Appunti completi biochimica (seconda parte)

20. si carica negativamente e l'HIS si carica positivamente.

la carica + è stabilizzata dalla carica - presente sull'acido

aspartico. Ecco perché solo quella serina che si trova nella triade

catalitica è capace poi di fare l'attacco nucleofilo.

FASE 1 = ACILAZIONE (formazione di un intermedio covalente)

FASE 2 = DEACILAZIONE (rottura dell'intermedio covalente) interviene

l'H2O e provoca la vera e propria idrolisi del legame peptidico.

FASE 1

_OSSIANIONE (intermedio super instabile)

1. ATTACCO NUCLEOFILO al carbonilico ->
2. Il C carbonilico non può avere 5 legami quindi sposta gli elettroni sull'O^- che diventa negativo
3. OSSIANIONE
4. Ossianione è un intermedio troppo instabile che collassa subito e rimposta gli elettroni sul C carbonilico.
5. Il C carbonilico non può avere 5 legami -> si rompe il legame peptidico
6. La 1^a parte della catena peptidica si stacca, dunque si forma l'intermedio legato covalentemente con il carbonio carbonilico legato con una parte della catena peptidica. Questo è l'intermedio = ACILENZIMA.
7. All’N serve un altro legame per essere: l'HIS cede il suo protone in più (stabilizzandosi) alla prima parte dello scheletro proteico che ora può uscire.

20. si carica NEGATIVAMENTE, e l'HIS si carica POSITIVAMENTE,

la carica è stabilizzata dalla carica presente sull'acido

aspartico. Ecco perchè solo quella serina che si trova nella triade

catalitica è capace poi di fare l'attacco Nucleofilo.

FASE 1 = ACILAZIONE (formazione di un intermedio covalente)

FASE 2 = DEACILAZIONE (rottura dell'intermedio covalente) interviene

l'H₂O e provoca la vera e propria idrolisi del legame peptidico.

FASE 1

OSSIANIONE (intermedio super instabile)

1 ATTACCO NUCLEOFILO al carbonilico ⇒ 2 Il C carbonilico non può

avere 5 legami quindi sposta gli elettroni sull'O, che diventa negativo.

2 OSSIANIONE

3 Ossianione è un intermedio troppo instabile che collassa subito e

risposta gli elettroni sul C carbonilico

4 Il C carbonilico non può avere 5 legami ⇒ si rompe il legame peptidico

La 1^a parte della catena peptidica si stacca, dunque si forma l'enzima

legato covalentemente con il carbonio carbonilico legato con una parte

della catena peptidica. Questo è l’intermedio = ACILENZIMA

5 all'N serve un'altro legame perciò a N: l'HIS cede il suo protone in

più (stabilizzandosi) alla prima parte dello scheletro proteico che ora

può uscire.

Fase 2

Qui interviene l’acqua (idròlisi) che come sappiamo non è un buon nucleofilo, prenderlo tale è il HIS della triade. Ora, “OH⁻” però farà l’attacco nucleofilo sul carbonìlico e riparte la catena di reazioni uguali alla precedente

1 - 2 - 3 - 4, alla fine si rompe il legame tra l’enzima e l’altra parte rimossa dalla catena peptidica (deacilazione) e esce insieme all’OH nucleofilo alla ser manca un H che gli viene dato dalla His che ne aveva uno in più → si rigenera l’enzima di partenza.

Gli enzimi proteolìtici sono coinvolti in molti processi.

N.B. : la reazione vista è sostenuta e catalizzata dalle SERIN-PROTEASI perchè se no sarebbe troppo lenta.

COME FA A CATALIZZARE LA REAZIONE? L’ossianione che si genera è super instabile quindi ha un contenuto di G (energia-libera) altissimo; questo però fa interazioni con gli AA vicini alla triade che la stabilizzano → stabilizzandolo ne abbassano il contenuto di G dunque abbassano l’energia d’attivazione e la reazione può avvenire molto più velocemente.

BUCO DELL’OSSIANIONE = parte in cui gli AA stabilizzano lo stadio di transizione.

Dipendenza enzimatica dal pH

Le serin proteasi funzionano bene a pH intorno alla neutralità. Se vado ad alterare il pH percono la ionizzazione delle parti della serina proteasi che agiscono nelle reazioni.

Per esempio se abbasso il pH l’His si protona prima e non scambia.

più da base e l'enzima non funziona più.

Specificità per il legame peptidico

+ enzimi della digestione → le serin proteasi della digestione non sono specifiche per ogni tipo di proteina che ingeriamo. Essi sono 3 enzimi prodotti dal pancreas che agiscono nella digestione.

• CHIMOTRIPSINA, TRIPSINA, ELASTASI

La chimotripsina e la tripsina sono quasi identiche come struttura. Quello che le distingue è la tasca differente dove è collocato ad centro alla triade catalitica. La tasca in ogni enzima dei 3 accoglie la catena laterale dell'AA che precede il legame da tagliare. I 3 enzimi si distinguono per questo: la tasca, dello chimotr. è molto de infatti essa taglia tutti legami peptidici che stanno dopo AA con catene laterali grandi (aromatiche). La tasca della tripsi