Appunti Biologia molecolare ed epigenetica

RNA che sono stati sequenziati con NGS e degli snoRNA

La tecnica CAGE per il cap. Un'altra loro funzione potrebbe essere. È stato visto che questi piccoli RNA si originano nell'omeostasi metabolica: esiste U60 che si associa ad un ridotto traffico del colesterolo delle membrane endocellulari. Appartiene alle C/D. Sono prevalentemente dei regolatori associati a promotori canonici ben caratterizzati. Entrano in funzione con l'attivazione cellulare. In caso di stress che danneggia il DNA p53 deve funzionare da guardiano del genoma e attivare tutti i processi di riparazione e blocco del ciclo cellulare; perciò, si hanno una serie di passaggi fino alla fosforilazione di p53 che porta a non avere più l'associazione con MDM2. A questo punto, si ha l'intervento dello snoRNA e di miRNA-605 che modulano la regolazione in quanto.

bloccano e tengono bloccato MDM2. A questo punto, p53 si accumula e va a funzionare come fattore di trascrizione di p21, inibitore del complesso ciclina-cdk, bloccando la cellula in G1 o G2. È un circuito autoregolativo. Questa funzione è stata studiata anche nel carcinoma del colon retto e in topi mutanti per p53 che tendono a sviluppare osteosarcomi. Il fenotipo prometastatico tende ad essere associato a determinati snoRNA.

piRNA: Un altro sistema di interferenza si basa sui piRNA (piwi interacting RNA), RNA che interagiscono con piwi (Hiwi nell'uomo), una classe di proteine correlate ad Argonauta. Le proteine Piwi hanno un ruolo stabilizzante con il dominio TUDOR (dominio con struttura SH3-like con 5 beta barrel antiparallele). I piRNA sono prodotti specifici della linea germinale, dove bloccano lo spostamento degli elementi trasponibili. Questi gruppi di frammenti vengono trascritti e altri hanno funzione oncogenica e sono poi tagliati in brevi piRNA a singolo oncosoppressoria e sono.

implicati nella filamento. Il processamento differisce da quellometastasi e nella regolazione dell'angiogenesi. dei miRNA o snoRNA (DICER non è coinvolto) eC'è una stretta correlazione tra una categoria di i piRNA risultano poco più lunghi degli altri (4-snoRNA e la stabilizzazione di p53. 32 nucleotidi). Spesso si associano in cluster.Sappiamo che normalmente p53 viene Ci sono due vie di generazione: i precursori sisintetizzato come mRNA, poi tradotto in possono originare da cluster e poi passano nelproteina che si associa a MDM2, ubiquitina citoplasma dove vengono processati e attivati:ligasi che lo lega e lo indirizza alla Processamento primario, fase-degradazione. intermedia e collocamento sullaLa regolazione di MDM2 è anche modulata da Piwi.p53 stessa, c'è un feedback positivo. Ping-pong cycle.-Inoltre, essi formano complessi con le proteine Formano complessi con delle polimerasi RNAPiwi invece che con l'Argonauta. Una

attaccare i normali istoni circostanti e alla fine dirige la formazionemRNA prodotti dall’organismo, ma in realtà di eterocromatina per impedire l’ulteriorenon lo fanno. È stato proposto che possano inizio della trascrizione.

costituire un sistema per distinguere gli RNA In alcuni casi, viene reclutata anche una RNAself da quelli non self e attaccare quest’ultimi. polimerasi dipendente da RNA e DICER inmodo da generare in situ in modo continuodegli ulteriori ra-siRNA, assicurando unarepressione continua.

Circular RNAHanno una struttura ad anello chiuso e sonogenerati da un singolo locus genomico coneventi di splicing alternativo e giunzione,durante la maturazione del pre-mRNA.Contengono uno o più esoni ma anche regioniintroniche.Durante lo studio di vari prodotti di geni, ancheumani, è stato scoperto un circular RNA,necrin1 receptor, una proteinatransmembrana con strutturaimmunoglobulina like. Durante il suo studio èemersa la

presenza di questi RNA circolari di 3 categorie:

1. EcircRNA: esonici, nel citosol e si formano per errori di splicing.
2. EIciRNA: forma mista introni-esoni ma non escono dal nucleo.
3. ciRNA: si accumulano nel nucleo, di solito intronici, regolano la trascrizione genica.

In alcune circostanze tendono ad accumularsi nel nucleo di cellule di tessuti specifici e possono quindi essere utilizzati come interfering RNA (ra-siRNA) biomarcatori. I livelli di questi RNA circolari sono RNA regolatori della cromatina la cui sequenza corrisponde ad elementi ripetuti nel genoma, in particolare in centromeri e telomeri. Mediano la compattazione della cromatina, per cui si ha un silenziamento. Sono lunghi in generale 24-30 nucleotidi e si circolari che,

in base all'aumento, determinanoassociano alle zone ripetute. il grado di compromissione del muscolo.Un altro esempio è Circ-ZNF609 che è un In alcuni casi agiscono solo in cis (sullo stessoregolatore della miogenesi e lo possiamo cromosoma) grazie alla RNApol che li mantieneritrovare regolato nella SLA. nello stesso sito. Altre volte diffondono dal loroSi sono quindi ipotizzate diverse funzioni: sito di sintesi e agiscono in trans (su altriregolare la trascrizione e lo splicing cromosomi) agendo sulla trascrizione di geni.- regolare le funzioni proteiche I meccanismi in cui sono coinvolti sono:- Morte cellulareattraverso l'interazione diretta con -esse Risposta allo stress-Tradotti in proteine Differenziamento- -Influenzare lo splicing dei trascritti Spegnimento del cromosoma X:- -dei geni da cui derivano per errore, l'inattivazione dell'X inizia e si diffonde da unalterando l'espressione genica.

X.All'interno del centro si trova un lncRNA diModulare l'espressione genica sia a- livello di trascrizione che di splicing. 20.000 nucleotidi detto Xist, espressoesclusivamente dal cromosoma X inattivo.

Capitolo 19 L'RNA di Xist si diffonde sull'intero cromosomae dirige il silenziamento. Non si conosce beneLONG NON CODING RNAs lncRNA ancora il meccanismo che rende possibile tuttoquesto, ma probabilmente si ha reclutamentoSono RNA più lunghi di 200 nucleotidi che non di enzimi che modificano gli istoni e altrecodificano proteine e possono trovarsi sia nel proteine che rendono la cromatina repressa.

Si hanno 5 categorie in base alla posizione:

• Senso
• Antisenso
• Intergenici
• Intragenici
• Trascritti di RNA ribosomiale

Il lncRNA H19 è implicato nell'imprintinggenomico, ovvero nella modulazione dell'espressione di una parte del materiale- determinato locus costituisce un'impronta cheimpone l'espressione di

Che ci sia un reclutamento inenzimatica di proteine, nell'inattivare queste zone anche di PCR2 polycomb cheregolatori trascrizionali, nell'influenzare gli schemi di splicing e nel bloccare la traduzione danno il via all'eterocromatizzazione nella regione dell'istone H3 e una trimetilazione che di alcuni mRNA. Porta ad inattivare il locus per sempre. Non è possibile funzionare come impalcature (scaffold) di RNA che tengono insieme gruppi ancora del tutto chiaro. La biogenesi di questi RNA può avvenire in vari modi: dalla rottura di un gene codificante per proteina, riorganizzazione cromosomica - unione di due regioni di DNA che grado di legarsi a specifiche molecole bersaglio mediante l'appaiamento fra basi: in