Riassunto esame di Biotecnologie

Viremia/Setticemia:

sangue o siero Singolo animale

Patogeni Enterici/ Animale da reddito

Respiratori: tamponi Pool di campioni: sia

malati che non

PATOGENESI Da dove? Da chi?

Escreti/Secreti:

endoscopia; esame Animale domestico

urine; prelievo del seme (2) (1) Animali malati Segni clinici evidenti:

Organi: necroscopia,

biopsia Dipende dallo scopo Possibilità di Metapneumovirus

Asintomatici aviario

Presenza del patogeno: Monitoraggio

se ho 95% di probabilità

malattia virale acuta = di trovarlo, può bastare

alta influenza Segni clinici a Retrovirus e Provirus

un pool di 10 tamponi (4) intermittenza

Quanti? (3)

CAMPIONAMENTO Quando?

frequenza dei malati Identificare presenza

nella pop. in un arco di Stima della prevalenza patogeno: Svezzamento

tempo Timing Dinamiche/

Liquido Distribuzione Incroci/ Trasporti da

(6) (5) dell'animale durante la diversi Paesi

Meccanico/Digestione sua vita

enzimatica Disgregazione dei Solido

componenti

Centrifugazione Stoccaggio a -20°C per

Temperatura

ESTRAZIONE Conservazione DNA e -80°C per RNA

più fasi con alcool Fenol-cloroformio RNA Later solution:

Alternative tengono stabili di NA

si legano al NA e con

lavaggio rimuovo gli Biglie magnetiche Tipi

altri componenti FTA Cards: cartoline che

inattivando i

microrganismi +

NA si attaccano alla leggere rotture di NA

membrana e poi Membrane in silice

vengono estratti Patogenesi

DNA/RNA Pianificazione

Obiettivo test

Risorse/attrezzature/

personale disponibili VALUTAZIONE DEI TEST DIAGNOSTICI

Vanno considerati:

Primers: PRIMERS DEGENERATI:

Software per disegno + ▪ Validità

*Pubblicati primer a basi diverse, si

Meglio ampliconi corti; Sequenze + Primers ▪ Riproducibilità

*Kit commerciali lega nella maggior

Ta= Tm - 5°C ▪ Standardizzazione

*Disegno primers parte dei siti ▪ Costi

▪ Esecuzione ed interpretazione

Si legano in maniera A-specifica a tutto il ▪ Prelievo del materiale organico occorrente

Si lega random a tutte DNA nel solco minore. Se sono presenti ▪ Accettazione (utenti ed esecutori)

le doppie eliche, impurità, daranno un segnale addizionale ▪ Legislazione

includendo i dimeri di Agenti intercalanti

nella curva di melting e non si riuscirà a ▪ Prevalenza infezione da diagnosticare

Primers = formazione di distinguere campione da impurità. ▪ Natura dell’infezione

prodotti a-specifici es.: SYBR GREEN ▪ Provvedimenti conseguenti al risultato del test

Molecolar Beacon: si

srotola + resistente a Fluorofori

mis-match RIPETIBILITA' : il test

FRET PROBES: due Probes (sonde): Bisogna dimostrare che tutte

deve poter essere 3 diluizioni e si testa in tanti

fluorofori + resistenti a specifiche per

Svantaggi: classificazione le variabili non influenzano

ripetuto tante volte e replicati e due operatori in

mis-match frammento di interesse,

errata data da l'amplificato. Coefficiente di

dare sempre lo stesso giorni diversi.

marcate con molecole

*pochi mis-match variazione < 4%

risultato

fluorescenti

*virus evolvono Hydrolisis probes: 5'

*più facile per alti titoli virali reporter che emette ANALITICA: il test deve

fluorescenza + 3' riuscire a distinguere analiti

Quencher che arresta

Sonde vantaggi: CUT-OFF: punto del

target da quelli non target. *Valido un nuovo metodo;

fluror.

*Genotipizzazione grafico al di sotto del

Evidenzia solo ciò che si vuole *Modifico i cut-off: -CO = +SE; +CO = +SP

Sviluppo e

*cerco vaccini quale il risultato è