Malattie infettive e microbiologia clinica ( microbiologia) 2014/2015

Microbiologia: segni e sintomi

Ag+DNA+RNA, antibiogramma, coltura si cercano, osservazione subitomicro. Ag+DNA+RNA. Diagnosi presuntiva di solito attraverso in urgenza. Materiale biologico più idoneo. Si può procedere DNA+RNA+ tossine. Diretta = ricerca diretta del m.o Antigeni. Diagnosi sierologica = Ab. Indiretta = comprende risposta linfocitara + citochine. Referto. Esiste una differenza tra:

• Infezione = provocata dalla presenza di un m.o, può essere acuta o cronica, ma non si associa a sintomi.
• Malattia = presenza di m.o che determina la comparsa di sintomi.

Caratteristiche di un test

Pratico, sensibilità e specificità alte. Predittività: economico, VPP, VPN.

Diagnosi diretta

Microscopia

• Microscopia elettronica: usata dall'anatomopatologo. Osservazione microbiologica.
• Microscopia ottica: usata in ambito microbiologico (CLORAZIONI).
• Microscopia in campo oscuro: specifica delle Spirochete (Sifilide / Lue).
• Microscopia a fluorescenza: per identificare Ag marcati.

Coltura

LIQUIDO: di solito è il primo utilizzato, poi si passa al solido. Sono detti di ARRICCHIMENTO. Coltura si avvale di terreni di coltura di arricchimento, di trasporto. SOLIDO: possono essere selettivi/non selettivi e differenziali. Diretta: si marca l'Ab. Ab specifici: tecniche di immunofluorescenza. Indiretta: si marca un Ab (diverso) che lega il complesso Ag-Ab già formato.

Estrazione

Ricerca di materiale genetico: ricerca di DNA/RNA attraverso purificazione e amplificazione. PCR: utile per determinare in modo quantitativo il materiale genetico, su un campione che dovrebbe essere sterile. In caso contrario, è molto più utile la determinazione qualitativa = n° copie/mill.

Nota sull'antibiogramma Si parte da una coltura pura, poi si può procede con:

• Metodo Kirby-Bauer: Diffusione in Agar procedura che prevede l'utilizzo di dischi di carta filtro imbibiti di antibiotico. Rimangono in incubazione 18 h, poi si misura l'alone di inibizione, il quale viene poi confrontato con database di riferimento.
• Microdiluizioni in brodo: metodo automatizzato che prevede la presenza di diverse concentrazioni di antibiotico all'interno di micropiastre. Si determina la MIC = minima concentrazione inibente.
• E-Test: prevede l'utilizzo di strisce di carta filtro imbibite di concentrazioni scalari di antibiotico, andando poi a misurare l'alone di inibizione.

Completate tali procedure, si produce un referto, sul quale si indicano delle lettere:

• S = sensibile
• R = resistente
• I = intermedio

Diagnosi virologica

La diagnosi virologica procede nello stesso modo:

• Diagnosi diretta
• Osservazione campione
• Isolamento, che può essere diretto classico (si cerca di far crescere il virus in una coltura cellulare determinata = GOLD STANDARD) o rapido (si fa su campioni particolari, come il BAL; serve al fine di impostare rapidamente la terapia).

Diagnosi dei miceti/protozoi

• Osservazione microbiologica diretta del campione a fresco.
• Osservazione dopo colorazione e/o immunofluorescenza.
• Coltura su terreno Saboraud.
• Ricerca di Ag/DNA/RNA.

Diagnosi indiretta

• IgG: compaiono tardivamente.
• Sierologia IgM: ad alto peso molecolare; fase acuta.
• IgA
• IgG totali
• Risposta cellulare tramite Test al Quantiferon: IFN alfa prodotto dai Linfociti T (positivo in caso di TBC).
• Elispot: in caso di CMV, si stimolano i LT e si misura la quantità di IFN alfa.

Nota: IgM può essere un problema, perché si possono rilevare il Fattore Reumatoide, che è un IgM; poi possono persistere a seguito di un'infezione e si trovano in caso di reinfezione. Infezione: si trovano IgG/IgG tot sono > di 4 volte tra esordio e convalescenza. Sieroconversione. N.B: solo le IgG o le IgG tot (alte) non sono sufficienti perché poco affidabili. IgG o IgG tot >> tra la fase acuta e la convalescenza. Reinfezione: si trovano assenza o lieve aumento delle IgM. N.B: in fase acuta compaiono i sintomi e le IgM; dopo circa 2-3 settimane compaiono le IgG. In caso di reinfezione si ha più rapidamente la comparsa il picco di IgM e di IgG e le IgG sono ad alta avidità.

Tipi di campionamento

• Vie aeree superiori: tampone rinofaringeo e faringeo.
• Vie aeree inferiori: espettorato (spontaneo o indotto), aspirato tracheobronchiale e BAL (normalmente si trovano i macrofagi; in caso di infezioni batteriche si trovano i polimorfonucleati, in caso di infezioni virali, Clamidia o Legionella, si trovano i linfociti).
• Feci: coprocultura + ricerca Ag.
• Apparato gastrointestinale: tampone rettale.
• Secreto vaginale: apparato genitale tamponi cervicali + uretrali.
• Vie urinarie: urocoltura = valida se la carica batterica è > di 10⁵ UFC.
• SNC: rachicentesi, su cui si esegue l'analisi chimico-fisica e poi microbiologica. Se è torbido è più probabile si tratti di un'infezione batterica; se limpido, è verosimilmente virale.

Un prelievo si può considerare appropriato se:

• Avviene al momento giusto (non in caso di terapia antibiotica, sì in acuzie perché la carica m.o è alta).
• Numero e quantità adeguati.