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NESTLER: “NON E’ SOLO IL GENOTIPO A DETERMINARE UN FENOTIPO
PIU’ O MENO VULNERABILE VERSO I FATTORI DI RISCHIO AMBIENTALI,
MA ANCHE L’AMBIENTE STESSO”
... L’ambiente stesso in assenza di fattori di rischio genetici modificando la
trascrivibilità genica può creare un fenotipo a rischio che soccomberà ad
una successiva esperienza ambientale avversa (differenza tra l’essere
geneticamente e vulnerabili e l’essere diventati vulnerabili a seguito di
un’esperienza avversa)… Quindi l’ambiente soprattutto precoce può
modificare il fenotipo rendendolo vulnerabile a partire da un genotipo che
non lo è.
I meccanismi epigenetici possono mediare cambiamenti stabili nella
funzione dei circuiti nervosi in risposta all’ambiente e in questo modo
possono modificare in maniera stabile e duratura il funzionamento del
circuito stesso quindi è una forma di plasticità (infatti è un meccanismo di
mantenimento nei meccanismi di plasticità sinaptica).
L’EPIGENETICA nasce 40 anni fa dallo studio dei meccanismi di sviluppo
neurale, per capire come specifiche caratteristiche di popolazioni cellulari
possano essere ereditate anche se non c’è nessun cambiamento nella
sequenza del DNA. Per capire in che modo a parità di genotipo si
producevano tipi cellulari completamente differenti sono stati studiati i
meccanismi di controllo della trascrivibilità genetica e quindi sono venuti
fuori i fattori epigenetici che sono trasmissibili. Questi studi hanno
identificato un insieme relativamente ristretto di modifiche alla cromatina
che possono aumentare o ridurre la probabilità di trascrizione e questi
meccanismi sono trasmissibili da una cellula madre a una figlia; quindi
non ci sono solo metodi di trasmissione legati a mutazioni geniche che poi
eredito, ma ci sono metodi di trasmissione del fenotipo che sono legati a
specifici meccanismi epigenetici.
I meccanismi epigenetici funzionano anche nelle cellule nervose, siccome
queste, a eccezione delle cellule dell’ippocampo, sono tutte post mitotiche
e non si divideranno mai più, questi meccanismi sono molto stabili.
Quali sono i meccanismi epigenetici?
Cosa sono in relazione anche alla modificabilità ovviamente del sistema
nervoso? Metafora di waddington (slide 3): partendo da un punto
comune, lo stesso DNA, ogni cellula può imboccare destini diversi a
seconda dei fattori che incontra e quindi ci devono essere dei meccanismi
che sostengono questi cambiamenti progressivi. I meccanismi epigenetici
sono numerosi ma ci concentreremo soprattutto su due di essi.
Definizione di meccanismo epigenetico qualunque meccanismo che
possa modificare l’espressione genica (probabilità di un gene di essere
trascritto) senza variazioni nella sequenza del DNA. Quindi aggiungo
qualcosa al DNA ma non nella sequenza, che rimane la stessa. Questi
meccanismi sono importanti perché regolano la probabilità che gli enzimi
di trascrizione attracchino e trascrivano un gene, quindi regolano
l’espressione genica (tenendo presente che il gene è all’interno di una
stringa di DNA che si chiama cromatina).
Figura slide 3: vediamo un esempio di stringa di DNA avvolta intorno alle
proteine istoniche (paragonato a un filo con un rocchetto, DNA=filo,
proteine=rocchetto) ogni quadrupletta di proteine istoniche è un
rocchetto, all’interno del cromosoma la lunga molecola del DNA è avvolta
intorno a tanti rocchetti: se questi sono uno appiccicato all’altro, quindi la
cromatina è compatta, è molto difficile per gli enzimi di trascrizione
attraccare al DNA e trascriverlo, se invece i rocchetti sono più distanziati
allora per gli enzimi di trascrizione è più facile. Quando un enzima
attracca lo fa in un sito specifico che riconosce, si lega e inizia a
trascrivere; se a questo sito io appiccico una coda di metile l’enzima di
trascrizione quando arriva non riesce ad attraccare e quindi non trascrive
il gene.
Queste sono le due principali modifiche di cui parleremo: una riguarda la
compattazione della cromatina, quanto i rocchetti istonici sono vicini uno
all’altro, che è regolato principalmente da modifiche a carico delle
proteine istoniche; mentre l’attracco diretto è legato alla presenza o meno
di gruppi metile, se ci sono l’enzima non attracca. Quindi:
1. DNA metilato (non trascrivibile) o non metilato (potenzialmente
trascrivibile).
2. Modifiche delle proteine istoniche.
La metilazione può avvenire solo in punti precisi del DNA che sono ricchi
di citosine e di guanine: se non sono metilate l’enzima attracca e il gene
viene trascritto, se sono metilate l’enzima non attracca e il gene non
viene trascritto. Qui (slide 3/4)si vede l’effetto della modifica che regola
l’impacchettamento dei rocchetti istonici: qui i rocchetti sono ben
distanziati quindi la cromatina è distesa (eucromatina) allora l’enzima di
trascrizione, se il DNA non è metilato, attracca bene e trascrive il DNA;
invece quando i rocchetti sono tutti appiccicati l’uno all’altro gli enzimi di
trascrizione non possono attraccare e il DNA non viene trascritto. Chi è
che regola se i rocchetti istonici sono ben distanziati o impacchettati?
L’aggiunta di gruppi acetile alle proteine istoniche.
Acetilazione/deacetilazione degli istoni: quando le proteine istoniche sono
acetilate->la cromatina è distesa->i rocchetti sono distanti->gli enzimi di
trascrizione possono attraccare->il gene può essere trascritto. Quando le
proteine istoniche sono deacetilate i rocchetti sono impacchettati->la
trascrizione è meno probabile. Metilazione del DNA: se il tratto di DNA
ricco di citosine e guanine è metilato quel gene è poco o per nulla
trascrivibile, se invece non è metilato è potenzialmente trascrivibile.
Una cromatina compatta con DNA altamente metilato corrisponde a un
gene represso, che non verrà trascritto più, quindi è un’azione a lungo
termine che durante il differenziamento cellulare indirizza le cellule verso
il loro diverso destino; se la cromatina è parzialmente distesa e il DNA è
poco metilato allora la probabilità di trascrizione sarà bassa ma non
assente; se la cromatina è distesa e il DNA completamente non metilato
allora quella parte del genoma è altamente trascrivibile. Quindi non è o
trascrivibile o non trascrivibile ma è un continuum che va da per nulla
trascrivibile (gene represso, gene spento) a gene altamente trascrivibile,
dosando la metilazione del DNA e la compattazione della cromatina.
Tabella slide 4 riporta esempi di disturbi legati a difetti genetici di geni
coinvolti in meccanismi epigenetici: chi è che metila il DNA? Gli enzimi
metil-transferasi, se questi non funzionano o funzionano male il DNA non
viene correttamente metilato=>un difetto genico influenza un
meccanismo epigenetico. Chi è che acetila gli istoni? Gli enzimi istoni-
acetilasi. Chi è che deacetila gli istoni? Gli enzimi istoni-deacetilasi; se il
gene di questi enzimi è mutato, questi funzioneranno male e quindi i
meccanismi epigenetici saranno compromessi.
4 sindromi che sono legate a difetti genetici ma l’effetto del difetto
genetico è una compromissione dei meccanismi epigenetici:
1. Sindrome X fragile sindrome dovuta alla mutazione di un gene
che si chiama fmr1, ad un silenziamento di questo gene=
silenziamento epigenetico ovvero viene talmente metilato da non
essere mai più trascrivibile; ma perché viene così metilato? Perché
c’è un difetto che è una ripetizione progressiva, un allungamento
progressivo di una ripetizione di triplette di nucleotidi che quando
superano le 200 ripetizioni portano la metilazione del gene quindi il
gene viene represso e si manifesta la sindrome.
2. Sindrome di Rettc’è la mutazione di un gene (meCP2) che
partecipa alla metilazione del DNA, quindi un gene mutato controlla
meccanismi epigenetici.
In entrambi i casi è una sindrome ben caratterizzata con un
fenotipo molto caratteristico. [le altre sindromi non importano].
Esempio di regolazione epigenetica della trascrizione di un gene, il gene
del BDNF: lo possiamo trascrivere se i fattori di trascrizione attraccano
sul DNA richiamano gli enzimi di trascrizione che copiano il DNA, quindi
se non c’è metilazione del DNA e la cromatina è distesa. L’effetto
dell’esperienza sulla trascrivibilità di questo gene può essere deviato per
es. dall’attività elettrica, quindi dall’esperienza, attraverso meccanismi a
secondo messaggero: per es. un enzima, una protein-chinasi come la
pka, che va a modificare la probabilità dell’enzima di trascrizione di
attraccare, il gene non viene trascritto. Oppure dall’attività patologica
legata per es. anche all’assunzione di sostanze d’abuso come la cocaina
che attraverso una via diversa va a metilare il DNA e quindi rende il gene
non trascrivibile. Sono quindi molti i meccanismi attraverso i quali
l’esperienza in senso lato, attraverso l’attività elettrica, o l’esperienza
anche intesa come assunzione di sostanze può modificare la trascrivibilità
di un gene sia agendo sugli istoni che agendo sulla metilazione del DNA.
L’epigenetica quindi ci da una serie di fattori che possiamo combinare
graduando la trascrivibilità di un gene. E’ la scienza che studia la
presenza di modifiche epigenetiche a carico degli istoni e a carico del
DNA tenendo presente che il risultato finale è un gioco tra quelli che
facilitano la trascrizione, la scrittura (per es. le istoni acetilasi) e il gioco
contrario di quelli che per es. impacchettano la cromatina rendendo più
difficile la trascrizione. Se c’è una molecola che acetila ce n’è un’altra che
deacetila, se c’è una molecola che metila ce n’è un’altra che demetila
quindi potenzialmente i meccanismi epigenetici sono reversibili ma
durante lo sviluppo, durante il differenziamento assumono la
caratteristica di non reversibilità. (scrittori, quelli che facilitano, e
mantenitori, quelli che ostacolano).
Ci interessa l’epigenetica nel sistema nervoso perché partecipa ai
meccanismi di plasticità neurale, ci interessa il fatto che l’esperienza può
modificare il funzionamento dei circuiti neurali attraverso meccanismi
epigenetici [per es. una sostanza d’abuso o una modifica dell’attività
elettrica può arrivare (esempio gene bdnf) a rendere la cromatina meno
compatta,