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Esercitazioni di Bioinformatica – Prof.ssa Manuela Helmer-Citterich

Università degli Studi di Roma “Tor Vergata”

Prova di laboratorio 2

PubMed.

1) aprire una finestra del browser sull'indirizzo del server dell'NCBI e lanciare una ricerca in

PubMed con parola chiave Eisenberg;

2) identificare il numero del totale degli articoli elencati e delle reviews;

3) ripetere la ricerca utilizzando l'opzione advanced search, e specificando che Eisenberg e'

un autore (il server utilizza i caratteri inseriti per proporre come continuare, selezionare l'autore

Eisenberg il cui nome comincia con "D", David - per far partire la ricerca premere AND);

4) confrontare i numeri relativi al risultato di questa ricerca con quelli ottenuti nelle ricerche

precedenti

5) tornare all'opzione advanced search ed porre condizioni sulla rivista, selezionando tutti gli

articoli pubblicati su Science oppure Nature ( il nome delle riviste va inserito uno per volta,

selezionando tra quelle con lo stesso nome che il server ci propone, utilizzando l'operatore OR);

6) identificare il numero di articoli e il numero di reviews pubblicati su Science e Nature;

7) scegliere un titolo di proprio interesse e seguire il link all'abstract del lavoro;

8) verificare la disponibilita' del lavoro completo;

.

9) identificare il numero di articoli pubblicati sulla rivista PLoS Biology, scegliere un lavoro di

proprio interesse e seguire il link all'abstract;

10) accedere al lavoro scelto ed esaminarne testo e figure.

11) farsi elencare tutti i lavori di Baker D;

12) farsi elencare tutti i lavori pubblicati sulle riviste PNAS (Proc Natl. Acad. SCI USA)

e Bioinformatics (indipendentemente dall'autore); ;

13) utilizzando l'opzione Limits, farsi elencare tutti i lavori pubblicati negli ultimi 10 anni;

14) seguire ora l'opzione search history (nell'advanced search) e comporre con l'operatore

booleano AND le ricerche:

a) tutti i lavori con nome autore Baker D;

b) tutti i lavori pubblicati su PNAS e Bioinformatics; ;

c) tutti i lavori pubblicati negli ultimi 10 anni;

15) annotare il numero di lavori elencati nell'output della ricerca e i PMID delle reviews ottenute.

SCHOLAR

16) Collegarsi a scholar.google.com e farsi elencare tutti i lavori di Toby

Gibson (utilizzando Gibson TJ come chiave di ricerca);

17) annotare tutti i lavori di Toby Gibson con piu' di 1000 citazioni, sortati (= messi in ordine) per

numero di citazioni decrescenti.

dotplot http://www.vivo.colostate.edu/molkit/dnadot ;

1) Collegarsi al sito

2) leggere l'introduzione e le spiegazioni nel website;


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DESCRIZIONE ESERCITAZIONE

Esercizi di Bionformatica della prof. Helmer Citterich su come effettuare una ricerca in PubMed, impostare filtri per la ricerca di materiale pubblicato su riviste scientifiche, come utilizzare la risorsa Google Scholar per effettuare ricerche scientifiche, consultazione e interrogazione del portale di ricerca di UniProt.


DETTAGLI
Corso di laurea: Corso di laurea magistrale in bioinformatica
SSD:
A.A.: 2012-2013

I contenuti di questa pagina costituiscono rielaborazioni personali del Publisher pizzibutti di informazioni apprese con la frequenza delle lezioni di Bioinformatica e studio autonomo di eventuali libri di riferimento in preparazione dell'esame finale o della tesi. Non devono intendersi come materiale ufficiale dell'università Tor Vergata - Uniroma2 o del prof Helmer-Citterich Manuela.

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