Riassunto esame di Biotecnologie

SEQUENZIAMENTO SANGER: con ddNTP -> elettroforesi ANALISI DI SEQUENZA

Permette di stabilire la sequenza di nucleotidi di un frammento di DNA.

CO-INFEZIONI: infezioni multiple

Paraloghe: sequenze che derivano da un comune gene ancestrale.

Si basa sui Didessosiribonucleotidi (ddNTP) marcati radioattivi o con 4 fluorocromi differenti e tutte le reazioni avvengono contemporaneamente.

OMOLOGHI: caratteri simili e stessa storia evolutiva

EPIDEMIOLOGIA FILOGENESI: storia evolutiva e relazione fra individui diversi (taxa).

MIXED TEMPLATE (mix evolutiva e relazione fra individui diversi (taxa)

Multiple binding: le sequenze target per la parte conservata del gene sono sconosciute e un posizione di A è omologa a posizione di B = posizione nella sequenza ancestrale di A e B.

OMOLOGIA DI POSIZIONE (Allineamenti Multipli): posizione di A è omologa a posizione di B = posizione nella sequenza ancestrale di A e B.

--> MUTAZIONI

Slippage: slittamento del gene durante l'amplificazione, prima singoli picchi.

e DATABASE DI SEQUENZE - BAST:tutti gli alleli del P-DISTANCE: proporzione di siti in cui 2 seqPer distinguere ledopo doppi capire le specie e/o confrontarecampione misto sono differenti = mis-matches/lunghezzaspecie, trovo le con diversi geni. Comparo no correzione x sost. multiple, bias e variaz.posizioni marker --> pos proteine o nucleotidi tasso evolutivospecifiche che dannoMIXED BASES (basi miste): miscele caratteristichedi basi in una data posizione, biologiche differentiincorporate con sonde per DISTANCE BASED: distanza(3)ibridarsi ad un gene sconosciuto basi; veloce e facileche codifica per seq nota PARSIMONY (parsimonia):MODELLO EVOLUTIVO: veloce e facilesemplice= non reale;SCENARIO EPIDEMIOLOGICO: complesso= overfitting➢Valutare la diffusione dei patogeni = Antibiotico resistenza MAXIMUM LIKELIHOOD*rooted: radicato➢ Valutare l’efficacia delle nostre misure di biosicurezza =scala mondiale e locale (probabilità): intermedio*unrooted: sdradicato