Elettroforesi su gel – tecniche di separazione

Separazione dei frammenti di DNA

Dopo aver tagliato una molecola di DNA, spesso occorre separare i frammenti di restrizione che si ottengono. Per farlo generalmente si utilizza un sistema chiamato elettroforesi su gel, che permette di separare i frammenti in base alla loro lunghezza. La miscela dei frammenti di restrizione viene caricata in appositi pozzetti a un’estremità di un gel di agarosio o di poliacrilammide, fatto solidificare in apposite vaschette. Il gel forma una sorta di setaccio, dotato di pori microscopici. Viene quindi applicato un campo elettrico attraverso il gel e, poiché i gruppi fosfato conferiscono al DNA una carica negativa, i frammenti migrano nel gel dall’elettrodo negativo verso l’elettrodo positivo.

Processo di elettroforesi su gel

La velocità di migrazione dipende dalla dimensione dei frammenti: quelli più grandi migrano più lentamente rispetto a quelli più piccoli, perché ostacolati nel procedere dalla matrice del gel. Nel giro di poche ore i frammenti si distribuiscono nel gel in base alla dimensione, formando una serie di bande incolonnate, dove ogni banda è costituita da DNA della stessa lunghezza (e quindi dello stesso peso molecolare).

Visualizzazione e isolamento dei frammenti

Poiché le bande sul gel risultano invisibili, esistono metodi diversi per poterle visualizzare. Uno di questi consiste nell’esporre la miscela di DNA a un colorante che diventa fluorescente alla luce ultravioletta e, una volta terminata la corsa, porre il gel su un apparecchio che emette raggi UV. L’elettroforesi consente anche di isolare uno specifico frammento che si vuole studiare: è sufficiente tagliare con un bisturi il pezzettino di gel che contiene la banda d’interesse.