Classificazione e nomenclatura dei procarioti

Classificazione e nomenclatura dei procarioti

La tassonomia batterica tradizionale

La tassonomia batterica tradizionale (fenetica) si basa sulle proprietà fenotipiche e si avvale dei tradizionali metodi di misurazione delle numerose caratteristiche di valore tassonomico come: morfologia, reazione alla colorazione di Gram, composizione chimica della parete, classificazione nutrizionale (fototrof, chemiorganotrofo, chemiolitotrofo), pigmenti, prodotti di fermentazione, composizione chimica della capsula, richieste nutrizionali, temperatura, pH, tipi di gas indispensabili per la crescita, habitat, sensibilità agli antibiotici, patogenicità, antigeni ecc.

La tassonomia molecolare

La tassonomia molecolare (filetica), invece, si è ormai integrata con la tassonomia tradizionale e attua la classificazione biologica su base genetica, comparando nei microrganismi le sequenze nucleotidiche della subunità piccola dell’RNA ribosomiale (ssrRNA) e la composizione in basi azotate (G + C, espressa in moli % di GC) presente negli acidi nucleici.

Categorie tassonomiche secondo il Manuale Bergey

Nella seconda edizione del Manuale Bergey di Batteriologia Sistematica le categorie tassonomiche adottate sono sette: Dominio, Phylum, Classe, Ordine, Famiglia, Genere e Specie. La specie costituisce l'unità base della tassonomia e può essere definita come una collezione di ceppi microbici simili in quanto condividono alcuni caratteri e differiscono sensibilmente da altri gruppi di ceppi, così da giustificare il riconoscimento come un'unità tassonomica a sé stante.

La definizione di una specie avviene perciò sulla base della caratterizzazione di diversi ceppi o stipiti (in inglese strains) formati dalla progenie (cioè da batteri che discendono da una singola colonia isolata in coltura pura, ovvero un clone) e conferisce ai ceppi collezionati un'identità tassonomica formale. Nella singola specie batterica sono di fatto comprese cellule che presentano comuni caratteristiche morfologiche, tintoriali, colturali, biochimiche e fisiologiche, antigeniche, genetiche (specie genomiche), di potere patogeno ecc.

Definizione di specie procariotica

Attualmente la definizione di specie procariotica è più basata sui caratteri genetici. Le specie affini vengono raggruppate nel genere, che, per analogia con il concetto di specie, viene definito come collezione di specie diverse che hanno in comune una o più proprietà fondamentali tipiche di quel genere, ma che differiscono per varie altre caratteristiche, di norma meno significative. Generi affini sono raggruppati nelle famiglie, famiglie batteriche vicine (o anche soltanto generi correlati) confluiscono nell'ordine e più ordini in una classe; le classi costituiscono il phylum e più phyla i domini Bacteria e Archaea.

Tipizzazioni all’interno della specie

All'interno della specie è possibile inoltre ricorrere a utili distinzioni (tipizzazioni) dei ceppi circolanti sulla base di proprietà biochimiche o fisiologiche (biotipo o biovar), dei caratteri morfologici (morfotipo o morfar), della diversa costituzione antigene (sierotipo o serovar), della capacità patogena (patotipo o patovar) e della differenziata possibilità delle specie di essere lisate da virus batteriofagi (fagotipo o fagovar). Le tipizzazioni non hanno valore tassonomico ma consentono nella pratica utili valutazioni epidemiologiche.

Nomenclatura batterica

In batteriologia viene utilizzata per la nomenclatura la lingua latina; i nomi delle famiglie, dei generi e delle specie sono in gran parte termini di origine greca e latina (se di altra natura vengono latinizzati) che si riferiscono ad alcune caratteristiche peculiari del microrganismo e vengono riportati in corsivo (in particolare il genere e la specie).

La denominazione segue il sistema binomiale: a tutti i batteri viene dato il nome del genere di appartenenza e della specie, con il nome del genere scritto in corsivo con la lettera iniziale maiuscola che precede quello della specie tutto in minuscolo corsivo (spesso il nome del genere viene abbreviato in una singola lettera maiuscola: la prima lettera del nome del genere). Per esempio, la specie batterica che causa la malattia “tetano” assume la denominazione Clostridium tetani (C. tetani), dove il termine Clostridium indica il genere di appartenenza della specie tetani.