Appunti schematici Biologia molecolare

Acidi Nucleici

• Griffith: Camp R e S - principio trasformante
• Avery: Camp R - componenti S - DNA principio trasformante
• Chargaff: Purine = pirimidine: G-C > A-T, G-C < A-T
• Hershey/Chase: Prove fagica con ³² e ³⁵ S - batteri, centrifuga ? DNA informazione
• Denaturazione: acquosa (PH basso, temp C), PH basso, sali, ure - shift ipercromico (A aumenta) + calore - T in melting

Motivi:

• Combinazioni di struttura secondaria che svolgono attività specifica: helix-turn-helix, zinc finger, leucine zipper (ricca magn x att bilion e lai con H)

Domini:

• Porzioni di proteina con struttura terziaria indipendente - mutazioni dominanti negative, natura modulare, modifica allosterica

TBP:

• 2 subunità, solco minore, foglietti β

Geni

• Funzione molecolare: informazione per fenotipo - ORF + regioni regolatorie
• Strutturale: DNA or RNA con 2 frame alleliche
• Procarioti: Operoni (policistronico no modifiche 5'-3', traduzione), TSS, promotore, terminatore, operatore, enhancer
• Eucarioti: Unici (introni, splicing e alternalutivo) modifiche 5'-3', UTR, promotore, core, promotore (fattore generale), enhancer - promotore distale (fattore specifico)
• Strutturali: proteina non coinvolta in meccanismi per altri geni, regolatori

Mutazioni

• Evoluzione (mutazione o nuova) rispetto a WT, su hotspot (5' metilcitotina)
• Locus monomorfico, polimorfico, mutazione, locus biallelico (2 seq con freq apprezzabile), multi allelico, ipervariabile
• SNP (frames, parteua, farmacogenomica [coppia app ribosome])
• Genomiche (poliploidia), cromosomiche (numero [trisomia]), struttura (inversioni, trisolo, elisioni, duplicati)
• Puntiformi (inversioni okke, partito 2 non senso, missenso, silenti)
• Pattern di ereditarietà, effetto (biall, molgifco, condizionada, bialiome), antagonismo
• Dominio (cassomia), leaky (ridotta), aploinsufficienza (cassia sufficienza, dominante) (og giovane loco)
• Gop: dominanti: iperforisso, neofiorismo

TRASCRIZIONE PROCARIOTI

• RNA COSTITUITUI, REGOLATORI
• RNA POL PROCARIOTICA (no innesco, multivalle (no fax), evoluzione) → GENERALE

CORE ENZYME ααββ'ω OLOENZYMA

γβ (rpoB) + β' (rpoC) → cerniera ω (riproduce lo w) TRIGGER LOOP (ridondante, aiuto), BUNGE HELIX (aiuto, molto +)

• Promotore ad alta specificità: Luerockeye
• α (rpoA) → dimero, CTD coodina legame DNA
• w (rpoZ) → costruzione, divisione

alcuni dimero sono nucleato da fattori linirali

• σ (−10 e +1), σ (−10 e +24 TATA BOX), σ (10 evolca), σ (−35), σ Lentiviral helix
• σ .1 e 3.2 (N-term) derodinate e cuicisa

PROMOTORE

• DNA SEQUENCING (SANGER con 4NTP per uncentes 0HM eC3), DNA FOOTPRINTING (1DNA Moe con POL)
• FORZA del PROMOTORE

LEGAME al DNA

1. 1.1 unisce 2 e 4
2. 1 contatta core enzyme → 1 1 si sponta e e lega prominore → BINARIO CHIUSO

• _{(14 copie innescano DNE e 3.2 uscite RNA)} - DNA CRUNCH
• 1.1 si piega → 2.3 e 2.4 in A_∞ (−1) e Tao (−7) flop MELTING RNA → BINARIO APPIA

DENATURAZIONE PRINBOV BOX e CURVATURA 90° → pegenix pa disinturaince

TRASCRITTI ABORTIVI

3.2 ei scacca → TRASCRIZIONE (Energia da nucluine → melting)

RIFAMICINE

RIFAXONINE (Ligo pol che non trascunive) → FIDAXICINE (Clostridioio difftile con una ligo in β₂) → PSEUDOMINICA na (cantagio VTE)

CORREZIONE RNA pol (σ−4)

EDITING PITEROSOFOLITICO e IDROLITICO (lovra incintive mva non cx³ OH³ → Gue A e Gue B)

TRASCRIZIONE EUCARIOTI

• PROMOTORE: TSS, CORE PROMOTER (TATA), ENHANCER, SILENCER (avvicinati)
• ASSEMBLAGGIO PIC: ubichi cromatina, eucromatina e core promoter, TF combinati, complesso basale
• POLIMERASI: I: lane fine minuti, non unita nucle, rRNA 45S (28S, 18S, 5.8S)
• II: alto forze, unisce a lane [], nucleoplasma, precursore mRNA, miRNA, lncRNA, siRNA (no tRNA)
• III: diverso [], ad alto C, nucleoplasma, tRNA, 5S, precursore tRNA, siRNA VG
• POL + FATTORI BASALI (TBP) ➔ PROMOTORE ➔ PIC

RNA POL I

• ripetizioni in tandem ➔ NUCLEASI (18S, 28S, 5.8S)
• ➔ PROMOTORE: CORE PROMOTER (-45, -20, TSS) + UPE, UBF (diminu, curva) ➔ fattori ➔ TBP ➔ promotore

RNA POL III

• ➔ PROMOTORE INTERNO, tRNA, rRNA 5S ➔ No TATA BOX ➔ TF III ➔ U6 DNA (porta TBP)
• ➔ PROMOTORI UPSTREAM: siRNA U6 ➔ TATA ➔ TBP (ipo dinucleotide) ➔ DNA

RNA POL II

• ➔ PROMOTORI TATA PLUS: TFIID (TAF, TBP (N-term densodudo, trans attuazione e C-term), ordinato fl po pietet, endo monro) e torsione BO: TFIIA (riproton) ➔ TFIIB (orienta), TFIIF (ad non forplate), TFIIS (incolto), TFIIF (tenzione, conisione, cinnacolo), dya cap. ny interio num.
• ➔ PROMOTORI TATA LESS: bioenergety omtici e CpG island ➔ fattori TBP
• SCA17: TBP, pli gen, promoni di pol-gli (dominoti) e poli dopmino (atrofia cemetito)
• COCKEYNE SYNDROME, XERODERMA PIGMENTOSUM, carina (forf) TFIIH (no riparoso)

2) ALLUNGAMENTO e ATP (muc mo), no elecii (TFIIH) ➔ avinsi, torinomiani

TERMINAZIONE EUCARIOTI

RNA POL I:

• PROTEINA TRANS ATTIVA (itt) ➔ BLOCCA POL ➔ ENDONUC ➔ ESO NUC (5'-3') ➔ blocco
• (proxoidti: sito, trasmettere doneca pol. mo RNA)

RNA POL II:

• TRATTO POL-U ➔ pol ➔ agoti in trans (c-tini) ➔ detabilirious

RNA POL III:

• ➔ PROMOTER CLEARANCE: TFIIH (Cdk7 con ciclina H) popolara C-term (Ser, 5 aa pro)
• ➔ PAUSING: NELF DSIF

MR, CAP ➔ + anti-stredinious

Elettroforesi su gel

• Carica - DNA su polo (-) (campo elettrico) → dimensioni diverse = velocità diversa
• Gel di poliacrilamide (maglie strette) e agarosio (larghe)
• Colorante → Luci UV + Seq. Ladder

Libraries

(cloni materiale genomico o inizialmente sconosciuto)

• Genomic Library (tutto DNA o x enhanc., promotor) → tutte identiche da stesso organismo
• Isola DNA, enzimi di restrizione (lunghezze diverse e lunghezza media seq di interesse), elettroforesi e isola lunghezza, inserisco su vettore per clonaggio, mantengo su batteri per trasformazione
• Rappresentatività (quanto libreria copre genoma partito): Bassa per prodita insette (quantità DNA) o uso enzimi solo enzime lavorano molti pe compuete qui seq.)

• cDNA Library (da mRNA → tutte a tempo, stadio specifico)
• RNA, mRNA con filbo pol t (pouto poli A), trascrizionali inversa = ibrido mRNA-cDNA, elimino mRNA, DNA pol 3 doppio filamento + ADATTATORI con siti di restrizione, sticky ends, clonaggio, trasformazione

• Library Screening: cerco seq. di interesse tra cloni library, in base a seq. nucleotidica (conosco la seq.) Aminoacidi (peptidi), funzionale (mono su map.)
• Ibridazione: compl. o paree su seq. cercata
• Denaturo DNA, appunto sonda, rinaturo con si annichia a complementare per grande question quindi quanto
• Maggiore e T, più compatibilità specifica e rilevata

• Probes: Marcati radioattivamente (32P) o non radioattivamente (molecx di modifcate, riconosciute da enzr.)
• Sintesi da frammento quo di interesse (gene di altra specie, plasmide con DNA, allspectodido da acy, conmm quindi anche entoro
• RNA: tutte su_placesio, Plasmidi con DNA su nondo, polimerasi trop (no mpimer), origine replis, resistomce, promotox, NTS moncotal > circoloo > tripli > lineare
• DNA: random priming + pol rmason. Poji absto oui naai lunghe
• framento di inteno. strriscato e euiristato dopo aura viiovo primsn random