Bioinformatics

Link dei vari enti

NCBI, DDBJ, ENA/EBI. The International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) (https://www.insdc.org/) è un'iniziativa fondamentale di lunga data che opera tra DDBJ, ENA/EBI e NCBI.

Convenzione per scrittura e lettura di un oligonucleotide

È essenziale stabilire convenzioni per la scrittura e la lettura degli oligonucleotidi al fine di evitare ambiguità. Una convenzione comune prevede di posizionare l'estremità 5' a sinistra e l'estremità 3' a destra della sequenza, con la successione dei nucleotidi al centro. Questo permette una corretta interpretazione della sequenza in base al codice genetico delle triplette che codificano per gli aminoacidi. Questa regola internazionale garantisce una standardizzazione nella rappresentazione delle sequenze e facilita la comunicazione tra bioinformatici e ricercatori di diverse nazionalità.

Convenzione per scrittura e lettura di un filamento di DNA

La convenzione per la scrittura e la lettura di un filamento di DNA segue il principio dell'estensione della sequenza dalla parte 3' a quella 5'. Questo perché tutte le polimerasi leggono la sequenza stampo e sintetizzano la nuova sequenza in modo tale che cresca aggiungendo un nucleotide all'estremità 3' della sequenza precedente. Quindi, quando si rappresentano le sequenze nucleotidiche, si immagina che la polimerasi inserisca i nucleotidi uno alla volta dall'alto verso il basso e da sinistra a destra, seguendo questa regola internazionale.

Un portale per ordinare e ricevere delle specifiche sequenze oligonucleotidiche è il seguente: Eurofins Genomics.

Parte 2: Schema della doppia elica del DNA

Nello schema è rappresentata la doppia elica del DNA in cui i due filamenti antiparalleli sono tenuti insieme da legami deboli.

Termini inglesi per descrivere le interazioni

• S: Strong per indicare il triplo legame CG
• W: Weak per il doppio legame AT
• N: Nucleotidi
• Y: Piramidine
• R: Purine
• P: Peptide
• M: Coppia di basi con legato un gruppo amminico
• K: Coppia di basi con legato un gruppo chetonico

NB: si usano anche delle lettere che indicano quando si vuole inserire in una sequenza nucleotidica tutto tranne qualcosa; ESEMPIO: si vogliono includere tutte le basi tranne la guanina → questo caso è indicato con la lettera H perché l’H è la lettera successiva alla G. Nel caso in cui si volesse escludere l’adenina, si usa la lettera B. Queste lettere fanno parte del linguaggio internazionale IUPAC.

Siti per la gestione della letteratura scientifica

PubMed oggi, i dati scientifici vengono digitalizzati e memorizzati sui server internazionali, accessibili a tutti per convenzione. Tuttavia, la gestione di tali server comporta costi. La distruzione dei server potrebbe causare la perdita di preziose conoscenze scientifiche in settori cruciali come medicina, chimica e farmaceutica. È quindi essenziale la presenza di centri di archiviazione dedicati per evitare la diffusione di notizie false e garantire la conservazione dei dati scientifici.

Le banche dati sono come dei contenitori dove vengono depositate informazioni. Sono suddivise in:

• Banche dati primarie: ossia quelle che accolgono il dato sperimentale vero
• Banche dati secondarie: accolgono diversi algoritmi, inserendo dati derivanti da informazioni già esistenti

La review confronta i risultati in maniera critica. Ad esempio: I ricercatori isolano geni associati a una patologia e scrivono articoli per riviste scientifiche. Altri laboratori conducono ricerche simili e pubblicano scoperte analoghe. Gli editor delle riviste possono quindi confrontare e riassumere criticamente le scoperte dei diversi laboratori, spesso commentando i dati.

L'editor delle riviste scientifiche mira a promuovere la scoperta e la pubblicazione di informazioni innovative. Gli articoli devono approfondire non solo le nuove scoperte, ma anche il funzionamento delle proteine coinvolte e dei loro complessi. Prima della pubblicazione, gli articoli sono sottoposti a revisione da parte di editori e revisori anonimi (Referee), che valutano la qualità e la completezza del lavoro.

Gli editori possono richiedere modifiche o ulteriori esperimenti per garantire la validità delle scoperte prima della pubblicazione. Questo processo assicura un giudizio obiettivo e qualitativo da parte di esperti del settore.

Il mondo finanziario ha capito che si può guadagnare sugli articoli scientifici, per evitare questo problema si utilizza il metodo delle citazioni scientifiche. In base al numero di citazioni la rivista acquisisce un impact factor ovvero il numero medio di citazioni su un totale di pubblicazioni.

Quando si pubblica un articolo si devono depositare tutti i dati di ogni esperimento, questi vanno inseriti in un database da cui si accede tramite portali. In ogni portale ci sono vari classificatori in cui ogni scheda, contiene delle informazioni specifiche, e grazie a dei sistemi le schede vengono organizzate come se fossero in un archivio che viene messo a disposizione e consultazione di tutti.

Cosa serve per comporre un report scientifico

• Dati primari biologici o derivati da altre fonti
• Software per la scrittura del testo
• Software per la gestione delle immagini
• Software per analisi statistiche e/o matematiche
• Eventuali software specialistici
• Software per l'accesso alla letteratura scientifica: vedi bacheca dati

Il processo di scrittura di un articolo scientifico o di una tesi parte da un foglio bianco e richiede la citazione delle fonti per ogni informazione inserita. Esistono programmi come Mendeley e Papers per gestire le citazioni. Per strutturare il testo, è necessario creare un indice utilizzando il sistema di sommario di Word.

Risorse come PubMed, PMC e MeSH aiutano a trovare riviste scientifiche e database pertinenti, accessibili tramite il portale NCBI.

Letteratura scientifica

Il processo di comunicazione scientifica avviene attraverso i report scientifici, come i "proceeding" dei congressi, che contengono dati preliminari e risultati di ricerca. Durante i congressi, i partecipanti possono ricevere feedback positivi o negativi sui loro dati, contribuendo così a migliorare la qualità della ricerca. Questa interazione favorisce anche la creazione di reti di collaborazione scientifica.

Inoltre, è importante mantenere un equilibrio tra suscitare interesse e non divulgare completamente il dato durante la fase di pre-pubblicazione. Potrebbe anche accadere che revisori di manoscritti siano presenti durante i congressi, offrendo la possibilità di essere invitati alla pubblicazione dei dati presentati.

Il processo scientifico si basa sull'idea che ogni esperimento debba essere riproducibile da esperti nel campo. Questo principio, fondamentale per la scienza, viene garantito attraverso il peer reviewing, una pratica comune nei laboratori e istituti scientifici. Dopo la fase sperimentale, i dati vengono comunicati attraverso articoli scientifici e revisioni, che vengono sottoposti a un processo di peer review prima della pubblicazione.

Quando ci sono molte pubblicazioni su un argomento, è possibile fare un riassunto delle scoperte, evidenziando le contraddizioni e le diverse prospettive. Nel processo di pubblicazione scientifica, è fondamentale fare attenzione alla terminologia e alla proprietà intellettuale. Il brevetto, ad esempio, protegge le scoperte scientifiche e i processi di applicazione delle stesse.

Gli Open Journal offrono una piattaforma per la pubblicazione accessibile a tutti, promuovendo la condivisione e l'accessibilità delle conoscenze scientifiche. L'impact factor è un indice bibliometrico utilizzato per valutare la qualità delle riviste scientifiche, basato sul numero di citazioni ricevute. Riviste con un impact factor più alto sono considerate più prestigiose e possono influenzare positivamente l'autore in termini di credibilità e finanziamenti.

Tuttavia, valutare lo scienziato basandosi sull'impact factor della rivista può portare a distorsioni, quindi sono stati sviluppati altri indici come l'H-Index, che mira a valutare la qualità dello scienziato in modo più equilibrato. L'H-Index è un parametro significativo per l'accesso a finanziamenti europei e riflette il numero massimo di pubblicazioni con un certo numero di citazioni.

Le riviste scientifiche sono raccolte in archivi come PubMed Central o PubMed, che utilizzano un vocabolario chiamato Medical Subject Headings (MeSH). Esistono molti archivi simili, ognuno con il proprio focus, come quelli dedicati agli abstract o agli articoli completi. Questi archivi sono interconnessi e utilizzano un vocabolario gerarchico controllato. Un sistema di scanner legge automaticamente gli articoli e li classifica in base al contenuto biomedico.

Nei CV scientifici è incluso un QR code che fornisce un identificativo unico chiamato ORCID, che consente di visualizzare le citazioni, il settore di ricerca e altri dati rilevanti. Questo permette di studiare, ad esempio, la produttività dei ricercatori italiani rispetto a quelli stranieri e di valutare le politiche di finanziamento della ricerca.

Gli editor delle riviste possono influenzare il panorama scientifico, ad esempio richiedendo una maggiore spiegazione dell'utilità delle scoperte riportate negli articoli, contribuendo così alla politica della scienza.

NCBI

Posso aiutarmi utilizzando delle parole chiave:

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Database per acidi nucleici

Il database per gli acidi nucleici è il risultato della collaborazione tra entità come DDBJ, NCBI ed ENA/EBI, che raccolgono tutte le sequenze di acidi nucleici disponibili in reti di libero accesso. I sequenziamenti degli acidi nucleici hanno avuto origine da due principali metodologie: il sequenziamento di Maxam e Gilbert, che è stato il primo metodo ma risultava chimicamente complesso e tossico, e il metodo di Sanger, che ha rappresentato il contributo principale fino ad oggi. Tuttavia, dal 2005 in poi, il maggior contributo deriva dalle metodologie di Next Generation Sequencing.

Metodo Sanger

Il metodo di Sanger è ancora ampiamente utilizzato per la sua elevata precisione, specialmente nelle verifiche dove gli errori sono minimi. Questo metodo si basa sui term...