Schemi di Biologia molecolare

La sonda è un frammento di DNA

sintetico, artificiale, creato in

laboratorio, di lunghezza variabile, che

viene usato per rilevare in un DNA la

presenza di determinate sequenze

nucleotidiche del DNA, che sono

complementari alla sequenza della

sonda. La sonda quindi è un

frammento di DNA sintetico che va a

rilevare nel vero DNA delle specifiche

sequenze, che ovviamente sono

complementari a quelle della sonda.

Quindi per sonde intendiamo brevi

sequenze di DNA o RNA sintetiche

progettate per essere complementari a

specifiche sequenze target, che

vengono spesso marcate con

fluorofori, enzimi o molecole come la

biotina.

Il Sothern blot è una tecnica di

biologia molecolare, usata per rilevare

specifiche sequenze di DNA all’interno

di un genoma, quindi usato per

rilevare specifiche sequenze di DNA

all’interno di un DNA più grande. Esso

è simile anche ad altri metodi di

rilevamento come il Western Blot e il

Nothern blot, che però utilizzano

piuttosto che il DNA, RNA o proteine,

in particolare anticorpi.

La Polymerase Chain Reaction (PCR)

è una tecnica di biologia molecolare

che permette di amplificare una

specifica regione del DNA, ovvero di

copiarne una sequenza nucleotidica o

un gene infinite volte. Tuttavia, ciò è

possibile solo se sono note le

estremità della sequenza da

amplificare. Infatti, la PCR consente

l’amplificazione di qualsiasi frammento

di DNA di cui si conoscano le

estremità.

La PCR si basa su componenti

essenziali, che sono di origine

naturale. Tuttavia, la reazione in sé

non avviene spontaneamente in

natura:

Template DNA: è la porzione di DNA

da copiare, chiamata anche DNA

stampo. Si tratta di DNA a doppio

filamento contenente il frammento di

interesse.

Primer: sono brevi sequenze di

oligonucleotidi a singolo filamento,

generalmente due, e rappresentano

un requisito fondamentale per la PCR.

I primer devono essere progettati in

modo da riconoscere le estremità del

frammento da amplificare. Questo

perché la DNA polimerasi, l’enzima

responsabile della replicazione del

DNA, non può iniziare

autonomamente la sintesi di un nuovo

filamento, ma necessita di un primer

per legarsi e avviare la reazione.

Nucleotidi trifosfati (dNTPs): sono i

“mattoni” che verranno incorporati

nella nuova catena di DNA durante la

reazione di polimerizzazione. La

sintesi avviene in direzione 5’ → 3’ e i

nucleotidi saranno complementari al

filamento stampo.

Magnesio (Mg²⁺