Acronimi Biologia Molecolare e loro spiegazione

Acronimi biologia molecolare (parziale 1)

Replicazione

OriC = Origine di replicazione di E. coli. Ha una sequenza di origine minima di 245 pb, con 4 ripetizioni da 9 pb e 3 ripetizioni da 13 pb.

ARS = Autonomously Replicating Sequences. Sono le origini del lievito (Saccharomyces cerevisiae) e sono circa 350:

• ACS = ARS Consensus Sequence. È una sequenza di 11 pb consenso per ogni origine (mutazioni in una di queste 11 pb elimina la funzione di quell’origine).
• DUE = DNA Unwinding Element. Sono due sequenze variabili sia in lunghezza sia in sequenza nucleotidica, poste ai lati dell’ACS. Evidentemente non sono consenso ma sono ricche in A:T per una denaturazione più facilitata.
• ORC = Origin Recognition Complex. È un complesso proteico formato da 6 proteine. È sempre legato all’ACS e la sua attivazione, grazie a una chinasi che lo fosforila, permette l’inizio della replicazione, denaturando le DUE ecc.

DnaA = Una proteina che si lega prima alle 4 ripetizioni da 9 pb (creando un nucleo proteico a cui intorno si avvolge il DNA dell’OriC) e poi anche alle 3 ripetizioni da 13 pb, facilitando la denaturazione localizzata di questa regione formando la bolla di denaturazione. Ha una funzione omologa a quella di ORC, solo che le DnaA non sono sempre legate al DNA ma lo fanno quando le mutilazioni presenti su OriC di entrambi i filamenti sono presenti.

DnaB - DnaC = È un complesso che funge da elicasi. Quando si forma la bolla di denaturazione, essa consente l’inserimento di esse formando il complesso di pre-innesco. L’elicasi denatura il dsDNA aumentando sempre di più la bolla di denaturazione.

SSB = Single-Stranded DNA Binding Protein. È una proteina ad alta affinità a ssDNA. Ha una funzione importante: evita la rinaturazione dei due filamenti di DNA permettendo la replicazione.

DinB = DNA Polimerasi IV di E. coli. Insieme alla DNA polimerasi V sono due DNA di translesione ossia aggirano i danni provocati al DNA che normalmente bloccherebbero il macchinario replicativo.

dnaG = Gene che codifica la DNA Primasi (RNA Polimerasi DNA stampo-dipendente). Essa polimerizza il primer a RNA.

Forma RF = Forma replicativa del genoma del batteriofago, una volta infettato il battere specifico. Da ssDNA, tramite una normale replicazione con primer a RNA, si forma il dsDNA.

Proteina TP = Proteina Terminale. È la ribonucleoproteina che si attacca al 5’ dello stampo a DNA. Un CTP (citosina trifosfato) si aggancia a un residuo di Serina, presente sulla proteina, esponendo così un 3’-OH libero che funge da innesco.

DNA Polimerasi alfa-primasi = È l’analogo della primasi di E. coli negli eucarioti. Crea sempre un primer a RNA.

DNA polimerasi δ/θ = Analogo della DNA Polimerasi III replicativa di E. coli negli eucarioti.

TBP = Ter Binding Protein. Chiamata anche TUS.

DSB = Double Strand Break.

TERT = Telomerase Reverse Transcriptase.

TERC = Telomerase RNA Component.

Est = Ever Shorter Element.

Shelterina:

• TRF1 & TRF2 = TTAGGG Repeat Binding Factor 1 & 2.
• RAP1.
• TIN2.
• TPP1.
• POT1.

T-loop: Telomere loop.

D-loop: Displacement loop.

ALT = Alternative Lightening of Telomeres.

Ricombinazione

RuvAB = Proteina che permette la migrazione della giunzione di Holliday.

RecBCD = Induce rotture a singolo filamento su un partner omologo in E. coli.

RecA = Promuove l’invasione del singolo filamento nel duplex formando una tripla elica, secondo il Modello di Meselson-Radding.

attB = Attachment site of Bacter.

attP = Attachment site of Phage.

IR = Inverted Region.

LTR = Long Terminal Repeats.

LINE = Long Interspersed Nuclear Elements.

SINE = Short Interspersed Nuclear Elements.

HERV = Human Endogenous RetroVirus.

ORF1 & ORF2 = 2 geni del Retrotrasposone non retrovirale come LINE.

IS = Insertion Sequence.

DR = Direct Repeat.

Enzimi di restrizione

ER = Enzima di Restrizione.

Proteina XRCC1 = Riconosciuta dalla DNA Ligasi III, coinvolta nella riparazione ai danni al DNA dovuti a mutazioni puntiformi o errori di riparazione.

Proteina XRCC4 = Riconosciuta dalla DNA Ligasi IV, catalizza il passaggio finale della ricombinazione VDJ.

TDT = Terminal Deossiribonucleotide Transferase.

SDS-PAGE = Sodio Dodecil Solfato - Poliacrilammide Gel Elettroforesi.

Plasmide pBR322 = Vettore plasmidico classico.

Plasmide pUC19 = Vettore plasmidico per la selezione bianco-blu.

MCS = Multiple Cloning Site.