Domande Biologia molecolare

Domande a risposta chiusa

 Cos’è un CISTRONE? Una porzione codificante per un solo gene.

 Cos’è un RNA antisenso? È una sequenza complementare ad un dato RNA.

 Cos’è un mRNA ANTISENSO? È il filamento di RNA complementare a quello che viene codificato e viene trascritto a

partire dal filamento di DNA senso, ovvero quello con la sequenza corrispondente alla sequenza della proteina che

rappresenta.

 Cosa sono e a cosa servono i microRNA? Sono RNA molto brevi che possono regolare l’espressione genica

appaiandosi a sequenze complementari presenti negli mRNA bersaglio. Funzione: regolazione espressione genica.

 Quante amminoacil-tRNA sintetasi ci sono (anche dette solo sintetasi)? Vi sono 20 amminoacil-tRNA sintetasi in ogni

cellula, ognuna delle quali carica tutti i tRNA che rappresentano un particolare amminoacido.

 Quanti tRNA esistono? Meno di 61 a causa del fenomeno del tentennamento.

 Con che sequenza termina il braccio accettore del tRNA? Con la sequenza CCA, sulla quale lega un amminoacido.

 Da cosa è stabilizzato il legame anticodone del tRNA-codone? Il legame tra codone e anticodone è stabilizzato dal

ribosoma stesso.

 A cosa serve il ribosoma? Per la sintesi proteica e la traduzione.

 Quali sono le subunità del ribosoma? 30S e 50S nei procarioti, 40S e 60S negli eucarioti.

 Come avviene la traslocazione del ribosoma? Con i fattori di allungamento EF-G ed EF-Tu, competono per lo stesso

sito sul ribosoma, si legano al tRNA alternativamente formando un complesso ibrido. Il peptidi tRNA si sposta dal sito

A al sito P liberando il tRNA vuoto.

 Quali sono le subunità delle RNA polimerasi oloenzima (enzima completo)? Cinque subunità di cui le prime quattro

formano il nucleo dell’enzima: 2(strutturale), e’ (catalitico) ; poi il fattore che è competente a iniziare la trascrizione

tot: (α2ββ') +

 Quante sono le subunità delle RNA polimerasi II? Due copie di subunità alpha, beta e beta’ (catalitico), sigma (facilita

assemblaggio RNAP)

 Cos’è il bromodominio? dominio di 110 aa che riconosce lisine monoacetilate, come quelle sulla coda N- terminale

degli istoni, formato da 4 alfa eliche separate da loops che formano una tasca idrofobica che riconosce la lisina.

 In cosa consiste un INIZIO ABORTIVO? Indica un processo in cui l’RNApolimerasi dà inizio alla trascrizione ma la

termina prima di avere lasciato il promotore; dopo di che ricomincia il processo. Vari cicli possono verificarsi prima che

cominci la fase di allungamento.

 Quali sono le uniche triplette del codice genetico che specificano un solo amminoacido? Metionina e triptofano,

ovvero AUG e UGG.

 Cos’è il CAPPUCCIO, dove si localizza e da chi viene riconosciuto? Il cappuccio è una modificazione post

trascrizionale all’estremità 5’ dell’mRNA eucariotico. Consiste in una guanina legata all’RNA tramite legame 5’, che

può essere metilata in diverse posizioni (cap 0, cap 1, cap2). E’ riconosciuto nei procarioti da elf A/B/F/G. CDT

coinvolto nella formazione del cappuccio.

 A cosa si lega il cappuccio? Ai fattori di inizio IF4A-B-F-G.

 Quali sono i fattori coinvolti nell’inizio della sintesi proteica eucariotica? eIF1, eIF2, eIF3, eIF4A, eIF4B, eIF4E, eIF4F e

eIF4G

 Quanto sono lunghi i frammenti di Okazaki? 1000-2000 basi nei procarioti.

 Quanto sono lunghi i primer? I primer di RNA sono lunghi 11-12 basi.

 Cosa si lega sul Poly(A) lungo circa 200 nucleotidi? Una proteina specifica detta PABP.

 A cosa si legano le Poly(A) Binding Proteins? Le PABP si legano al fattore d’inizio eucariotico per la sintesi proteica

eIF4G.

 In cosa viene trasformata la CITOSINA con la deamminazione ossidativa (causata spesso dall’acido nitroso)? In

uracile e ione ammonio.

 Qual è la modificazione di una mutazione FRAMESHIFT? Esse modificano lo schema di lettura delle triplette e la loro

traduzione in proteina con una modifica della lettura a valle.

 Cos’è un sito RUT e che base prevale in esso? Un sito RUT (che sta per rho utilization) Ricca di C, povera di G. E’ un

sito all’estremità 5’ dell’RNA a cui si lega il fattore di terminazione della trascrizione procariotica: RHO, che risale l’RNA

fino a trovare la polimerasi e svolge l’ibrido DNA-RNA con attività elicasica. Base che prevale: Citosina.

 Ci sono più C o più G in RUT? Ci sono più C (41%).

 Cosa riconosce RHO? Un sito RUT ricco di C e povero di G nell’RNA nascenteprodotto dalla RNA polimerasi.

 Quali sono i fattori di terminazione RHO? Riconoscono la sequenza ricca di C e povera di G RHO= attività elicasica,

svolge il dublex e rilascia l’RNA. Si lega a rut.

 Com’ è composto il tetramero/dimero del repressore LAC? Il repressore LAC è un omotetramero formato da due

dimeri. In ogni dimero le parti C-terminali delmonomero formano il tetramero (oligomerizzazione).

 Del repressore LAC una subunità è per il legame col DNA, l’altra che funzione ha? Ha la funzione di induttore del

repressore.

 A quanti operatori si lega il repressore LAC? A due operatori contemporaneamente. In lambda il repressore forma un

ottamero in cui vengono legati più operatori (fino a 2 per lato); se si lega al terzo operatore, ilgene cI è spento.

 A cosa si lega l’altra subunità di LAC? All’operatore.

 L’operatore del repressore lac è una? sequenza ripetuta e invertita (palindroma) nei pressi dell’inizio della

trascrizione. Si trova a valle del sito del promotore.

 Del repressore lac una subunità è per il legame con il DNA, l’altra? Presenta un sito in cui si lega l’induttore del

repressore.

 Cos’è l’OPERATORE? È un sito codificante di legame dei repressori o di attivatori della trascrizione. L’operatore LAC è

una sequenza palindroma di 26 basi di solito posta nei pressi o subito a monte del punto d’inizio della trascrizione (e a

monte del promotore).

 L’operatore del repressore è a monte o a valle del promotore? È a valle.

 Gli attivatori trascrizionali eucariotici che domini hanno? Proteici e interdipendenti.

 Quali sono le funzioni della proteina SSB? Impedire al DNA di formare un duplex. Proteina in grado di legare le regioni

di DNA a singolo filamento, al fine di prevenirne il riappaiamento con un altro singolo filamente. Poichè i singoli

filamenti di DNA tendono spontaneamente ad appaiarsi in una doppia elica, il legame delle SSB aiuta enzimi come

elicasi a stabilizzare l’elica denaturata, condizione necessaria per procedere alla replicazione del DNA.

 A cosa servono le sequenze di DNA palindromiche? Le sequenze palindromiche (4-8 basi) servono da segnale agli

enzimi di restrizione. Indicano il punto in cui deve avvenire il taglio.

 Quali sono le funzioni della DNA polimerasi I? È coinvolta nella riparazione del DNA (ha un’attività esonucleasica 5’-3’

[e anche 3’-5’]) e rimuove i primer di RNA nel lagging strand (filamento ritardato).

 Quali sono i domini della POLIMERASI III? Nel nucleo catalitico: (α) alfa-polimerasi; (ε) epsilon-proofreading 3’-5’,

(θ)theta-stimola epsilon; Subunità di dimerizzazione: (τ) tau (2 che collegano idue nuclei catalitici) Pinza: (β) beta 2

copie della pinza: omodimeri di beta che si legano al DNA;(γ) gamma-caricatore della pinza gamma.

 Cos’è la ORF (o schema di lettura aperto = open reading frame)? È la sequenza di DNA composta da una serie di

triplette che possono essere tradotte in amminoacidi; un’ORF inizia con un codone d’inizio e finisce con un codone di

termine.

 Com’è la struttura di HOLLIDAY? È un intermedio della ricombinazione omologa, in cui due duplex di DNA sono

connessi tramite il materiale genetico scambiato fra due dei quattro frammenti, uno per ciascun duplex; si

possonoformare ricombinanti giuntati o ricombinanti a toppa in seguito allarisoluzione della struttura di Hollyday

mediante taglio dei filamenti nonscambiati o taglio dei filamenti scambiati.

 Quale proteina taglia le giunzioni di Holliday? L’endonucleasi RuvC.

 Quali sono le proteine che risolvono le giunzioni di HOLLIDAY? RuvA riconosce la struttura della giunzione; RuvB si

lega ad anello intorno al DNA ecatalizza la migrazione della ramificazione; RuvC taglia le giunzioni generandointermedi

di ricombinazione.

 A cosa servono le ripetizione di 9 e di 13bp? A richiamare la DNA A.

 A cosa serve l’attivatore CRP (anche detto attivatore CAP)? È necessaria perché la RNA polimerasi inizi la trascrizione

di molti operoni di E.Coli. È una proteina che funziona da regolatore positivo, attivata dall’AMP ciclico.

 Cos’è CRP? Proteina che funziona da regolatore, attivata da cAMP. Serve per la trascrizione di operoni in E. coli a

livello di alcuni promotori. E’ il secondo controllo dell’operone lac (attivatore = regolatore positivo lac).

 Cosa si intende per PROCESSIVITÀ? È la capacità di un enzima di restare legato al DNA per effettuare più catalisi senza

dissociarsi ad ogni ciclo.

 Quanti tipi di TOPOISOMERASI ci sono? In E.Coli ci sono 2 tipi di topoisomerasi: del tipo I ci sono sono la

topoisomerasi I e la topoisomerasi II, di tipo II ci sono la topoisomerasi IV e la DNA girasi.

 Che cosa differenzia un filamento parentale da uno neosintetizzato? La differenza sta nella metilazione: un filamento

parentale è metilato sull’adenina di ciascun filamento del sito bersaglio palindromo e presenta il primer.

 Qual è la sequenza che viene metilata? La sequenza GATC.

 Cos’è un RIBOSWITCH? È un RNA catalitico, la cui attività risponde a unapiccola molecola di ligando.

 Cos’è un INTASOMA? Un complesso DNA-proteine formato da Int (integrasi),IHF (fattore di integrazione dell’ospite),

xis solo nel caso del’escissione,attP e attB (per l’integrazione), attL e attR (per l’escissione).

 Nell’intasoma c’è SSB? No, c’è Int e IHF

 Cos’è un DEGRADOSOMA? Un complesso di enzimi batterici che comprende la ribonucleasi E, la PNPasi e un’elicasi,

probabilmente coinvolto nella degradazione dell’mRNA.

 Cos’è un ALLARMONE? È una piccola molecola prodotta dai batteri in condizioni di stress. Rientrano in questa classe i

nucleotidi insoliti “ppGpp”e “pppGpp”.

 Cosa riconosce RecA? Un DNA a singolo filamento. Esso catalizza la reazione con cui un DNA a filamento singolo con

un’estremità 3’ libera sposta il filamento corrispondente di un DNA duplex.

 Il ruolo di recA nella ricombinazione è qu