Biologia e genetica - trascrizione negli eucarioti

Trascrizione negli eucarioti

Le variazioni rispetto ai procarioti sono legate alla complessità dei genomi eucariotici. È importante soffermarsi sui promotori; c’è già una prima differenziazione per quanto riguarda i segmenti genomici che portano l’informazione per la sintesi anche per gli altri RNA (t-RNA, r-RNA), ciascuno dei quali può essere interessato da RNA polimerasi di tipo diverso. Per esempio, sappiamo che l’RNA polimerasi I determina la trascrizione di quei geni che portano alla sintesi prevalentemente degli RNA nucleolari (18 sv, 28 sv, 5.8 sv), mentre le RNA polimerasi III trascrivono per l’RNA 5 sv, che a differenza dei primi viene trascritto nel nucleo e non nel nucleolo, e per i sn-RNA, sempre nel nucleo.

I relativi promotori sono caratterizzanti, cioè la regione regolatrice dei geni per gli RNA maggiori, quelli sintetizzati nel nucleolo, ha una sistemazione nel genoma che è diversa da quelli che sono sintetizzati nel nucleo. La parte intima del promotore, la più importante e che assicura la trascrizione, è a cavallo del punto di inizio, cioè la parte più essenziale, quella che è comunemente definita promotore CORE, è a cavallo del sito di inizio indicato con +1. Quindi questa parte va da una posizione di circa -45 per arrivare a +20, che è la sequenza a valle.

La regione a monte del sito di inizio della trascrizione contiene una sequenza, il cui punto medio è tra -25 e -30, che è molto ricca di A e T (sequenza TATA o TATA box); nel contesto di questa sequenza, ad una successione di TATA fanno seguito una serie di A, con numero variabile da 1 a 2. Il punto di inizio fa parte di una piccola sequenza che prende il nome di sequenza iniziatrice (Inr) in cui vediamo una sequenza di pirimidine, prima A poi una C, e poi il vero fulcro del sito di inizio, che solitamente è una purina, molto spesso una A, a cui fa seguito una piccola sequenza di circa 5 nt di pirimidine; questa piccola sequenza caratterizza il sito di inizio.

Ci sono delle regioni promotrici, la cui presenza assicura una intensità di base di trascrizione. Questa intensità può essere aumentata dall’esistenza di ulteriori sequenze, ma anche da interazioni proteina-proteina. Laddove nei procarioti a determinare l’intensità della trasmissione è il promotore nel senso di una determinata sequenza in cui possono esserci delle porzioni del CORE di consenso, cioè sono conservate nel tempo, e di variazioni di questi promotori che fanno sì che questi promotori funzionino più o meno bene, negli eucarioti l’RNA polimerasi perde questa importanza.