Bioinformatica - Uniprot, Esercitazioni di laboratorio

Esercitazioni di Bioinformatica – Prof.ssa Manuela Helmer-Citterich

Università degli Studi di Roma “Tor Vergata”

Prova di laboratorio 1

1) lanciare un browser di rete (mozilla-firefox nei sistemi linux e macintosh oppure explorer nei

sistemi windows) e collegarsi al sito del corso di bioinformatica

all'indirizzo: http://bioinformatica.uniroma2.it;

2) esplorare il sito del corso, individuare i link per scaricare i files powerpoint delle lezioni e i

podcast (non scaricare nulla nei computer dell'Aula 17);

3) seguire il link per le esercitazioni ed aprire il file lab1.html.

Ricerca di sequenze nucleotidiche all'NCBI

4) aprire una finestra del browser sull'indirizzo del server dell'NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ );

5) effettuare la ricerca su tutte le banche dati utilizzando la parola-chiave ataxia;

6) prendere un appunto sul numero di entries relativo alle banche dati di sequenze nucleotidiche,

proteiche, strutture proteiche e articoli scientifici (literature)).

7) ripetere la ricerca utilizzando anche una seconda parola-chiave (ad esempio friedreich);

8) prendere un appunto sul numero di entries nelle banche dati di cui al punto 6);

9) ripetere ancora la ricerca aggiungendo la parola-chiave homo sapiens (e confrontare i numeri

di entries con i numeri ottenuti nelle ricerche precedenti);

10) seguire il link ai risultati della banca dati di nucleotidi;

11) appuntarsi l'ID di una delle sequenze nucleotidiche selezionate a propria scelta;

12) esplorare le descrizioni delle entries identificate (distinguere entries relative a geni

diversi, variant da mRNA da genomic...).

13) in particolare, esplorare l'entry dell'mRNA della proteina frataxin, la sua posizione sul

cromosoma 9, le referenze associate, i fenotipi, le interazioni...

Ricerca di sequenze nucleotidiche all'EBI

14) aprire una finestra del browser all'indirizzo della banca dati EMBL (http://www.ebi.ac.uk/embl/

);

15) lanciare una ricerca su tutte le banche dati utilizzando la parola-chiave ataxia;

16) esaminare attentamente la lista di output, in particolare esaminare l'output della banca dati di

nucleotidi EMBL (Normal Dvisions - anche il numero dei risultati che possono essere visualizzati a

richiesta);

17) ripetere la ricerca utilizzando anche la parola-chiave Friedreich e poi anche "homo sapiens";

18) scegliere uno dei risultati della banca dati di nucleotidi EMBL (Normal Divisions) ed esaminare

sia il link principale, che quello denominato EMBL format.

inoltre

19) utilizzando l'ID della sequenza selezionata all'EBI, effettuare l'accesso all'NCBI (si dovrebbe

ottenere un unico risultato nella banca dati di nucleotidi);

20) confrontare le entries relative alla stessa sequenza nelle due banche dati;

21) utilizzando l'ID annotato al punto 11 dell'esercitazione, effettuare la ricerca nella banca dati

all'EBI (e non e' detto che si trovi qualcosa....);

UniProt

22) Collegarsi a UniProt e farsi elencare tutte le proteine di Homo sapiens;

23) farsi poi mostrare tutte le proteine del proteoma di H.sapiens ("show only entries from a

complete proteome set");

24) identificare il numero di proteine elencate;

25) identificare il numero di proteine umane di lunghezza compresa tra 100 e 120 residui.

26) Identificare il numero di proteine in UniProt appartenenti alla pianta Arabidopsis thaliana;

27) identificare tutte le chinasi della stessa pianta (ovvero tutte le proteine che nel "protein