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Egli incrociò tale maschio a occhi bianchi con una femmina a occhi rossi ed ottenne alla prima generazione tutti individui a occhi rossi.
In questo modo capì che l'allele per gli occhi rossi era dominante sull'allele per gli occhi bianchi.
Reincrociò gli individui maschi e femmine della seconda generazione che un individuo su quattro aveva occhi bianchi e tre individui su quattro avevano occhi rossi, ottenne cioè un risultato mendeliano, un rapporto di 3:1 tra gli individui con gli occhi rossi e quelli con gli occhi bianchi.
Quando Morgan osservò il sesso degli individui notò che gli individui con gli occhi bianchi erano maschi.
Alla seconda generazione in pratica tutte le femmine avevano occhi rossi, inoltre il 50% dei maschi aveva occhi rossi e il 50% veva occhi bianchi.
Morgan dedusse quindi che il gene responsabile del colore dell'occhio fosse localizzato sul cromosoma X.
Nella seconda generazione le femmine avendo cromosomi sessuali XX, avevano ereditato sia l'allele occhi rossi, localizzato sul cromosoma X, sia l'allele occhi bianchi, localizzato sul cromosoma X omologo.

I maschi invece se ereditano l'allele occhi bianchi non presentano l'omologo, in quanto al posto del cromosoma X vi è il cromosoma Y.
Era quindi la dimostrazione che i geni sono localizzati sono localizzate sui cromosomi.

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