Mappe concettuali di Biologia Molecolare

B) METILAZIONE DNA

C) STRUTTURA 3D CROMOSOMI

- CAPACITA' ASSEMBLAGGIO PIC disponibilità promotore, RNA POL, fattori generali azione sinergica, cooperativa,

combinatoriale

TRASCRIZIONALE: inizio - SEQ REGOLATORIE e loro legame con fattori trascrizione regolatori (a loro volta

FATTORI SPECIFICI TRASCRIZIONE attivati in vari modi) e loro dominio TRANS

ATTIVAZIONE

solo x trascritti RNA POL 2, riguardano

TRASCRIZIONALE: STABILITA' mRNA (vedi sotto)

allungamento POLI-A al 3' segnale è sempre fosforilaz CTD RNA POL

TRASCRIZIONALE: terminazione 2 + sequenza AAUAAA

CAPPING al 5' processi cui segnale

sono cambiamenti stato fosforilaz CTD

CO e POST - trascrizionale: RNA POL 2

SPLICING

STABILITA' mRNA eventuale DEGRADAZIONE deadenilazione, decapping, miRNA,

NUCLEASI proteine ribosomiali regolano stesso mRNA

POST - trascrizionale:

REPRESSORI TRADUZIONALI mancato accesso a ribosoma (-) diverso posizionamento (5'/3') elementi metabolismo ferro

POST - trascrizionale: ELEMENTI legati da fattori trans attivi (aconitasi /

CIS e TRANS ATTIVI nascosti siti x endonucleasi (+) irebp)

DEGRADAZIONE (o sequestro / blocco) miRNA

POST - trascrizionale: RNA riconosciuti x appaiamento

RNA REGOLATORI siRNA

FASE SEPARATION / sequestro in granuli x RNA BINDING PROTEIN

POST - trascrizionale: BLOCCO temporaneo o definitivo

LOCALIZZAZIONE SUBCELL (eventualm mediato anche da miRNA)

IMPEDIMENTO attacco / scorrim ribosoma proteine legano a

- REPRESSORI traduz RNA in siti

importanti x traduz

solitam al 5', se si formano

- STRUTTURE 2e

TRADUZIONALE NO ATTACCO RIBOSOMA

- nc RNA miRNA che si attaccano al 3' UTR

upstream (5'), dato che soli pochi nu

- MICRO ORF continuo attacco e stacco ribos

POST - traduzionale SEQ REGOLATORIE

PROMOTORI

GENOMIC LIBRARY fatta x studiare INTERO GENOMA in particol INTRONI

TIPOLOGIE ...

cDNA LIBRARY fatta x studiare SEQ CODIFICANTI

1. SELEZIONO DNA

2. TAGLIO in frammenti

3. PURIFICAZIONE

x GENOMIC 4. LIGATION inserimento frammento in vettore

5. TRASFORMAZIONE inserimento vettore in batterio

> ottengo COLONIE, con batteri STESSA

6. REPLICAZIONE batteri COLONIA aventi STESSO FRAMMENTO

CREAZIONE 1. PRENDO RNA cellula

2. ISOLO mRNA sfrutto POLI-A

3. RETROTRASCRIZIONE mRNA ---> cDNA (ss)

4. SINTESI FILAM DNA COMPLEM a cDNA ----> ottengo dsDNA

x cDNA 5. LEGAME LINKERS (piccole seq dna) a ds cDNA

6. TAGLIO con ENZIMI R riconoscono linkers

7. LIGATION

.... vedi genomic dna library rappresentatività +, n° seq perse -

= QUANTO del genoma oggetto studio è

REALMENTE DENTRO LIBRARY perchè OGNI PASSAGGIO ha CERTA EFFICIENZA (mai 100%)

DNA frammento TROPPO LUNGO x vettore scelto

LIBRARIES PROBLEMI NO SITI RESTRIZ intorno determinata sequenza

RAPPRESENTATIVITA' no avuto successo x alcune trasformazioni

NO ABBASTANZA DNA in partenza persi frammenti batterio con sequenza è morto

+ libraries in parallelo con ENZIMI R DIVERSI

RISOLUZIONE uso SUFFICIENTE QTA' DNA PARTENZA

conosco almeno grossolanam

SEQUENZA NU che voglio trovare

se cerco SEQUENZE NU SIMILI a già conosciuta solo parziale / FRAMMENTO

seq DNA simile ma NON UGUALE perchè altra SPECIE

x avere sequenza sonda parto da mRNA retrotrascritto in cDNA e clonato in plasmide

seq AA da cui ricavo + OLIGONUCLEOTIDI possibili

SINTESI SONDA sonda a DNA POLIMERIZZAZIONE in vitro polimerizzo DNA utilizzando PRIMER RANDOM

metto in un plasmide SEQUENZA che dovrà

sonda a RNA TRASCRIZIONE in vitro fare da STAMPO sonda e la faccio

x IBRIDAZIONE TRASCRIVERE in RNA = ottengo SONDA RNA

COLONY HYBRIDYZATION

TRASFERIMENTO DNA su FILTRO SOUTHERN BLOTTING

NORTHERN BLOTTING

DENATURO dna della library, che è su filtro

= ricerca sequenza interesse / INSERISCO SONDE nella provetta

SCREENING "STRINGENZA"

SONDA si APPAIERA' a complementarietà

permetto ritorno

PASSAGGI IDENTIFICAZIONE sequenza almeno parzialm MODULABILE attraverso

DOPPIA ELICA COMPLEMENTARE ambiente chimico

RADIOATTIVITA'

RILVO sonda ibridata a seq tramite FLUORESCENZA

metto tramite vettori INSERTI DIVERSI in INSERTO che fa acquisire

FUNZIONALE cellule di per sè non capaci certa funzione funzione è quello responsabile

REGOLAZIONE TRASCRIZIONALE PROCARIOTI

FASE CONTROLLATA MODALITA' ESEMPI COME OTTENUTO

INIZIO trascrizione controllo CONCENTRAZIONE sigma HEAT SHOCK degradazione o meno di

SIGMA 32 tramite

SEQUESTRO sigma PROTEINE misfolded SPAZIO PERIPLASMICO PROTEASI, agenti anche su

proteine misfolded

ATTIVAZIONE sigma INATTIVO FAGO INFETTANTE cellula batterica SEQUESTRO sigma

sintesi sigma CRESCENTEMENTE AFFINI x CORE Rna Pol cascata SPORULAZIONE con ANTI-SIGMA,

RILASCIO tramite

ANTI-ANTI SIGMA

1. utilizzo FATTORI SIGMA ALTERNATIVI SINTESI sigma + AFFINI x CORE ENZYME

scalzanti sigma precedente > trascrizione

diversi set genici, organizzata

temporalmente

utilizzo PRO-SIGMA da ATTIVARE con

TAGLIO PROTEOLITICO grazie a specifiche

PROTEASI trascritte da sigma fase

precedente

INIZIO trascrizione ATTIVATORI operone Lac controllo +, - inducibile POSITIVO = c'è ATTIVATORE

uso CONTROLLO

operone Trp controllo - reprimibile

REPRESSORI NEGATIVO = c'è REPRESSORE

2. con ATTIVATORI, REPRESSORI + EFFETTORI INDUTTORI / CO-ATTIVAT INDUCIBILE EFFETTO su

combinato con azione REGOLAZIONE TRASCRIZIONE in

CO-REPRESSORI presenza EFFETTORE

REPRIMIBILE

TERMINAZIONE trascrizione ATTENUATORI terminatore intrinseco ATTENUATORE (su leader) create strutture 2e che determinano FIEN

x ATTENUATORE TRASCRIZIONE (terminatori intrinseci)

tramite operone Trp

ANTITERMINATORI ANTI - TERMINATORE (ribosoma) RIBOSOMA copre terminatori Rho

3. tramite ATTENUATORI, ANTITERMINATORI dipendenti

FAGO LAMBDA ANTI - TERMINATORE (proteina N) ANTI - TERMINATORI

RIBOSOMI come ANTI-TERMINATORI nascondono siti criptici proteina N virale riconosce siti Nut e

IMPEDISCE AZIONE RHO