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Gli autori successivi, Empedocle, Anassagora e Democrito, tornano agli interessi naturalistici, ma la loro ricerca è condizionata dai due divieti eleatici: il movimento non si può né dire né pensare; la generazione dal nulla è inaccettabile. Empedocle postula l’esistenza di quattro radici, o elementi (aria, acqua, terra e fuoco), che, mescolandosi o separandosi, sono all’origine della realtà nella sua apparente mutevolezza. Tali radici sono però eterne (in esse confluiscono i caratteri dell’essere parmenideo) e su di esse agiscono due forze cosmiche, Amicizia e Contesa, che operano i processi di aggregazione e disgregazione, producendo l’eterno ciclo del cosmo. La dottrina delle quattro radici è anche alla base di una teoria della conoscenza che avrà amplissima eco nei secoli successivi, sintetizzabile nell’espressione «il simile conosce il simile». Vicino ai pitagorici, Empedocle abbraccia la concezione della trasmigrazione delle anime, prevedendo anch’egli un cammino di purificazione in vista della liberazione del nucleo immortale dell’umano.

Anassagora formula una concezione della realtà adeguandosi anch’egli al divieto parmenideo: esiste un numero infinito di semi, originari ed eterni, che mescolandosi tra di loro danno origine alle cose: tutti sono presenti in tutto. Al di sopra di questi principi fisici egli pone un Intelletto separato che dà impulso e ordine al magma costituito dai semi, strutturando il cosmo.
L’ultima grande filosofi a presocratica è l’atomismo, riconducibile a Leucippo e a Democrito: la realtà è secondo Democrito composta da infiniti piccoli corpi immodificabili e indivisibili, gli atomi (cui spettano i caratteri dell’essere parmenideo), diversi per forma, posizione e ordine. Aggregandosi in virtù dell’azione di vortici nel vuoto, essi producono la realtà differenziata. L’ordine del cosmo è dunque meccanico e necessitato, privo di ogni finalità. La teoria atomistica comprende anche una spiegazione della percezione, fondata sulle immagini di atomi (èidola), che colpiscono gli organi di senso: la conoscenza prodotta è opinione, mentre la verità si ottiene per mezzo dell’intervento dell’intelletto, che riconosce la costituzione atomica delle cose.
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