Nomenclatura dei batteri

Elementi Trasponibili

Gli elementi trasponibili sono sequenze con la capacità di muoversi da un sito a un altro di un cromosoma.

Diversamente dagli altri processi, coinvolgono minima ristrutturazione genomica, per la trasposizione non si hanno omologia tra le sequenze del sito accettore e donatore.

Sequenze di Inserzione (IS)

• Fragmenti di DNA che possono muoversi sul cromosoma
• L'inserzione può causare mutazioni di un gene o di una operone
• Sono delimitati da IR (corte sequenze di nucleotidi invertite), costituiti dallo stesso frammento copiato per le trasposizioni.

Le sequenze di inserzione (IS) sono unità autonome e codificano solo per le proteine necessarie alla propria trasposizione.

Sono i costituenti di cromosomi e plasmidi:

• IR
• 210 b.p
• 768 b.p
• IS₄ Ecoc_3-12
• Escheria₂₉₄₀
• Sensitiva2
• IS₂, IS₃, IS₄, IS₅

Trasposoni

• lunghezza media sequenze IS: 1500-1500 b.p
• lunghezza media IR: 10-25 b.p

Trasposoni Compositi

Sequenza IS₅

1. raggi ultravioletti

PROVOCANO LA PRODUZIONE DI DIMERI DELLE PIRIMIDINE

• DIMERI DI PIRIMIDINA
• PRODOTTI PU FAENQUN 5ONO

2. Radiazioni

• Le radiazioni ionizzanti AD ESEMPIO RAGGI A E RAGGI GAMMA PRODUCONO MOLECOLE DI OSSIGENO REATTIVO (O^-, H_2 O_2), CHE DANNEGGIANO LE BASI AZOTATE

• QUESTE RADIAZIONI POSSONO PROVOCARE LA COMPARSA DI SITI APURINICI MEDIANTE ROTTURA DEL LEGAME ZUCCHERO-BASE

• UN ERRORE RICOMBINANTE LEGHE MOVOVA DEI FILAMENTI

3. Mutazioni spontanee

• DEMAMINAZIONE CHE CONVERTE CIOSTINA IN URACILE CHE APAPIA CON L'ADMININA DURANTE LA REPLICAZIONE
• DANNO OSSIDATIO ALLE BASI AZOTATE
• DEPURINAZIONE IlOLUM P5 DI G A O A
• SCOMUENO G-C CON AT

Ames test

E UN TEST PER DETERMINARE LA MUTAGENICITA DI UNA SOSTANZA!

Es

Salmonella IONIM IN CU CU CEPDI CON CEPPI HANNO MUTAZIONI NEL SISTEMA DI RIPARAZIONE

• TEST DI REVERSIONE (ris pis)
• AGGIUNTA DELL' AGENTE CHIMICO DA TESTARE
• PIASTRA CON TERRENO MINIMO

1.

I PROBLEM A CHE SOLO 10 VOL DI SOSTANZE TOSSICA RISULTA CANCROGENE IN QUANTO LE SOSTANZE DIVENCONO CANCEROGENE SOLO DOPO CHE HANNO MINIMIDITI IL FEGATO

DUNQUE SOLUZIONE SIMULARE IL METABOLISMO DEI MAMMIFERI NEL PROCUORE LEGALE SOLUBILIZZATO NEL SISTEMA DEL 'ESPERIMA

UNA VOTCHE INIETEGSE LA SOSTANZA DA TESTARE CHE STAMO SUIFICATIONE

... CAUSO CASI GLI ENZIMI DEL FEGATO CREANO COMPOS KOSSIt o MICLeng

Elementi Trasponibili

Gli elementi Grausporiogli SONO SEQUENCE CON LA CAPACITÀ DI

MOVUARSI DA UN SITO AD UN ALTRO DUPI... CROMOSOMA

DIVERSAMENTE DAGLI ALTRI PROCESSI COINVOLA RIS MXA RISTRUTTURAZIONE GEONOMIC, PER LA

Sequenze di Insozione (I5)

• O FRAMMENTI DI DNA CHE POSSONO MUOVUSI SUI CROMOSOMA
• L'INSERZIONE PU CAUSARE MUTAZIONI DI UN GENE O DI UNA INTEZA PRO
• SONO DELIMITATI DA IR (CORTE SEQVENZE DI NUCLEOTIDI INVERTITE, COSTITUI SITO AD UNO DI INSENIONE E PER IMPRASP VON EQUAREANO GIONE LO STESSO FRAMMENTO COOPIANO PER IL TRANSPOZENTO

Le SEQUENZE DI INSERZIONE (IS) SONO UNITA AUTONOME E CODIFICANO SOLO PER LA PROTEINO NECESSARIA ALLA PROPRA TRASPOSIZIONE

SONO I CONSISTENTI DI COMOSOMI O PLASMIDI

_IR A 210 B 973 860

_IR 768 bp

IS₁ Erch 3:12 Str 20-50 Sanilia 2

Transoposezi

• Lunghezza nugleo sequenze: 150 1000-1500 bp
• Lunghezza med: lr 10-12 5bp

TRASPOSONI COMPOSITI

lmr ANOI LETHI IR ALTRI GENI

SEQUENZA IS

SEQUENZA 15

lmr _lr

Transposone lunghezza (5p)

• Tn₃ 4957
• Tn₅₀₁ 8200
• Tn₅₃₇₁ 1690
• Tn₅ 5700
• Tn_l0 9300
• Tn₉ 2010

modula terminala

marca simbrica

Amhp

Hag

Utilizzazione lactose

Vs Coti

Aspe

TreM

Stop

Etetera

milsici Strisuroo di cloni

Origine dei Trasposoni Composti

Trasposizione in un sito adiacente.

• 1 o più geni batterici
• La formazione di sequenze ripetute in un sito bersaglio avviene in questo modo

GGGTTTCCAAAC CCAAGGTTT

La trasposizione induce tagli sfasati nel sito bersaglio

GGGTTTCCAA CC C AAGGTTT

Riempimento delle interruzioni

GTTTCCAA C ACC AAGG T T

Cambiamenti GeneticiProdotti dai Trasposoni

DNA

promotore | mRNA

mRNA proteina

In cui l'inserzione di un promotore sul DNA bersaglio può bloccare l'inattivazione del gene bersaglio

DNA mRNA

Nel caso di trasposizione in un operone

Si genera un effetto polarità

• Gene 1
• Gene 2
• Gene 3

mRNApolicistronico

Anche i geni 2 e 3 non sono espressi in quanto la trascrizione è bloccata con l'elemento trasposonico

04/04/17

MECANISMI DI RIPARAZIONE DEL DNA

• PREVENZIONE DEGLI ERRORI
  • DNA POLIMERASI ESEGUE CORREZIONE DELLE BOZZE. È POSSIBILE UNA ATTIVITÀ 5' → 3' CHE RIMUOVE LE BASI APPENA ERRONEAMENTE. QUINDI LA POLIMERASI CONTINUA LA SINTESI (5'→3')
  • PEROXISOMI DISMUTASI → CONVERTE I RADICALI OH IN H₂O₂
  • PEROXISOMI CATALASI → CONVERTE H₂O₂ IN ACQUA (H₂O)
• RIMOZIONE DIRETTA DEL DANNO
  • FOTOREATTIVAZIONE → I FOTODIMERI SONO ABERRANTI
  • APALINTRANSFERASI IN GRADO DI RIMUOVERE I GRUPPI ALCILICI ALCUNI DAL MUTAGENO
  • NESSUNO DEI DUE SISTEMI È COMPLETAMENTE EFFICIENTE
• SISTEMI DI RIPARAZIONE
  • LA NATURA COMPLEMENTARE DEL FILAMENTO DI DNA CONSENTE DI SIRVI DI LOCALIZZARE GLI ERRORI
  • RIPARAZIONE PER ESCISSIONE RIPARA I DANNI PRIMA DELLA SINTESI
  • RIPARAZIONE POST-REPULIZIONE IN RIGIONI ELIMINA ERRORI REVISING
  • RIPARAZIONE PER ESCISSIONE (O RIMOZIONE DEL DNA DANNEGGIATO) COMPLETA (CON**ZIONE) → meno abbondante ** segno metallico escissione
  • -RICONOSCE LA BASE ANOMALA PROMUOVIARE DISTRUZIONE DELLA
  • -ESCISIO LA LESIONE E IN REGIONE CHE FRAMMENTARE
  • -UTILIZZO DEL FILAMENTO COMPLEMENTARE PER RIPRODUZIONE IN FUNZIONE

UVc

UVb

TO

5', 3'

5', 3'

pepe problem

DNA ligasi

DNA _glicosilasi rimuove la base errata

1) Eleosi cions vengono eleasi invade alcuni nucleasi sito specifica la regione finalmente in vine rimosse la polimerasi sintezza nuovo DNA e la ligasi lega il filamento neosintetizzato al vecchio filamento

ciruppi batterici

Diversità nei procarioti

• Si stima l'esistenza di 10 milioni di specie procariotiche; in passato erano conosciuti solo quelli in grado di coltivarsi
• solo circa 5000 le specie caratterizzate
• molte specie non coltivabili, in laboratorio (generalmente 1-7% da ciascun ambiente): si ha traccia della loro esistenza mediante DNA
• La classificazione dei procarioti avviene su criteri basati sull'omologia
• i botanici e zoologi classificano piante e animali basandosi sulla loro capacità di interfecondarsi per cui due individui sono di una specie se riescono a dare una prole

Si definiscono quindi delle classificazioni raggruppamenti di batteri in base a un certo grado di somiglianza genetica

I gruppi batterici

Si possono definire nomi dei gruppi batterici, così come le piante e gli animali

nome (in corsivo in latino e sottolineato in [individuati>)

NB ogni nome specie ha un valore legale ed è regolato da accordi internazionali

Identificazione Riconoscimento delle caratteristiche che consentono

la classificazione

tassonomia microbiologica

• Esistono diversi sistemi di classificazione dei gruppi batterici, per anni si impiegati la morfologia e l'anchesso la composizione chimica diversali di classificazione sono:

Sistemi di classificazione

• livelli di classificazione
• ^papanedutili per la classificazione
• morfologia della corona
• osservazioni cellulari speciali: substrato, superficie
• volentazioni della parete gliocelica

Impiego Antigene batteriche

NB essi stenologici

• animali predetimenti usati da specifici ottenuti dal plasma immatico
• di riferimento con un organismo batterico
• gli antisieri contengono anticorpi reagenti con un
• ospite d'organismo in superficie

In questo sistema di identificazione: recichiamento Rimonamente

shamzione crescia quindi furensi

1. sistema intestinale
2. mediate di predeterminazione degli gruppi, sono il primo il sistematico

Nelle specie si hanno tante epoche con quali simili se quanto di funzione indica Batteri:

Gruppi dei gruppi batterici

Unità tassonomica = specie

Insieme di ceppi batterici che condividono molte caratteristiche fenotipiche comuni, ma distinguibile da altre specie.

• Ceppo = Insieme di cellule geneticamente identiche, sempre derivante da subcultura di un singolo colonia isolata (puetz 2 7).
• Cepotipo (type strain) = Coltura di cui è stata descritta originariamente la specie, depositato presso le collezioni di colture batteriche (ATCC), esempio permanente della specie in letteratura.

Nomenclatura

• Sistema binomiale della nomenclatura
• Genere + specie
• italics (corsivo)
• Il nome del genere con iniziale maiuscola e può essere abbreviato.
• Il nome della specie non è mai abbreviato.

Il nome del genere può impiegarsi da solo a indicare un gruppo ampio, quello della specie non si impiega da solo perché qualunque colonie batteriche permanenti della specie.

Esempio: Bacillus subtilis → B. subtilis

Nomi descrittivi e comuni

• Alcuni nomi di microorganismi possono essere di uso comune, ma questi non possiedono valore o significato tassonomico
• Esempio: Bacillo di tubercolosi → Mycobacterium tuberculosis
• Meningococco → Neisseria meningitidis
• Streptococco gruppo A → Streptococcus pyogenes

Il ceppo

Il "ceppo" è una popolazione batterica che deriva dalla divisione di una singola cellula originaria.

• All'interno della massa sono presenti cloni e mutanti (progressivo accumulo di determinazioni, l'origine di una subserie, comunanza di mutazioni = successive alla formazione di una nuova specie).

Il ceppo (strain) è una popolazione "chiusa" (che deriva isolatamente da una singola cellula) contenente cloni (igenza) coltura pura), diversa ceppi componenti una specie rappresentano la variabilità genetica intra-specie (in evoluzione).

Type strain

Corrisponde al ceppo scrittori per primo al riconoscimento di una nuova specie; esso diventa quindi un ceppo di riferimento

Il ceppo utilizzato come riferimento di una specie, il quale si stabilisce l'appartenenza di un ceppo batterico.

Cultivazione urea come fonde di N

H₂N-C-NH₂ + 2 H₂0 → CO₂ + H₂0 + 2 NH₃

L'analisi dell'urea porta alla formazione di condizioni basiche che fanno virale il colore dell'indicatore rosso fenolo

Dai metabolismi al DNA

I test biochimici sono dicine spesso riproducono risultati amibui, sono tuttavia ancora largamente diffusi.

Critici per l'omologia

A) Altri fenotipici descrittivi seguono quali genetici comportamentali ossi la valutazione del GC a quanto in particolare complementa

• Esempio: in batteri come Escherichia coli con GC di 37%, ha un DNA il quale, confrontato con Bacillus subtilis, il cui DNA (doppio). Il DNA della stessa specie batteri.

NB Utilizzano capacità di denaturare (ossia far dividere i filamenti) poi rinquinare fra apparire avvento nel lasso di tempo il processo di riduzione della.

La tecnica di ibridazione DNA/DNA potrà definire i compartimenti alla stessa specie batteria come una trasferta lo omologa allo specchio (ampliamenti delle specie ad almeno 70%).

La temperatura di fusione del DNA è direttamente proporzionale al suo contenuto in GC.

Il rapporto DNA-DNA fornisce informazioni relative ai parametri fra ceppi non possono e vi siano non superano l'omologo di 70%.

All'interno queste informazioni si passano col risedivi univita alle analisi sequenza di DNA codificanti per la schnida accoppiato agli omologo di 60%.

Criterio: omologia genetico

Elevate omologie per il singolo gruppo di reale riduzionisce di una stessa specie (90%). Risposta ripetibile, necessario una mappa di nucleotici sequenziali "peculiari".

I ceppi possono avere la capacità di isolare una specie il quale questa riesce infine per gli amimorità romogene o meno; il cui gruppo di necessaria rivitalzone (a livello fenomenico singolo isolato coriamore il Ceppo Giorgio che priva di evoluzioni - sottogruppi di differenze - Un confronto fra specie potebre desume per questo ulteriori differenze omologo unico, o non un morfocaomona o caso ispezionreica).