Diagnostica di laboratorio delle malattie da infezione

DIAGNOSTICA DI LABORATORIO DELLE MALATTIE DA INFEZIONE

• MEDICI Maria Cristina

• ANNO ACCADEMICO: 2015/2016

• Anno di corso: 1

• SEMESTRE: Secondo Semestre

• NUMERO CFU: 7

• SSD: MICROBIOLOGIA E MICROBIOLOGIA CLINICA (MED/07)

Programma:

Patogenicità dei microrganismi e patogenesi delle malattie da infezione:

- relazione ospite-agente infettivo: parassitismo, infezione, malattia;

- relazione ospite-malattia: virulenza, meccanismi dell’azione patogena di microrganismi e virus;

- patogenesi delle infezioni batteriche;

- patogenesi delle infezioni virali;

- azione patogena dei parassiti;

- strategie di microrganismi e virus per sottrarsi alle difese dell’ospite; le mutazioni dei virus, interazioni

genetiche e non genetiche

- popolazione microbica residente;

- epidemiologia delle infezioni: trasmissione e grado di diffusione delle infezioni, indicatori e studi

epidemiologici;

- l’importanza delle malattie da infezione: infezioni nuove, emergenti e riemergenti.

Principi e metodi per la diagnosi di laboratorio delle malattie da infezione:

- il prelievo, il trasporto e la conservazione dei campioni clinici per l’esame batteriologico, micologico,

parassitologico e virologico;

- sensibilità e specificità di un saggio diagnostico;

- microscopia ed elettromicroscopia;

- dimostrazione nel materiale patologico di componenti (antigeni e acido nucleico) dell'agente da

infezione mediante metodi immunologici e metodi molecolari;

- metodi di coltivazione di batteri, miceti, parassiti e virus e loro identificazione;

- determinazione della sensibilità dei batteri all’azione degli antibiotici e chemioterapici;

- metodi biotecnologici applicati alla determinazione della resistenza ai farmaci anti-virali;

- dimostrazione di una risposta immunitaria specifica nei confronti di batteri, miceti, parassiti e virus;

- le biotecnologie mediche e le loro applicazioni nel campo della diagnostica di laboratorio.

Storia naturale delle infezioni causate dai principali agenti eziologici, aspetti patogenetici, metodi

diagnostici di laboratorio, interpretazione dei risultati delle indagini microbiologiche e virologiche

relative a:

- infezioni dell’apparato digerente;

- infezioni dell’apparato respiratorio;

- infezioni del sistema nervoso centrale;

- infezioni dell’apparato genito-urinario;

- infezioni della cute e degli annessi;

- infezioni sistemiche;

- infezioni materno-fetali;

- infezioni dell’ospite immunocompromesso.

e infezioni trasmesse da artropodi.

- zoonosi

DIAGNOSTICA DI LABORATORIO DELLE MALATTIE DA INFEZIONE

1. LE MALATTIE DA INFEZIONE .................................................................................................................................................................................................................. 5

1.1 FLORA MICROBICA RESIDENTE: ..................................................................................................................................................................................................... 5

1.3 LA PRESA DI POSSESSO E LO SFRUTTAMENTO DELL’OSPITE .......................................................................................................................................................... 8

1.3.4 INVASIONE DELL’OSPITE ............................................................................................................................................................................................................10

COME MICRORGANISMI E VIRUS DANNEGGIANO L’OSPITE ...............................................................................................................................................................13

1.7 L’INVASIONE DELL’OSPITE – Come microrganismi e virus persistone nell’ospite ..........................................................................................................................14

2. L’IMPORTANZA DELLE MALATTIE DA INFEZIONE ..................................................................................................................................................................................15

2.1 PRINCIPALI BATTERI PATOGENI PER L’UOMO: ..............................................................................................................................................................................16

2.2 PRINCIPALI FUNGHI PATOGENI PER L’UOMO: ..............................................................................................................................................................................16

2.3 PRINCIPALI PROTOZOI PATOGENI PER L’UOMO: ..........................................................................................................................................................................17

2.4 PRINCIPALI VIRUS PATOGENI PER L’UOMO ..................................................................................................................................................................................17

3. PRINCIPI DELLA DIAGNOSI DI LABORATORIO E RICERCA DIRETTA MICROSCOPIA ED ELETTROMICROSCOPIA ......................................................................................19

3.1 DIAGNOSI RAPIDA: RICERCA DIRETTA: MICROSCOPIA ED ELETTROMICROSCOPIA .......................................................................................................................19

3.2 ESAME BATTERIOSCOPICO ...........................................................................................................................................................................................................19

3.3 ESAME MICROSCOPICO PER MICETI .............................................................................................................................................................................................22

3.4 ESAME MICROSCOPICO DIRETTO SU CAMPIONE FRESCO NELLA DIAGNOSI DI MALATTIE PARASSITARIE ....................................................................................24

3.5 MICROSCOPIA ELETTRONICA ........................................................................................................................................................................................................27

4 RICERCA DIRETTA: RICERCA ANTIGENE ..................................................................................................................................................................................................28

4.1 RICERCA DI ANTIGENE NELLE INFEZIONI DI PROTOZOI .................................................................................................................................................................28

4.2 LEGIONELLA PNEUMOPHILA .........................................................................................................................................................................................................28

4.3 SAGGI COMMERCIALI PER LA DIAGNOSI RAPIDA DI INFEZIONE DA VIRUS INFLUENZA .................................................................................................................29

5. ESAME COLTURALE PER BATTERI E MICETI ...........................................................................................................................................................................................33

5.1 TERRENI DI COLTURA:.........................................................................................................................................................................................................................34

Terreni di arricchimento .....................................................................................................................................................................................................................34

Terreni solidi ......................................................................................................................................................................................................................................34

Terreni selettivi: .................................................................................................................................................................................................................................34

5.2 CONDIZIONI DI INCUBAZIONE: ...........................................................................................................................................................................................................35

5.3 EMOCOLTURA ....................................................................................................................................................................................................................................36

5.4 COPROCOLTURA .................................................................................................................................................................................................................................36

5.5 URINOCOLTURA .................................................................................................................................................................................................................................37

5.6 COLTURA DELL’ESPETTORATO ............................................................................................................................................................................................................37

5.7 COLTURE ANAEROBI ...........................................................................................................................................................................................................................37

6. IDENTIFICAZIONE: .......................................................................................................................................................................................................................................38

6.1 STAFILOCOCCHI ..................................................................................................................................................................................................................................38

6.2 STREPTOCOCCHI .................................................................................................................................................................................................................................39

6.3 ENTEROCOCCHI (famiglia Enterococcaceae).......................................................................................................................................................................................41

6.4 Famiglia Enterobacteriaceae: .............................................................................................................................................................................................................41

ESCHERICHIA COLI ..............................................................................................................................................................................................................................42

SALMONELLA: ....................................................................................................................................................................................................................................42

SHIGELLA: ...........................................................................................................................................................................................................................................43

YERSINIA: ...........................................................................................................................................................................................................................................43

Altri enterococchi importanti da un punto di vista clinico sono: ........................................................................................................................................................43

6.5 PSEUDOMONAS..................................................................................................................................................................................................................................45

P. aeruginosa:.....................................................................................................................................................................................................................................45

6.6 CAMPYLOBACTER: Campylobacter jejuni e Campylobacter coli..........................................................................................................................................................45

6.7 HAEMOPHILUS ...................................................................................................................................................................................................................................46

6.8 GENERE NEISSERIA: ............................................................................................................................................................................................................................47

6.9 MICOBATTERI: ....................................................................................................................................................................................................................................48

7. ANTIBATTERICI E ANTIBIOGRAMMA ..........................................................................................................................................................................................................50

7.1 ANTIBATTERICI CHE BLOCCANO LA SINTESI DEL PEPTIDOGLICANO: ...................................................................................................................................................50

7.2 ANTIBATTERICI CHE DANNEGGIANO LA MEMBRANA PLASMATICA ....................................................................................................................................................50

7.3 ANTIBATTERICI CHE BLOCCANO LE DNA TOPOISOMERASI BATTERICHE .............................................................................................................................................50

7.4 ANTIBATTERICI CHE BLOCCANO LA RNA POLIMERASI BATTERICA ......................................................................................................................................................51

7.5 ANTIBATTERICI CHE BLOCCANO LA SINTESI PROTEICA .......................................................................................................................................................................51

7.6 ANTIBATTERICI CHE BLOCCANO LA SINTESI DEI FOLATI ......................................................................................................................................................................52

7.7 ANTIBATTERICI CHE AGISCONO CON MECCANISMI DIVERSI...............................................................................................................................................................52

7. 8 ANTIBIOGRAMMA .............................................................................................................................................................................................................................52

METODO DELLA DILUIZIONE ..............................................................................................................................................................................................................53

METODO E-TEST .................................................................................................................................................................................................................................53

METODO DI KIRBY-BAUER ..................................................................................................................................................................................................................53

7.9 RESISTENZA AI FARMACI ANTIBATTERICI ...........................................................................................................................................................................................53

MECCANISMI DI RESISTENZA PER INATTIVAZIONE DEL FARMACO .....................................................................................................................................................53

MECCANISMI DI RESISTENZA DOVUTI A MODIFICAZIONE DEL BERSAGLIO MOLECOLARE DEL FARMACO. .........................................................................................54

MECCANISMI DI RESISTENZA DOVUTI A IMPERMEABILITÀ O EFFLUSSO ATTIVO ................................................................................................................................54

RESISTENZA INTRINSECA E RESISTENZA ACQUISITA ...........................................................................................................................................................................54

TRAFERIMENTO GENICO ORIZZONTALE .............................................................................................................................................................................................55

8. LA DIAGNOSI MOLECOLARE: RIVELAZIONE ED IDENTIFICAZIONE DI ACIDI NUCLEICI ..................................................................................................................................55

8.1 ANALISI ELETTROFORETICA DI DNA E POLIMORFISMO DI LUNGHEZZA DEI FRAMMENTI DI RESTRIZIONE (RFLP) ...............................................................................56

8.2 PCR: ....................................................................................................................................................................................................................................................56

8.3 TECNICHE PER LA RIVELAZIONE DEI PRODOTTI DI PCR .......................................................................................................................................................................58

8.4 STUDIO DELLA FARMACO RESISTENZA MEDIANTE IBRIDAZIONE INVERSA SU PRODOTTI DI AMPLIFICAZIONE ..................................................................................59

8.5 SAGGIO DI IBRIDAZIONE INVERSA (LiPA: LINE PROBE ASSAY) PER LA DETERMINAZIONE DELLA FARMACO-RESISTENZA IN CEPPI DI HBV .........................................60

VIRUS EPATITE C .................................................................................................................................................................................................................................60

8.6 TEST DIAGNOSTICI: ..................