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Le informazioni ottenuto sul genoma eucariotico sono state dedotte grazie allo studio di determinati organismi modello; tra di essi vi sono: il lievito di birra (Saccharomyces Cervisiae), il nematode Caenorhabditis Elegans, il moscerino della frutta (Drosophila Melanogaster) e la pianta Arabidopsis Thaliana.
Il lievito di birra è un organismo eucariotico unicellulare che, rispetto ai procarioti, ha un genoma più esteso e complesso, composto da circa 5800 geni, alcuni omologhi a geni presenti anche nei procarioti (come per esempio quelli che servono per la costruzione degli organuli o per la codificazione degli istoni).
Il nematode Caenorhabditis Elegans è un verme cilindrico che vive nel terreno. Il corpo di questo nematode è trasparente e, nonostante sia composto da circa 1000 cellule, esso ha un’organizzazione interna in tessuti e apparati, digerisce il cibo, si riproduce sessualmente e invecchia.
Questo tipo di nematode possiede un genoma più grande e un numero di geni codificanti superiore rispetto al lievito di birra.

Il genoma del moscerino della frutta, invece, possiede meno geni di quelli del nematode e codifica un numero superiore di proteine rispetto a quello dei geni. Alcuni geni codificano RNA che non vengono tradotti in proteine e altri codificano piccoli RNA destinati a rimanere nel nucleo.
La Arabidopsis Thaliana appartiene al vasto, ma poco differenziato dal punto di vista genico, gruppo delle piante con fiore (angiosperme). Essa è una semplice pianta erbacea che richiede poche cure e possiede un genoma piuttosto ridotto.

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