Organi locomotori
A completare la struttura cellulare vi sono poi gli organuli adibiti alla locomozione: pseudopodi, flagelli e ciglia.
Flagelli
I flagelli sono delicati prolungamenti citoplasmatici filamentosi che rispondono a vari stimoli ambientali; sono tipici dei protozoi flagellati. Ciascun flagello, come anche le ciglia, è costituito internamente da due microtubuli centrali, circondati da nove tubuli doppi; il rivestimento esterno del flagello è la continuazione della pellicola. In molti parassiti, come i tripanosomi, è presente una membrana laterale al corpo cellulare con un flagello che imprime ai protozoi un particolare movimento ondulatorio (membrana ondulante).
Ciglia
Le ciglia sono strutturalmente simili ai flagelli, ma molto più piccole; possono ricoprire la superficie dei protozoi ciliati o dipartirsi da una zona ristretta.