Processamento dei peptidi di classe III
I patogeni che risiedono nelle vescicole non sono accessibili al proteasoma del citosol. In seguito all'attivazione dei macrofagi, le proteine all'interno delle vescicole vengono degradate da proteasi contenute nelle vescicole stesse. L'endocitosi, la fagocitosi e la macropinocitosi utilizzano gli endosomi e quindi i lisosomi per la processazione dell'antigene. Per questa via vengono processati i micobatteri ed alcuni altri patogeni, tra cui la Leishmania, che si replicano all'interno delle vescicole intracellulari dei macrofagi. Anche i microbi extracellulari e le proteine internalizzate nelle vescicole endocitiche sono presentate ai linfociti CD4 mediante questa via.
Processamento dei peptidi di classe II
Gli endosomi ed i lisosomi contengono proteasi che vengono attivate da un pH acido e sono quindi conosciute come proteasi acide. Le proteasi acide appartengono alla famiglia delle catepsine (B, D, S ed L). Una tiolo reduttasi indotta da IFN-γ (denominata GILT) ha il ruolo di ridurre i ponti disolfuro, in particolare quelli intramolecolari, affinché le proteine che li contengono possano essere digerite all'interno degli endosomi.
Trasporto delle molecole MHC II alle vescicole acide
Le molecole MHC II vengono traslocate nel RE durante la loro sintesi, ma poiché devono interagire coi peptidi formatisi nelle vescicole acide, il loro legame con polipeptidi appena sintetizzati o con peptidi appena trasportati nel lume del RE deve essere prevenuto. Le molecole MHC II neo-sintetizzate vengono legate da una proteina: la catena costante associata alle molecole MHC II (Ii). La catena costante forma trimeri e ogni subunità lega in maniera non covalente un eterodimero nella tasca per il peptide. Le catene pesanti hanno anche la funzione di indirizzare le molecole MHC II verso le vescicole acide dove può avvenire il legame con il peptide. Prima però la catena pesante deve essere degradata e lasciare il sito di legame libero.
Trasporto delle molecole MHC II alle vescicole acide
Le molecole MHC II vengono rilasciate in vescicole che originano dal complesso di Golgi, le quali, ad un certo punto, si fondono con gli endosomi. Esistono evidenze che i complessi MHC II:Ii vengano trasportati prima alla superficie e poi internalizzati come endosomi. La microscopia elettronica ha permesso di localizzare le molecole MHC II in un compartimento subcellulare specializzato dove avviene il taglio di Ii e il caricamento del peptide (compartimento MIIC).
Compartimento MIIC
Particelle di oro piccole: MHC II
Particelle di oro grandi: