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Grazie allo studio e al sequenziamento dell’espressione dei genomi eucariotici e procariotici, gli studiosi hanno scoperto che tra di essi vi sono molte differenze.
- Innanzitutto il genoma degli eucarioti, in termini di contenuto aploide, è più grande di quello dei procarioti: infatti quasi tutti gli organismi eucariotici sono pluricellulari e contengono cellule specializzate che svolgono molteplici attività che richiedono un gran numero di proteine.
Negli organismi eucariotici vi sono quindi molte più coppie di basi piuttosto che in quelli procariotici.
- Il genoma degli eucarioti presenta telomeri alle estremità di ciascun cromosoma lineare, che evitano i danni causati dalla perdita di nucleotidi durante la duplicazione.
- Nel genoma degli eucarioti sono presenti molte sequenze ripetitive, la maggior parte delle quali non viene tradotta in proteine, sia codificanti sia non codificanti (non trascrivibili in mRNA).

- Negli eucarioti molti geni che vengono tradotti in proteine sono interrotti, contengono quindi sequenze codificanti alternate a sequenze non codificanti.
- Mentre negli organismi procariotici la duplicazione del DNA avviene nello stesso luogo (nel citoplasma), negli eucarioti trascrizione e traduzione avvengono in ambienti separati: la sintesi dell’mRNA avviene nel nucleo mentre la sintesi proteica nel citoplasma, dopo che mRNA subisce il processo di maturazione.
- Il genoma eucariotico possiede più sequenze regolatrici, a causa dell’enorme complessità eucariotica.

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