, quando il caricatore si lega, le subunità α e β cambiano conformazione e possono in

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67. Cos'è la nick translation? È una tecnica molto utilizzata in biologia molecolare, che si avvale della proprietà dell'enzima klenow di spostare il taglio, generato dalla sua proprietà esonucleasica 5'-3' e 5'-3' polimerasica.

68. Ognuno dei subcomplessi catalitici della DNA polimerasi III si assembla sul DNA grazie ad un altro subcomplesso, ?, principale organizzatore dell'