Rivelazione di materiale genetico virale

Rivelazione di

materiale genetico

virale

Un metodo diretto di ricerca dei virus (oltre al tradizionale

metodo microscopico, vedere oltre) è quello che valuta le

caratteristiche virali maggiori che consentono di distinguere

famiglia, tipo e ceppo di un virus, ovvero la struttura del

genoma e la sequenza genica. Il profilo elettro- foretico

dell'RNA, oppure le lunghezze dei fram-menti indotti da

endonucleasi di restrizione sul DNA genomico virale,

costituiscono delle vere e proprie "impronte digitali" del

virus. Per questo hanno avuto ampia diffusione le tecniche

molecolari che permettono di rilevare un virus anche in

assenza di una sua moltiplicazione. Fra queste un posto di

rilievo hanno le ibridazioni con sonde di DNA che hanno una

sequenza complementare a specifiche sequenze geniche del

virus ricercato; tali sonde sono utilizzate per eseguire una

ibridazione diretta in situ in campioni tessutali

patologici.

In tale ambito, due sono le tecniche per rivelare genomi

virali in campioni clinici: Southern blot (frammenti di DNA

del genoma virale tagliati con enzimi di restrizione sono

trasferiti su un filtro di nitrocellulosa e poi identificati

su filtro attraverso ibridazione con sonde di DNA) e Northern

blot (frammenti di RNA virale sono separati

elettroforeticamente e poi trasferiti su filtro di

nitrocellulosa e quindi identificati su filtro mediante

ibridazione con sonde di DNA). Successivamente gli acidi

nucleici vengono evidenziati con autoradiografia,

fluorescenza o con metodi tipo EIA.

Un'altra tecnica molecolare è data dall'amplificazione

genica, in grado di amplificare gli acidi nucleici virali

presenti in tessuti o altro materiale infetto. Due sono le

tecniche impiegate in campo diagnostico clinico: la reazione

a catena della polimerasi (PCR) e la retrotrascrizione- PCR

(RT-PCR).