Biochimica metabolica

Lezione del 28/02 La prima reazione che andiamo a considerare è la reazione che porta alla polimerizzazione ovvero la reazione che parte da semplici monomeri e porta alla formazione di macromolecole complesse, questo vale ovviamente per proteine , acidi nucleici o triacilgliceroli ad esempio che sono la forma mediante la quale depositiamo acidi grassi nel nostro organismo. S= n^L dove n è uguale al numero di diversi tipi di subunitá di una determinata categoria di composti mentre L è la lunghezza della sequenza lineare, ci dice che il numero di diverse sequenze possibili di lunghezza L sarà uguale a questa equazione; possiamo quindi capire che per una proteina di lunghezza media di 400 Aa circa può avere una variabilitá degli Aa che compongono la proteina di 20^400; se a questo aggiungiamo gli eventi post-trascrizionali e post-traduzionali possiamo comprendere quanto sia importante la fine regolazione di tutto quello che avviene nel nostro organismo. GRUPPI FUNZIONALI Osserviamo i più importanti gruppi funzionali presenti nei metaboliti o nelle molecole che compongono il nostro organismo: • Gruppo ossidrilico: spesso associato ad una molecola di tipo alcolico • Etere: i ponti eteri di una molecola lineare derivano normalmente dalla condensazione di due gruppi ossidrilici. • Gruppi carbonilici: la maggior parte delle reazioni si basano sulla presenza di questi gruppi. È rappresentato dal carbonio legato con un doppio legame all'ossigeno, ed è un gruppo estremamente reattivo. • Gruppo carbossilico: è un gruppo carbonilico che possiede un gruppo ossidrilico. Un parametro importante di questo gruppo è il pKa (bravo mimmo) , che ci dice se il gruppo si trova in forma protonata o deprotonata. Vedremo che molte reazioni nel nostro organismo , in particolare reazioni di detossificazione , servono a cambiare il pKa dei gruppi carbossilici affinché siano deprotonati quindi carichi negativamente e pertanto più solubili in acqua, in quanto la solubilità è molto importante per la detossificazione. • Estere: dato dalla condenzasione tra un acido carbossilico ed un alcol. Anche in questo caso osserviamo un gruppo carbonilico. • Tioestere: condensazione tra un acido carbossilico ed un tiolo. L'ossigeno è sostituito dallo zolfo. Un esempio di legame tioestere è quello presente nell'acetil-CoA. • Anidride: condensazione tra due gruppi carbossilici con perdita di un H2O. Ci sono due gruppi carbonilici con un ponte ad ossigeno. Alcune anidridi provengono dalla condensaione di un acido organico con uno inorganico come ad esempio l'acido ortofosforico per darci un anidride mista in cui l'ossigeno unisce il carbonio carbonilico ad un gruppo fosfato; l'aggiunta di un gruppo fosfato è molto importante per l'attivazione di una molecola. • Fosfoanidridi: equivalenti alle anidridi ma sono coinvolte , nel legame del ponte ossigeno, due atomi diversi dal carbonio. • Ammidico: presente nelle proteine, condensazione tra un gruppo carbossi