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Solo alcuni protozoi sono parassiti e patogeni degli animali
e delle piante.
I protozoi parassiti vivono generalmente in commensalismo
nelle piante, negli animali e nell'uomo, in cui sono per lo
più autolimitanti e a parassitismo sia intra- sia
extracellulare; solo un piccolo numero di protozoi parassiti
risulta patogeno per l'uomo e causa malattie parassitarie nei
paesi tropicali e in via di sviluppo, quali la malaria, la
toxoplasmosi, la malattia del sonno africana
(tripanosomiasi), la dissenteria amebica, la giardiasi.
I protozoi vengono inoltre sempre più utilizzati nei moderni
laboratori di biotecnologie e si sono riproposti come agenti
patogeni opportunisti nell'AIDS, in pazienti
immunocompromessi (es. trapiantati) e per la loro crescente
diffusione/espansione a seguito dei cambiamenti climatici e
della loro farmaco-resistenza.