Domande Chiuse del Paniere di Biologia molecolare

Domande chiuse di biologia molecolare

Legami e interazioni

Un tipo di legame debole che avviene fra due molecole che hanno cariche elettriche parziali di opposta polarità formano un'attrazione intermolecolare: forze di van der Waals.

Reazioni spontanee

Quale delle seguenti reazioni è poco probabile che avvenga spontaneamente? A + B --> C se ΔG° per la reazione è uguale a +1 kcal/mol.

Osservazioni di Chargaff

Che cosa ha osservato Chargaff? In tutte le specie A+T=G+C.

Rotazione e configurazioni delle basi

Anche se c'è una rotazione libera intorno al legame glicosidico delle basi azotate, l'ingombro sterico fa adottare alle pirimidine solo la configurazione anti.

Assorbimento UV della doppia elica

La struttura a doppia elica assorbe la luce UV meno della struttura a singola elica perché: a causa dell'effetto ipocromico che si ha in quanto il legame H e l'impilamento delle basi limita la risonanza negli anelli aromatici delle basi.

Interazione tra purine e pirimidine

Quale delle seguenti proprietà chimiche dell'interazione tra purine e pirimidine non influenza struttura e funzione degli acidi nucleici? L'assorbanza agli UV.

Elia Z del DNA

Certe sequenze nucleotidiche si ripiegano nell'elica Z più facilmente di altre. Quale delle seguenti è una caratteristica tipica dell'elica Z? Le eliche Z tendono a formarsi quando si alternano residui di 5-metilcitosine e G.

Superstrutture del DNA

Quale superstruttura può essere assunta da un tratto di DNA a doppia elica che contiene una sequenza ripetuta e invertita? Struttura cruciforme.

Stabilità dell'RNA e DNA

La particolare instabilità dell'RNA (rispetto alle molecole di DNA) è dovuta alla presenza di un gruppo ossidrilico sulla posizione 2' del ribosio.

Stabilizzazione della doppia elica del DNA

Quali interazioni molecolari sono implicate nella stabilizzazione della doppia elica del DNA? (2 risposte corrette) Interazioni idrofobiche (impilamento delle basi). Interazioni di Van der Waals.

Cariche negative nella catena polinucleotidica

Quali dei componenti chimici di una catena polinucleotidica presentano cariche negative? I gruppi fosfato.

Modificazioni nei nucleotidi

Quali delle seguenti modificazioni sono utilizzate nei nucleotidi? Metilazione.

Componenti del ribonucleotide

Quale dei seguenti componenti NON appartiene al ribonucleotide? Timina.

Flusso di informazione del dogma centrale

Scegli il corretto ordine per il flusso di informazione del dogma centrale: DNA, trascrizione, RNA, traduzione, proteine.

Esperimenti di Avery

Quale dei risultati sperimentali di Avery dimostrò che il DNA è necessario e sufficiente alla trasformazione dei batteri? Rimuovendo il DNA dagli estratti cellulari ottenuti dal ceppo S la trasformazione non avveniva.

Codifica della fenilalanina

Come è stato determinato per la prima volta che la tripletta UUU codifica per la fenilalanina? Sintesi proteica in vitro programmata da un polinucleotide sintetico (poliU) che funge da mRNA artificiale in un estratto di cellule di E.coli.

Attività enzimatica dell'RNA

L'RNA può avere attività enzimatica? Sì, i ribozimi sono RNA che hanno un sito di legame per il substrato ed una per i cofattori.

Funzioni dell'RNA dipendenti dalla struttura terziaria

Quali funzioni dell'RNA sono dipendenti dalla sua struttura terziaria? Tutte.

Appaiamenti di Hoogsteen

Gli appaiamenti di Hoogsteen possono risultare nella formazione di una tripla elica all'interno di lunghe sequenze che contengono solo purine e pirimidine in un filamento.

Superavvolgimenti solenoide e plectonemico

Quali delle seguenti affermazioni sui superavvolgimenti solenoide e plectonemico è vero? Nel DNA rilassato i superavvolgimenti plectonemici sono tutti destorsi e i superavvolgimenti sinistorsi sono solenoidi.

Topoisomerasi di tipo II

Le Topoisomerasi di tipo II tagliano entrambi i filamenti e sono in genere dimeri o multimeri.

Parametri della struttura Z del DNA

Quali sono i parametri della struttura Z del DNA? Elica sinistrorsa, diametro dell'elica 18 Å, passo dell'elica 46 Å.

Topoisomerasi di tipo I

Le Topoisomerasi di tipo I tagliano un solo filamento e sono dei monomeri.

Funzione dei centromeri

I centromeri sono sequenze sul cromosoma eucariote che funzionano durante la divisione cellulare come punto d'attacco per le proteine che associano il cromosoma al fuso mitotico.

Strutture secondarie dei telomeri

Le sequenze dei telomeri contengono strutture secondarie tipo G quartet.

Caratteristiche dell'eterocromatina facoltativa

Quali sono le caratteristiche della eterocromatina facoltativa? È trascritta in alcuni casi ma non in altri.

Struttura della doppia elica ibrida

Quale struttura assume una doppia elica ibrida costituita da un filamento di DNA ed uno di RNA? Struttura A.

Sintesi proteica con mRNA sintetico

Un mRNA sintetico con sequenza ripetitiva 5'-CACACACACACACACACACACACA...-3' viene introdotto come stampo in un estratto cellulare usato come sistema di sintesi proteica in vitro. Assumendo che questa sintesi proteica inizi dal primo nucleotide della sequenza, senza bisogno di un codone di inizio, quale prodotto (o quali prodotti) ti aspetti di trovare dopo la sintesi? Una proteina con sequenza alternata di due differenti amminoacidi.

Relazione tra twist, writhe e linking number

Considerando una molecola di DNA duplex circolare superavvolta, qual è la relazione che esiste tra le grandezze: "twist" (Tw), "writhe" (Wr) e "linking number" (Lk)? A. Lk = Tw + Wr.

Istoni H1 linker

L'istone H1 linker: Piccola proteina globulare con una coda N-ter di 20-35 aa, 80 residui nel dominio centrale globulare e regione C-ter di 100 residui.

Acetilazione degli istoni

L'acetilazione degli istoni gioca un ruolo biologico fondamentale nella maggior parte dei processi coinvolti nella regolazione della trascrizione. I principali enzimi coinvolti: Le acetiltransferasi, che si dividono in 2 diversi gruppi acetiltransferasi (HAT) A e B, e le istondeacetilasi. Le acetiltransferasi catalizzano il trasferimento di un gruppo acetile all'amino gruppo in posizione ε delle catene laterali di lisina ed utilizzano come cofattore il Coenzima A. Ciò neutralizza la carica positiva della lisina e indebolisce l'interazione fra gli istoni ed il DNA. Le due principali classi A e B si distinguono perché la classe A acetila gli istoni sulla cromatina e la classe B gli istoni liberi nel citoplasma. Le istondeacetilasi (HDAC) svolgono la funzione opposta di ristabilire la carica positiva sulla lisina. Ci sono 4 classi di enzimi, di cui solo la classe III richiede uno specifico cofattore NAD+.

Fosforilazione degli istoni

La fosforilazione degli istoni è altamente dinamica. Si distinguono chinasi e fosfatasi: le chinasi fosforilano serine, treonine e tirosine prevalentemente nella porzione N terminale delle code istoniche. Trasferiscono un gruppo fosfato da una molecola di ATP ad un gruppo OH della catena laterale dell'aminoacido target, conferendo una carica negativa agli istoni e cambiando la conformazione della cromatina.