Nel 1877 gli inglesi per eliminare la concorrenza di mercanti stranieri fondarono una compagnia commerciale che nel giro di cinque anni sarebbe diventata la United African Company. Essa nacque allo scopo di occupare i vasti territori del basso Niger e di acquistare le azioni di una preesistente compagnia francese; riuscì talmente bene nel suo compito che i concorrenti finirono per cederle le proprie attività.
Nel frattempo le vicende politiche in Europa spinsero i paesi impegnati nel nel colonialismo a regolamentare la propria espansione, stabilendo delle aree di interesse. Nel 1884-1835 si svolge dunque il "congresso di Berlino" in cui l'Inghilterra vide riconosciuta le sue richieste sull'area del basso e medio Niger. Qualche mese più tardi fu proclamata il "protettorato dei distretti del Niger" (detto anche protettorato dei fiumi dell'olio), che comprendeva l'area costiera da Lagos al delta del fiume e la zona tra il mare e Lokoja, oltre che lungo il Benue.

La conseguenza diretta del Congresso di Berlino fu l'apertura delle regioni interne ai commerci, sotto la sovranità inglese, grazie all'opera della United African company, cui nel 1836 fu concessa una carta che le consentiva di controllare i commerci in Nigeria in nome del governo di Londra. Nasceva così la Royal Niger Company che tra il 1885 e il 1892 stipulò 3060 trattati con i capi indigeni preoccupando non poco i francesi, titolari di un vasto impero nell'Africa occidentale, che fecero tutto quanto poterono per osteggiare le spedizioni della compagnia. Quattro anni dopo l'Inghilterra divenne direttamente responsabile del governo della Nigeria settentrionale e meridionale, oltre che della colonia di Lagos. Nel 1897 il governo ritirò la carta alla compagnia e istituì un protettorato sulla Nigeria settentrionale a capo del quale fu messo Sir Frederik Lugard. Grazie a questo protagonista del colonialismo di matrice britannica, il governo inglese completò l'occupazione dei territori sino ai confini decretati dalla convenzione anglo-francese del 1898. L'amministrazione britannica delle colonie si basava sull'idea dell'Indirect rule, cioè una forma di governo indiretto che consentiva alle autorità locali di mantenere il proprio potere a patto di gestirlo ubbidendo alle direttive del governo inglese e diventando una sorta di intermediari tra la popolazione e i colonizzatori.
Gli inglesi costituirono due protettorati: nel 1900 quella della Nigeria settentrionale e sei anni dopo quello della Nigeria meridionale, costituita dal protettorato di Lagos che era stato assorbito da quello della costa del Niger, a cui venne aggregato anche il Benin. Nel frattempo continuava su l'espansione territoriale degli inglesi verso la parte settentrionale del paese, spesso a costo di durissimi scontri armati con la popolazione locale. Il protettorato della Nigeria meridionale, a differenza di quello della Nigeria settentrionale, aveva un proprio consiglio legislativo che ebbe un ruolo determinante nel muovere i primi passi verso l'indipendenza del paese. Nel 1912 il governo inglese stabilì infine di nominare un governatore unico per le regioni del Nord e del sud aprendo la strada a un processo di unificazione che si concluderà nel 1914 con la nascita della Federazione della Nigeria sottoposta all'autorità di un governatore generale: il primo fu Sir Federik Lugard, residente a Lagos, che nel frattempo era stato nominato alto commissario. L'organizzazione amministrativa della colonia inglese assumeva così una forma definitiva, destinata a durare per quasi mezzo secolo.

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