La diagnosi in microbiologia

Introduzione e generalità

I compiti della microbiologia clinica nell’ambito della Medicina di Laboratorio sono:

• Porre la diagnosi eziologica e cioè identificare l’agente patogeno causa dell’insorgenza di una determinata malattia infettiva.
• Impostare una terapia specifica verso quel determinato patogeno.
• Valutare l’efficacia della terapia.
• Valutare la presenza di portatori sani, potenziale fonte di contagio per la comunità.

Malattia

La malattia si verifica quando il microrganismo supera le difese dell’ospite e provoca un danno con una determinata sintomatologia; ogni microrganismo esplica la sua azione patogena attraverso i cosiddetti “fattori di virulenza”. Chiamiamo patogeno chi causa danno, saprofita colui che è innocuo perché non sa produrre il danno, non ha la possibilità di produrre tossine; opportunista, che normalmente è saprofita ma in particolari condizioni diventa patogeno (es. il caso delle infezioni urinarie, dove vedremo che il 70% sono causate da Escherichia coli saprofiti che normalmente stanno nell'intestino e per qualche motivo raggiungono una sede che non è la loro e danno infezione, cistite).

Infezione

Un microrganismo riesce a penetrare e moltiplicarsi ma si crea una situazione di equilibrio per cui non dà luogo al danno e di conseguenza può essere una situazione transitoria. Alcuni liquidi biologici dell'organismo umano sono sterili: anche le urine devono essere sterili, ma per esempio per dire che c'è infezione alle vie urinarie ci deve essere una carica batterica notevole, perché altrimenti potrebbe essere una fase transitoria di microrganismi che per qualche motivo attraversano le vie urinarie senza essere in grado di causare il danno e quindi dare malattia. Quindi infezione quando non creano il danno anche se riescono a superare le difese dell'organismo ma non sono in grado di esplicare l'azione patogena.

Nella microbiologia clinica non c’è sempre una manifestazione evidente che permette di capire qual è l’agente eziologico. Alcune eccezioni possono essere il mughetto da candida, la pseudomembrana nel caso di difterite, i segni da Borrelia burgdorferi tipici della malattia di Lyme (eritema tipico che fa capire subito cosa si deve fare), o anche la faringite da Streptococcus pyogenes perché caratterizzata a volte da un essudato purulento tipico. Ma per il resto non ci sono indicazioni che ci aiutano a capire l'agente eziologico.

Inoltre, le infezioni possono essere limitate ad un particolare distretto (sistemiche) oppure essere generalizzate (multi-sistemiche).

La fase pre-analitica

Prevede:

• Richiesta del Clinico e scelta degli esami.
• Informazione e preparazione del paziente.
• Raccolta del campione; il campione consiste nel materiale biologico da esaminare per verificare la presenza di determinati patogeni. Può essere prelevato da due tipi diversi di siti:
  • Siti sterili: sangue, midollo, liquor, liquido pleurico, pericardico, sinoviale et alia.
  • Siti non-sterili (contaminati): dove è presente anche la flora autoctona, come la bocca, il naso, le feci et alia. In questo caso è importante discriminare accuratamente tra i diversi patogeni. Numerosi siti del nostro organismo accolgono un numero considerevole di microrganismi, in particolare le superfici corporee in comunicazione con l’ambiente esterno (bocca, naso, intestino et alia). La presenza di questa flora microbica autoctona è in grado di proteggere dalle infezioni prevenendo la colonizzazione da parte di altri patogeni, tuttavia può contaminare i campioni e talvolta anche causare direttamente malattia.

Al fine di una corretta diagnosi la raccolta del campione deve avvenire in maniera adeguata (appropriatezza), in particolare esso dovrebbe essere raccolto:

• Quando? Nel momento giusto: solitamente nella fase acuta della malattia, quando la carica microbica è maggiore ed inoltre prima dell’inizio di una terapia antimicrobica. Infatti, gli antibiotici interferiscono con la crescita microbica e influiscono dunque sull’esito dei test di laboratorio.
• Dove? In uno specifico distretto corporeo rappresentativo della patologia: facciamo l’esempio della febbre tifoide causata da Salmonella typhi, ha un decorso bimodale caratterizzato da una fase precoce (prime due settimane) con febbre elevata, emocoltura positiva e coprocoltura negativa; una seconda fase (terza e quarta settimana) con diarrea, emocoltura negativa e coprocoltura positiva. Risulta chiaro che andremo a ricercare il patogeno nel sangue durante la fase precoce, nelle feci durante la seconda fase.
• Quanto? In quantità sufficienti per poter effettuare un'analisi accurata.