Acronimi Biologia Molecolare e loro spiegazione

LINE;

- IS = Insertion Sequence;

- DR = Direct Repeat;

Enzimi di Restrizione

- ER = Enzima di Restrizione;

- PROTEINA XRCC1 = riconosciuta dalla DNA Ligasi III, coinvolta

nella riparazione ai danni al DNA dovuti a mutazioni puntiformi o

errori di riparazione;

- PROTEINA XRCC4 = riconosciuta dalla DNA Ligasi IV, catalizza il

passaggio finale della ricombinazione VDJ;

- TDT = Terminal Deossiribonucleotide Transferase;

- SDS-PAGE = Sodio Dodecil Solfato - Poliacrilammide Gel

Elettroforesi;

- PLASMIDE pBR322 = vettore plasmidico classico;

- PLASMIDE pUC19 = vettore plasmidico per la selezione bianco-blu;

- MCS = Multiple Cloning Site;

- YAC = Yeast Artificial Chromosome;

- BAC = Bacterial Artificial Chromosome;

- NUCLEASI S1 = nucleasi che elimina l’ansa a singolo filamento

durante la creazione dei cDNA a partire da molecole di mRNA;

Trascrizione

- snRNA = small nuclear RNA;

- snoRNA = small nucleolar RNA;

- miRNA = micro RNA;

- scRNA = small conditional RNA;

- TSS = sito di inizio della trascrizione;

- Pribnow box (-10) = T80 A95 T45 A60 A50 T95, riconosciuta dal

dominio sigma2 del fattore sigma;

- Sequenza -35 = TTGACA, riconosciuta dal dominio sigma4 del fattore

sigma;

- GreA & GreB = fattori di allungamento che mitigano la diminuzione

della velocità di trascrizione; 1° Parziale 04/12/15

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- TRCF = Transcription-Repair Coupling Factor;

- Uvr(A)BC = reclutati da TRCF e riparano il DNA danneggiato;

- Rut = sito di utilizzo di Rho;

- lacI = codifica il repressore dell’operone lac;

- lacZ = codifica per il beta-galattosidasi;

- lacY = codifica per l’allolattosio-permeasi;

- lacA = codifica per il tiogalattoside transacetilasi;

- Complesso cAMP-CRP = complesso AMP ciclico - cAMP Receptor

Protein;

- ORF = Open Reading Frame;

- UTR = UnTranslated Region;

Promotori delle 3 RNA Polimerasi Eucariotiche (1, 2, 3 indicano la

Polimerasi)

- UPE O UCE (1) = Upstream Promoter Element o Upstream Control

Element. E’ una sequenza che va da dal nt -107 a -180 del promotore di

RNA Polimerasi I. E’ ricco in GC;

- UBF (1) = Upstream Binding Factor. Si lega all’UCE e al core del

promotore promuovendo la formazione di un’ansa;

- SL1 (1) = una volta formata l’ansa, SL1 si lega al dominio C-Terminale

dell’UBF. Una volta legata, richiama a se la RNA Polimerasi I sul

promotore determinando l’inizio della Trascrizione. L’SL1 è un

complesso proteico formato da:

• TBP = TATA Binding Protein;

• TAF = TBP Associated Factor;

- CTD (2) = C-Terminal Domain della RNA Polimerasi II Eucariotica;

- GTF (2) = Fattori di Trascrizione Generali (Fattori Basali);

- CORE PROMOTER O PROMOTORE MINIMO DI Pol II:

• INR = Iniziatore (+1) con sequenza YYANWYY;

• TATA box = Sequenza TATAA a cui si lega la TBP;

• BRE = B Responsive Element a cui si lega il TFIIB;

• DPE = Downstream Promoter Element, solo nei promotori TATA-less;

• DCE = Downstream Core Element, in tante copie solo nei promotori

con TATA box;

• ISOLE CpG = ripetizioni di sequenze dinucleotidiche GC presenti in

oltre il 50% dei promotori umano. Pochi di questi hanno la TATA box;

- UAS (2) = Upstream Activating Sequence, nel Lievito;

- PIC (2) = Complesso di Pre-Inizio della RNA Polimerasi II negli

Eucarioti formato da oltre 20 fattori basali. In ordine di inserzione sul

promotore: 1° Parziale 04/12/15

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• TFIID:

- TBP = TATA Binding Protein

- TAF = TBP Associated Factor

• TFIIA

• TFIIB

• TFIIF

• RNA POLIMERASI II = quando si lega al PIC, il complesso prende

il nome di Complesso di Inizio perchè inizia la trascrizione del DNA

creando frammenti abortivi quando il TFIIH, con la sua attività

elicasica ATP-dipendente, denatura il DNA formando il “complesso

aperto”;

• TFIIE

• TFIIH

- DITO B (2) = il loop N-Terminale del TFIIB che si inserisce nel nucleo

catalitico della RNA Polimerasi II, stabilizzando l’ibrido DNA-RNA;

- BOX A & BOX B (3) = due sequenze (box) di controllo presenti sul

promotore interno del gene che codifica il tRNA, riconosciuto dalla

Polimerasi III;

- TFIIIC (3) = fattore di trascrizione che si lega sia alla Box A sia alla

Box B;

- TFIIIB (3) = una volta che si lega TFIIIC, richiama sul promotore

TFIIIB che è diviso in:

• TBP

• TAF

- BOX A & BOX C (3) = due sequenze (box) di controllo presenti sul

promotore interno del gene che codifica l’rRNA 5S, riconosciuto dalla

Polimerasi III;

- TFIIIA (3) = fattore di trascrizione il quale, tramite domini di legame

al DNA del tipo Dita di Zinco, si lega alla Box A. Una volta avvenuto il

legame, richiama il TFIIIC che si lega alla Box A e Box C. Essi

posizionano nel sito corretto TFIIIB ossia sul sito d’inizio della

trascrizione (TSS). Avvenuto questo legame, TBP richiama la RNA

Polimerasi III e inizia la trascrizione; 1° Parziale 04/12/15

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Regolazione della Trascrizione

- CAAT BOX = influenza l’efficienza del promotore;

• CBF = CAAT Binding Factor

- GC BOX:

• Sp1 = attiva la trascrizione dei geni Housekeeping ossia vitali per la

cellula (costituzionali);

- OTTAMERICA:

• Oct-1 = attiva la trascrizione del gene dell’estone H2B;

- ENHANCER = amplificatore. Presenta delle sequenze specifiche per

l’inserzione degli Attivatori formando il complesso dell’Enhanceosoma.

Esso prende contatto con le sequenze prossimali del promotore, tramite

la formazione di un’ansa, in modo tale che gli attivatori leghino il

Mediatore, così da reclutare l’RNA Polimerasi II. Gli Enhancer

funzionano qualunque sia la Distanza, la Direzione di Trascrizione e la

loro Posizione;

- SILENCER = simili agli Enhancer solo che invece che legare

Attivatori, legano i Repressori. Modalità di azione simile;

- ISOLATORI = sequenze nucleotidiche specifiche per alcune proteine

che ostacolano l’attivazione dei Mediatori da parte degli Enhancer. Se

l’isolatore è posto tra un Enhancer e un Promotore, la trascrizione non

avviene;

- GRE = Glucocorticoid Response Element;

- HRE = Heat Shock Response Element;

- HSTF = Heat Shock Transcription Factor;

- GR = Glucocorticoid Receptors;

- mRNA Surveillance = meccanismi di sorveglianza degli mRNA maturi

presenti ancora nel nucleo;

- CPSF = Cleavage and Poly(A)denylation Specifity Factor;

- CstF = Cleavage stimulation Factor;

- SEGNALE DI CLEAVAGE = AAUAAA

- CFI & CFII = Cleavage Factor I & II;

- PAP = poli(A) polimerasi;

- PABPN1 = Poly(A) Binding Protein Nuclear 1;

- CPE = Cytoplasmic Poly(A)denylation Element. Sequenza UUUUUAU;

- BRANCHING POINT = sito di ramificazione “A” di un Introne,

responsabile del legame fosfodiesterico tra il 2’-OH dell’Adenina e il

5’-P del dinucleotide donatore GU dell’introne;

- snRNP = small nuclear RiboNucleoProtein; 1° Parziale 04/12/15

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- PROTEINA Sm = sono un gruppo di 7 proteine che si legano ad ogni

snRNA facenti parte degli snRNP a livello di una sequenza conservata:

5’-AAUUUGUGG-3’;

- BBP = Branch point Binding Protein;

- MECCANISMO DI SPLICING NUCLEARE: (in ordine di azione)

• snRNP U1 = si lega al sito donatore 5’ (GU) tramite interazione

complementare;

• BBP = si lega alla sequenza di ramificazione mediante interazione

complementare, lasciando spaiata la Adenina responsabile

dell’attacco nucleolo della prima reazione di trans-esterificazione;

• U2AF65 e U2AF35 = si legano rispettivamente alla sequenza

polipirimidinica e al sito accettare 3’;

• snRNP U2 = scalza la BBP legandosi alla sequenza di ramificazione

al suo posto;

• Complesso snRNP U4, U5, U6 = media l’interazione tra U1 e U2

(U6 si appaia a U1 e U4 si appaia a U2);

- SL = Spliced Leader;

- ESE = Exonic Splicing Enhancer:

• SR = proteina costituita da uno o più domini che legano l’RNA a

livello delle ESE e un dominio ricco in Serina (S) e Alanina (R).

L’unione di SR e ESE facilita la formazione dello Spliceosoma;

- ESS = Exonic Splicing Silencer:

- hnRNP = heterogeneous nuclear RiboNucleoProtein. E’ un repressore e

quando esso si lega all’ESS impedisce il riconoscimento dei siti di

splicing oppure impedisce l’interazione tra U1 e U2 durante lo splicing;

- ISE = Intronic Splicing Enhancer;

- ISS = Intronic Splicing Silencer;

- Dcp1 = proteina che rimuove il cap al 5’;

- XRN1 = proteina ad attività esonucleasica 5’-3’ che degrada l’mRNA

una volta allontanato il Cap al 5’;

Domini di legame al DNA delle proteine

1. ELICA-GIRO-ELICA (HTH) = tipico del repressore dell’operone

Lac, formato da tre alfa-eliche ripiegate di cui solo la terza elica

(Elica R, R per Riconoscimento) si inserisce nel solco maggiore del

DNA, mediante l’interazione tra gli AA dell’elica con le basi della

sequenza nucleotidica specifica.

Omeodominio = scoperto per la prima volta in Drosophyla e tipico

• dei regolatori dei geni omeotici che controllano lo sviluppo

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dell’intero organismo. Come struttura è simile all’HTH con 3 alfa-

eliche ripiegate di cui solo la Elica R contatta il solco maggiore del

DNA. Inoltre è presente una sorta di braccio flessibile che contatta il

solco minore del DNA. Perciò il legame col solco minore è essenziale

per mantenere la stabilità del legame tra proteina e DNA;

2. DITO DI ZINCO = tipico degli attivatori trascrizionali come TFIIIA

(geni per rRNA 5S) o Sp1 (GC Box, polimerasi II). E’ presente

un’atomo di Zinco (Zn) coordinato a 2 Cistidine e a 2 Istidine. Questo

quadruplo legame causa la formazione di un’ansa ove a sinistra

abbiamo una struttura a ß-foglietto mentre a destra abbiamo una

struttura ad alfa-elica. La punta dell’ansa è ricca di AA idrofobici che

mantengono stabile la struttura mentre l’alfa-elica prende contatto col

solco maggiore della doppia elica di DNA;

3. CERNIERA DI LEUCINE = riguarda la maggior parte degli

attivatori dimerici trascrizionali. Il dimero è costituito da 2 lunghe

strutture ad alfa-elica in cui ognuna presenta un dominio di

dimerizzazione e un dominio basico di legame al DNA. Esso riguarda

la parte terminale delle due alfa-eliche del dimero, ed essendo basico

si lega al solco maggiore del DNA sulle due facce opposte. Esso

riconosce una sequenza di risposta di 4 pb.

Il dominio di dimerizzazione, nella struttu