Domande Chiuse del Paniere di Biologia molecolare

DNA? Elica sinistrorsa | Diametro dell'elica 18 Å | Passo dell'elica 46 Å23.

Le Topoisomerasi di tipo I tagliano un solo filamento e sono dei monomeri24. I centromeri sono sequenze sul cromosoma eucariote che funzionano durante la divisione cellulare come punto d'attacco per le proteine che associano il cromosoma al fuso mitotico25. Le sequenze dei telomeri contengono strutture secondarie tipo G quartet26. Quali sono le caratteristiche della eterocromatina facoltativa? E' trascritta in alcuni casi ma non in altri.27. Quale struttura assume una doppia elica ibrida costituita da un filamento di DNA ed uno di RNA? Struttura A28. Un mRNA sintetico con sequenza ripetitiva 5'-CACACACACACACACACACACACA...-3' viene introdotto come stampo in un estratto cellulare usato come sistema di sintesi proteica in vitro. Assumendo che questa sintesi proteica inizi dal primo nucleotide della sequenza, senza bisogno di un codone di inizio, quale prodotto (o quali prodotti) ti

Aspetti di trovare dopo la sintesi? Una proteina con sequenza alternata di due differenti amminoacidi.

29. Considerando una molecola di DNA duplex circolare superavvolta, qual è la relazione cheesiste tra le grandezze: "twist" (Tw), "writhe" (Wr) e "linking number" (Lk)?

A. Lk = Tw + Wr

30. L'istone H1 linker. Piccola proteina globulare con una coda N-ter di 20-35aa, 80 residui nel dominio centrale globulare e e regione Cter di 100 residui.

31. L'acetilazione degli istoni gioca un ruolo biologico fondamentale nella maggior parte dei processi coinvolti nella regolazione della trascrizione. I principali enzimi coinvolti sono le acetiltransferasi, che si dividono in 2 diversi gruppi acetiltransferasi (HAT) A e B, e le istondeacetilasi. Le acetiltransferasi catalizzano il trasferimento di un gruppo acetile all'amino gruppo in posizione ? delle catene laterali di lisina ed utilizzano come cofattore il Coenzima A. Ciò neutralizza la carica positiva.

della lisina e indebolisce l'interazione fra gli istoni ed il DNA. Le due principali classi A e B si distinguono perché la classe A acetila gli istoni sulla cromatina e la classe B gli istoni liberi nel citoplasma. Le istondeacetilasi (HDAC) svolgono la funzione opposta di ristabilire la carica positiva sulla lisina. Ci sono 4 classi di enzimi, di cui solo la classe III richiede uno specifico cofattore NAD+32. la fosforilazione degli istoni è altamente dinamica, si distinguono chinasi e fosfatasi. Le chinasi fosforilano serine, treonine e tirosine prevalentemente nella porzione N terminale delle code istoniche. Trasferiscono un gruppo fosfato da una molecola di ATP ad un gruppo OH della catena laterale dell'aminoacido target, conferendo una carica negativa agli istoni e cambiando la conformazione della cromatina33. Nel confronto tra i genomi di diversi mammiferi, quale dei seguenti parametri è meno conservata? Lunghezza e sequenza degli introni34. Da quali complessi?

è formato l'ottamero diistoni del nucleosoma? Due dimeri H3·H4, un dimero H2A2 e un dimero H2B2.

Il contenuto in DNA genomico delle cellule degli eucarioti superiori non è proporzionato al numero di proteine codificate, ma è in eccesso rispetto alla quantità che ci si potrebbe aspettare. Tra certe specie esiste una grande differenza del contenuto di DNA, a fronte di una complessità apparente non troppo diversa.

Che cosa è il quoziente di impacchettamento o (compattamento) del DNA in vivo? Rapporto tra lunghezza del DNA e le dimensioni della struttura o compartimento che lo contiene.

Caratteristiche della eterocromatina costitutiva: E' sempre compattata, trascrizionalmente inattiva e priva di geni.

Negli eucarioti, le famiglie geniche sono gruppi di due o più geni, spesso collocati adiacenti l'uno all'altro nel genoma, che si sono formati per duplicazione di un singolo gene ancestrale, seguita da fenomeni di...

N15H4, centrifugazione con gradienti di densità.N15 H4, separaticonun'ultracentrifuga in un gradiente di densità di CsCl49. Una modalità NON utilizzata dai sistemi diriodellamento della cromatinapossono modificare l'estremità Nterminale delle code istoniche50. La struttura di ordine superiore dellacromatina sono controllateda proteine scaffold, di cui le proteine SMC sono iil maggiorcomponente51. Che differenza c'è tra un cromatosoma ed unnucleosoma?Nel cromatosoma il DNA associato al nucleosoma ha un frammentodi DNA più lungo52. Che differenza c'è tra un cromatosoma ed unnucleosoma?Nel cromatosoma il DNA associato al nucleosoma ha un frammentodi DNA più lungo53. In che modo il legame dell'istone linker H1differisce da quello degli altri 4 istoni?si lega ad un filamento del DNA linker, che esce dal nucleosoma elega un secondo sito nel DNA avvolto nel core54. I contatti tra il DNA e gli istoni delnucleosoma sonoCirca la metà dei legami avviene tra lo

Nei Batteri lo scambio di materiale geneticopuò avveniretrasformazione, coniugazione e trasduzione57. quale meccanismo è rappresentato in questaimmagine? 6.8Nucleotide Excision Repair, sottopathway Global Genome NER, èpresente solo nei mammiferi58.

L'immagine rappresenta la perdita di unapurina che figura 7.1determina la formazione di un sito abasico (AP). I siti AP sonomutagenici, perché possono introdurre mutazioni, bloccano le DNApolimerasi e per questo sono potenzialmente citotossici.59.

Nell'immagine è visualizzato un meccanismodi riparazione. Quale? perché si dice che ilmeccanismo è diretto?figura 7.2E' riparata la formazione dei dimeri che si formano tra duepirimidine dopo

esposizione agli UV60. Secondo il modello di ricombinazione omologa più accreditato la maggior parte degli eventi di ricombinazione avviene come conseguenza figura 7.3 di una rottura su entrambi i filamenti:1 la giunzione di Holliday può scorrere e mette a confronto sequenze non identiche, heteroduplex, attraverso un processo detto migrazione della giunzione61.

Come funziona la nick translation? La DNA polimerasi I si lega ad un'estremità 3'OH libera in seguito ad un'interruzione del DNA, e digerisce nucleotidi nella direzione 5'-3'62.

Il test di Ames è utilizzato per stabilire l'eventuale effetto mutageno di una sostanza chimica. L'effetto mutageno è potenzialmente cancerogeno nell'uomo. Il test utilizza un ceppo di S. typhimurium mutato negli enzimi della sintesi dell'istidina. Queste cellule pertanto non crescono su terreno privo di istidina. Se l'aggiunta della sostanza mutagene provoca mutazioni proprio sugli

Enzimaticamente, la sintesi dell'istidina del ceppo di S. typhimurium utilizzato può subire una reversione del danno con conseguente crescita di colonie batteriche sul terreno selettivo.

63. Il danno più comune dell'idrolisi sul DNA è la deaminazione della citosina ad uracile.

64. Se la lesione del DNA lascia un gap su un filamento e manca lo stampo, si verifica un'invasione da parte del filamento danneggiato, che genera una migrazione delle due giunzioni di Holliday, rotte da una resolvasi. Si utilizza il filamento inatto come stampo.

65. Una mutazione nel gene RuvB potrebbe aumentare gli eventi di ricombinazione del DNA.

66. Il complesso proteico detto caricatore della sliding clamp catalizza l'apertura e il posizionamento della proteina sul DNA. Allo stesso modo, il caricatore rimuove la sliding clamp quando la sintesi del DNA è finita. Il caricatore è ATP dipendente e quando si lega, le subunità α e β cambiano.

conformazione e possono in questo interagire con la pinza e determinarne l'apertura. 67. Cos'è la nick translation? È una tecnica molto utilizzata in biologia molecolare, che si avvale della proprietà dell'enzima klenow di spostare il taglio, generato dalla sua proprietà esonucleasica 5'-3' e 5'-3' polimerasica. 68. Ognuno dei subcomplessi catalitici della DNA polimerasi III si assembla sul DNA grazie ad un altro subcomplesso, [inserire qui il nome del subcomplesso], principale organizzatore dell'...