Rivelazione di materiale genetico virale

Rivelazione di materiale genetico virale

Un metodo diretto di ricerca dei virus (oltre al tradizionale metodo microscopico, vedere oltre) è quello che valuta le caratteristiche virali maggiori che consentono di distinguere famiglia, tipo e ceppo di un virus, ovvero la struttura del genoma e la sequenza genica. Il profilo elettroforetico dell'RNA, oppure le lunghezze dei frammenti indotti da endonucleasi di restrizione sul DNA genomico virale, costituiscono delle vere e proprie "impronte digitali" del virus. Per questo hanno avuto ampia diffusione le tecniche molecolari che permettono di rilevare un virus anche in assenza di una sua moltiplicazione.

Tecniche di ibridazione

Fra queste un posto di rilievo hanno le ibridazioni con sonde di DNA che hanno una sequenza complementare a specifiche sequenze geniche del virus ricercato; tali sonde sono utilizzate per eseguire una ibridazione diretta in situ in campioni tessutali patologici. In tale ambito, due sono le tecniche per rivelare genomi virali in campioni clinici: Southern blot (frammenti di DNA del genoma virale tagliati con enzimi di restrizione sono trasferiti su un filtro di nitrocellulosa e poi identificati su filtro attraverso ibridazione con sonde di DNA) e Northern blot (frammenti di RNA virale sono separati elettroforeticamente e poi trasferiti su filtro di nitrocellulosa e quindi identificati su filtro mediante ibridazione con sonde di DNA). Successivamente, gli acidi nucleici vengono evidenziati con autoradiografia, fluorescenza o con metodi tipo EIA.

Amplificazione genica

Un'altra tecnica molecolare è data dall'amplificazione genica, in grado di amplificare gli acidi nucleici virali presenti in tessuti o altro materiale infetto. Due sono le tecniche impiegate in campo diagnostico clinico: la reazione a catena della polimerasi (PCR) e la retrotrascrizione-PCR (RT-PCR). Nella PCR vengono utilizzati appropriati oligonucleotidi primer (di innesco) che permettono in poche ore di amplificare milioni di volte la sequenza DNA bersaglio. La RT-PCR è una variante della PCR che utilizza la trascrittasi inversa retrovirale per poter convertire l'RNA virale in DNA così da consentirne l'amplificazione.